测序专题
杨树84K品种的单细胞测序发现转录因子PagMYB31的功能-文献精读44
Transcription factor PagMYB31 positively regulates cambium activity and negatively regulates xylem development in poplar 转录因子PagMYB31正向调控杨树84K品种的形成层活动，并负向调控木质部的发育。 同样有篇文献，二倍体毛白杨基因组~ 二倍体毛白杨（Populus
全外显子测序分析流程3 - Exon.Interval.bed文件生成和BAM文件标记重复
全外显子测序分析流程3 - Exon.Interval.bed文件生成和BAM文件标记重复 分析流程步骤其他相关文章： Python处理生信分析流程配置文件4种方法 全外显子测序分析流程1 - Fastq质控与去接头、低质量和引物序列 全外显子测序分析流程2 - BWA-MEM比对到参考基因组与BAM统计 1. 封装流程特点 python封装， 参数控制配置文件设置核心参数，便于全流程
简化基因组的测序方法
RAD-Seq(restriction site-associated DNA sequencing)最开始指的是2008年发表在PLOS ONE上“Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers"提出的方法，目前该文章的引用已经达到1200+，现在指代的是一系列基于限制性内切酶的测序技术。同样在概念上被引申的
biostar handbook|如何模拟NGS测序结果
如何用软件模拟NGS数据 为了评价一个工具的性能，通常我们都需要先模拟一批数据。这样相当于有了参考答案，才能检查工具的实际表现情况。因此对于我们而言，面对一个新的功能，可以先用模拟的数据测试下不同工具的优缺点。有如下几个工具值得推荐一下： 'wgsim/dwgsim': 从全基因组中获取测序reads'msbar': EMBOSS其中一个工具，能够从单个序列中模拟随机突变'biosed': E
全外显子测序分析流程1 - Fastq质控与去接头、低质量和引物序列
全外显子测序分析流程1 - Fastq质控与去接头、低质量和引物序列 1. 运行实例 # -d 样本根目录# -s 样本名称python trim_fastq.py -d /result/WES/sample -s sample 2. fastqc质控报告与去接头、低质量序列主程序 对raw fastq和clean fastq生成质控QC报告trim_galore去接头、低质量序列和
Nature Microbiology丨VITA单细菌转录组测序技术助力深入解析奶牛瘤胃微生物组功能异质性
瘤胃微生物组一直以来都是研究相对不足但又极其复杂的微生物生态系统之一。瘤胃微生物能够有效降解植物纤维，将其转化为高质量的蛋白质产品，在这一过程中，由于微生物强烈的发酵，还会产生大量气体，其成分主要包括二氧化碳和甲烷等温室气体，还有少量的氮气和微量的氢气、氧气和硫化氢，这些排放的温室气体甚至会对全球环境造成较大的影响。近些年以来，在宏组学技术的推动下，对瘤胃微生态系统功能的认识已取得了显著进展。然而
易基因：RNA免疫共沉淀测序 (RIP-seq) 技术介绍
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RIP-seq是将RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）与二代测序技术（NGS）相结合以研究细胞内RNA与蛋白互作的技术，RIP利用目标蛋白抗体把相应的RNA-蛋白复合物（RNA Binding Protein，RBP）沉淀下来，然后经过富集和纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。 R
小RNA的测序技术路线以及分析流程
小RNA（SmallRNA）是生命活动重要的调控因子，在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Illumina GAiix 能够对样品中的全部Small RNA 进行深度测序，达到定性定量的研究目的。每个样品可得到3 Million 以上的Small RNA 测序序列。通过大量的平行测序，可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA 图谱、新miRN
生信学习笔记：测序数据质控
文章目录 测序数据质控1.原始数据统计2.质控数据统计 测序数据质控 Illumina 测序属于第二代测序技术，单次运行能产生数十亿级的reads，如此海量的数据无法逐个展示每条read的质量情况；运用统计学的方法，对所测序列进行统计和质控，可以从宏观上直观地反映出样本的文库构建质量和测序质量。 1.原始数据统计 1）原始数据获得 Illumina 平台通过将测序图像信号
资料总结分享：《全外显子测序数据的流程和原理》
1外显子与测序，生信流程 1.1 外显子是什么？ 外显子是基因组中能够转录组出成熟RNA的部分。一个基因组中所有外显子的集合，即为外显子组。值得注意的是，通常所说的全外显子组测序，是指针对蛋白编码基因的外显子，很少涉及非编码基因。 外显子组(exome)是基因组中所有外显子的集合。人类拥有约18万个外显子，约占人类基因组的1%，即约3000万个bp(30MB)
illumina 双末端测序
illumina的双末端测序指在打断的DNA片段两头正反方向各测两个片段，可以通过一定算法来进行序列组装，比对等一系列操作，对于基因片段的重复，缺失，和插入来讲，这种方法更加精确（具体算法参考相关文献），而且读长也更长，在基因组上的覆盖面更广。 在双链测序的过程中，如果正负链完全测通（例如测序仪读长为150bp，待测的序列长度<=150bp）测序的末端可能包含adater序列，需要利用
Nature和Science同时报道，新疆出土四千年前遗骸完成DNA测序，证实并非移民而是土著...
