本文主要是介绍单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控
单细胞RNA测序(scRNA-seq)基础知识可查看以下文章:
单细胞RNA测序(scRNA-seq)工作流程入门
单细胞RNA测序(scRNA-seq)细胞分离与扩增
1. 单细胞RNA-seq样本数据说明
样本数据来源文章:Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA(由I类HLA转录丢失引起的对联合免疫疗法的获得性癌症抗性)
文章链接:https://www.nature.com/articles/s41467-018-06300-3
2. 单细胞数据下载
根据上述文章可用性部分描述,文章在NCBI 的GEO数据库中编号分为为GSE117988和GSE118056。
GSE117988: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE117988
GSE118056:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE118056
下载GEO数据库SRA数据参考文章:单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分
2.1 SRR_Acc_List.txt
SRR_Acc_List.txt文件内容如下:
SRR7722937
SRR7722938
SRR7722939
SRR7722940
SRR7722941
SRR7722942
SRR7692286
SRR7692287
SRR7692288
SRR7692289
2.2 SRA数据下载和fastq-dump拆分
此步骤时间漫长,需要长时间等待,可以后台运行。
# conda install -c bioconda sra-tools
这篇关于单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!