本文主要是介绍10X cellranger count 后的数据认识和使用，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
对SRR7722937的三个fastq文件运行cellranger count ，完成后得到结果文件存于SRR7722937，打开其下的outs文件夹
下游分析所需的是红框的文件，利用R读入以上文件，形成expression_matrix
#!/usr/bin/R
library(Matrix)
cellbarcodes <- read.table("./barcodes.tsv")
genenames <- read.table("./genes.tsv")
molecules <- Matrix::readMM("./matrix.mtx")
rownames(molecules) <- genenames[,1]
colnames(molecules) <- cellbarcodes[,1]
#expression_matrix_df 是该样品的表达矩阵,行是gene，列是cell_barcode
expression_matrix_df <- as.data.frame(as.matrix(molecules))
这篇关于10X cellranger count 后的数据认识和使用的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