来源：大数据文摘本文约1700字，建议阅读5分钟 这些埋藏在塔里木盆地上千年的遗骸，究竟来自哪里？ 一个关于中国塔里木盆出土的数百具自然保存的遗骸考古研究，同时登上了著名学术期刊《自然》和《科学》的官网首页。 《自然》官网更是把这一研究放在了新闻头条上。 这一研究解决了困扰考古学界很长时间的问题，这些埋藏在塔里木盆地上千年的遗骸，究竟来自哪里？ 一些科学家认为他们是来自俄罗斯黑海地区草原
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控 单细胞RNA测序（scRNA-seq）基础知识可查看以下文章： 单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门 单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞分离与扩增 1. 单细胞RNA-seq样本数据说明 样本数据来源文章：Acquired cancer resistance to combination
多组学-单细胞测序和空间转录组学挖掘（文献）
Multiomics characterization of pyroptosis in the tumor microenvironment and therapeutic relevance in metastatic melanoma - PubMed (nih.gov) 代码链接：Wenqiong9/melanoma_PScore (github.com) 或者：focuslyj/
文章分享：ctDNA高通量测序临床实践专家共识（2022年版）
【摘要】 循环肿瘤DNA（circulating tumor DNA，ctDNA）高通量测序在肿瘤临床诊疗中发挥越来越重要的作用，但其临床检测标准和应用范围尚缺乏统一认识。中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会组织相关专家，结合国内临床实践，参考国内外文献，从ctDNA生物学特征、检测影响因素，ctDNA高通量测序检测结果的临床应用价值和范围，以及ctDNA高通量测序检测体系的标准化建设等
大规模基因检测成本降低，OceanBase助力基因测序普惠民众
本文来自OceanBase客户的分享 1990年10月，人类基因组计划正式拉开帷幕，它与曼哈顿原子弹计划和阿波罗登月计划并驾齐驱，被誉为二十世纪人类三大科学工程。这项宏伟的工程耗费了高达38亿美元的资金，历经13年，终于在2003年4月15日公布了人类基因组序列草图。 随着基因技术的日新月异，基因测序的速度已实现了质的飞跃。如今，一台先进的测序仪仅需一天就能完成60个人的全基因组测序，而
PMAT：使用低覆盖度HiFi测序数据的高效植物线粒体组装工具包
PMAT: an efficient plant mitogenome assembly toolkit using low-coverage HiFi sequencing data ，一篇关于线粒体组装工具包的文献 PMAT：使用低覆盖度HiFi测序数据的高效植物线粒体组装工具包 植物的完整线粒体基因组（mitogenomes）是核质互作、植物进化和植物细胞质雄性不育系育种的宝贵资源。
成功案例|全基因组测序+GWAS联合分析揭示不同种族帕金森病的遗传同质性和异质性
发表期刊：npj Parkinson’s Disease 影响因子：8.7 测序方式：WGS 研究对象：人 1 研究背景 帕金森病（PD）是一种常见的与年龄相关的神经退行性疾病，其特征是运动迟缓、姿势不稳定、僵硬和静息性震颤。临床表现包括非运动症状，如认知功能障碍、自主神经功能障碍、睡眠障碍、抑郁和睡眠功能减退。在中国，到2030年，PD患者的人数预计将达到494万人，占
重测序（WGS）-群体遗传
进化论 - 达尔文进化论 生物物种存在广泛变异自然选择，适者生存和繁殖，不适者淘汰生命是单起源的 - 中性学说 大多数突变是“中性”的进化主要是中性突变进行随机的遗传漂变 什么是群体？ 概念 遗传学上的群体，与生态学上的种群，是一个概念。 种群 population：指同一时间生活在一定自然区域内，同种生物的所有个体。种群中的个体并不是机械地集合在一起，而是彼此可以交配，并通过繁殖将
4.windows ubuntu 子系统：微生物宏基因组测序和分析流程概括。
微生物宏基因组测序和分析流程大致可以分为以下几个步骤： DNA提取：需要从微生物样本中提取DNA。2.建库构建：提取到的DNA需要进行建库构建，包括DNA片段的断裂、末端修复、连接连接适配器等操作。3.高通量测序：建库构建完成后，将DNA样本送入高通量测序平台进行测序。4.序列数据处理：得到原始测序数据后，需要进行序列质量控制、去除低质量序列、去除污染序列等处理，以确保后续分析的准确性。5.序
【测序发展史】一代、二代、三代测序发展
转自： https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247487425&idx=1&sn=855a6f72cfa78840157aa87b68ce36f4&chksm=ec0dca4bdb7a435d178c2ac72a3ff78170951812f80ba3b3fae78a1cf5cb07bff4c06
易基因：基于亚硫酸盐测序的交集时钟揭示人类胚胎发生过程中年轻化事件 | 甲基化年龄
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 最近的研究揭示了小鼠的早期发育过程中的年轻化事件（rejuvenation event）。本文通过检测人类胚胎发生过程中的表观遗传年龄动态变化，分析人类是否也存在类似事件。为此，研究人员开发了一种表观遗传时钟方法——交集时钟（intersection clock），该方法利用亚硫酸盐测序，最大限度利用信息丰富的CpG位点，并确保检测
iMeta | tNGS利器：跨物种超多重靶向测序引物设计软件MultiPrime
点击蓝字 关注我们 MultiPrime：一款可靠、高效的靶向测序工具 iMeta主页：http://www.imeta.science 方法论文 ● 原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.143 ● 2023年10月19日，西安交通大学联合予果生物科技（北京）有限公司、中国农业科学院深圳农业基因组研究所和香港科技大学在 iMeta 在线发表了题为 “Mu