这几天，我将单细胞测序在windows ubuntu子系统中跑了一遍，将过程分享給大家。 单细胞测序conda create -n 10xdb     #创建环境  conda activate 10xdbconda install -c bioconda cellranger -y #失败，可能源中没有 wget -O cellranger-7.2.0.tar.gz "https://cf

单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控 单细胞RNA测序（scRNA-seq）基础知识可查看以下文章： 单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门 单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞分离与扩增 1. 单细胞RNA-seq样本数据说明 样本数据来源文章：Acquired cancer resistance to combination

对SRR7722937的三个fastq文件运行cellranger count ，完成后得到结果文件存于SRR7722937，打开其下的outs文件夹                                  下游分析所需的是红框的文件，利用R读入以上文件，形成expression_matrix #!/usr/bin/Rlibrary(Matrix)cellbarcodes <

前言   单细胞转录组测序技术逐渐的，就像父辈人年轻时，彰显身份的“大哥大”，变成了我们这一代人，人手一部的现代手机，成了很多文章中的“头牌”或是“锦上添花”的部分，就像普通的转录组测序的发展趋势。   有时候，为了能在领域内”活下去“，我们不得不拼命的追赶潮流😑 什么是测序饱和度   常用的单细胞转录组定量工具：cellranger count，其Web Summary中会有一个叫测序饱