单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控

2024-04-13 06:36

本文主要是介绍单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控

单细胞RNA测序(scRNA-seq)基础知识可查看以下文章:

单细胞RNA测序(scRNA-seq)工作流程入门

单细胞RNA测序(scRNA-seq)细胞分离与扩增

1. 单细胞RNA-seq样本数据说明

样本数据来源文章:Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA(由I类HLA转录丢失引起的对联合免疫疗法的获得性癌症抗性)

文章链接:https://www.nature.com/articles/s41467-018-06300-3

患者2586-4和9245-3样本Cell ranger的使用
数据GSE信息

2. 单细胞数据下载

根据上述文章可用性部分描述,文章在NCBI 的GEO数据库中编号分为为GSE117988和GSE118056。

GSE117988: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE117988
GSE118056:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE118056

下载GEO数据库SRA数据参考文章:单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分

2.1 SRR_Acc_List.txt

SRR_Acc_List.txt文件内容如下:

SRR7722937
SRR7722938
SRR7722939
SRR7722940
SRR7722941
SRR7722942
SRR7692286
SRR7692287
SRR7692288
SRR7692289

2.2 SRA数据下载和fastq-dump拆分

此步骤时间漫长,需要长时间等待,可以后台运行。

# conda install -c bioconda sra-tools 

这篇关于单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/899391

相关文章

SpringBoot使用GZIP压缩反回数据问题

《SpringBoot使用GZIP压缩反回数据问题》:本文主要介绍SpringBoot使用GZIP压缩反回数据问题,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录SpringBoot使用GZIP压缩反回数据1、初识gzip2、gzip是什么,可以干什么?3、Spr

将Java项目提交到云服务器的流程步骤

《将Java项目提交到云服务器的流程步骤》所谓将项目提交到云服务器即将你的项目打成一个jar包然后提交到云服务器即可,因此我们需要准备服务器环境为:Linux+JDK+MariDB(MySQL)+Gi... 目录1. 安装 jdk1.1 查看 jdk 版本1.2 下载 jdk2. 安装 mariadb(my

SpringBoot集成Milvus实现数据增删改查功能

《SpringBoot集成Milvus实现数据增删改查功能》milvus支持的语言比较多,支持python,Java,Go,node等开发语言,本文主要介绍如何使用Java语言,采用springboo... 目录1、Milvus基本概念2、添加maven依赖3、配置yml文件4、创建MilvusClient

SpringValidation数据校验之约束注解与分组校验方式

《SpringValidation数据校验之约束注解与分组校验方式》本文将深入探讨SpringValidation的核心功能,帮助开发者掌握约束注解的使用技巧和分组校验的高级应用,从而构建更加健壮和可... 目录引言一、Spring Validation基础架构1.1 jsR-380标准与Spring整合1

MySQL 中查询 VARCHAR 类型 JSON 数据的问题记录

《MySQL中查询VARCHAR类型JSON数据的问题记录》在数据库设计中,有时我们会将JSON数据存储在VARCHAR或TEXT类型字段中,本文将详细介绍如何在MySQL中有效查询存储为V... 目录一、问题背景二、mysql jsON 函数2.1 常用 JSON 函数三、查询示例3.1 基本查询3.2

SpringBatch数据写入实现

《SpringBatch数据写入实现》SpringBatch通过ItemWriter接口及其丰富的实现,提供了强大的数据写入能力,本文主要介绍了SpringBatch数据写入实现,具有一定的参考价值,... 目录python引言一、ItemWriter核心概念二、数据库写入实现三、文件写入实现四、多目标写入

使用Python将JSON,XML和YAML数据写入Excel文件

《使用Python将JSON,XML和YAML数据写入Excel文件》JSON、XML和YAML作为主流结构化数据格式,因其层次化表达能力和跨平台兼容性,已成为系统间数据交换的通用载体,本文将介绍如何... 目录如何使用python写入数据到Excel工作表用Python导入jsON数据到Excel工作表用

Mysql如何将数据按照年月分组的统计

《Mysql如何将数据按照年月分组的统计》:本文主要介绍Mysql如何将数据按照年月分组的统计方式,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录mysql将数据按照年月分组的统计要的效果方案总结Mysql将数据按照年月分组的统计要的效果方案① 使用 DA

鸿蒙中Axios数据请求的封装和配置方法

《鸿蒙中Axios数据请求的封装和配置方法》:本文主要介绍鸿蒙中Axios数据请求的封装和配置方法,本文给大家介绍的非常详细,对大家的学习或工作具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友参考下吧... 目录1.配置权限 应用级权限和系统级权限2.配置网络请求的代码3.下载在Entry中 下载AxIOS4.封装Htt

Python获取中国节假日数据记录入JSON文件

《Python获取中国节假日数据记录入JSON文件》项目系统内置的日历应用为了提升用户体验,特别设置了在调休日期显示“休”的UI图标功能,那么问题是这些调休数据从哪里来呢?我尝试一种更为智能的方法:P... 目录节假日数据获取存入jsON文件节假日数据读取封装完整代码项目系统内置的日历应用为了提升用户体验,