rna专题
2024.09.04【读书笔记】|如何使用Tombo进行Nanopore Direct RNA-seq（DRS）分析
文章目录 Tombo快速使用介绍模型介绍RNA修饰分析步骤特异性替代碱基检测（推荐）De novo canonical model comparison ONT全长转录组分析步骤疑难解答Minimap2在比对nanopore直接RNA-seq数据时的最佳实践和参数设置有哪些？featureCounts在进行RNA-seq定量分析时，如何选择最合适的参考基因组注释文件？Tombo序列重校正过程
单细胞｜RNA-seq ATAC-seq 联合分析
引言 本文[1]将介绍如何利用Signac和Seurat这两个工具，对一个同时记录了DNA可接触性和基因表达的单细胞数据集进行综合分析。我们将以一个公开的10x Genomics Multiome数据集为例，该数据集针对的是人体的外周血单核细胞。 数据准备 library(Signac)library(Seurat)library(EnsDb.Hsapiens.v86)library(BSgen
RNA结构调控翻译_2022_Deciphering the role of RNA structure in translation efficiency
文献核心内容总结 背景： 本文探讨了RNA二级结构在翻译效率（Translation Efficiency, TE）中的作用。RNA二级结构在转录后调控过程中扮演重要角色，包括剪接、定位、稳定性和翻译。RNA结构的稳定性尤其在翻译起始位点附近对于促进翻译效率具有重要影响。然而，目前对整个mRNA结构与翻译效率的全局关系的理解仍然有限。本研究利用高通量RNA结构探测数据，系统研究了RNA结构在调
项目文章 | Cell ReportsChIP-seq和RNA-seq联合鉴定伯克霍尔德氏菌毒性的重要调节因子
发表单位：中山大学深圳校区制药科学学院 发表日期：2024年5月14日 研究期刊：Cell Reports（IF: 8.8） 研究材料：伯克霍尔德氏菌 主要技术：ChIP-seq，EMSA，微尺度热泳分析，RNA-seq， RT-qPCR 近日，中山大学深圳校区制药科学学院邓音乐教授研究团队在Cell Reports上发表了题为“Regulation of Burkholderi
RNA-seq上下游分析snakemake流程
学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。 使用fastp处理fastq文件，在使用START比对到基因组同时得到raw count，使用非冗余外显子长度作为基因的长度计算FPKM、TPM，同时也生成了CPM的结果。 非冗余外显子长度计算可以参考之前的推文转录组实战02: 计算非冗余外显子长度之和 对定量结果质控使用生信技能树的三张图（PCA、树
论文Prediction of Prediction of off-target activities for the end-to-end design of CRISPR guide RNA 笔记
Prediction of Prediction of off-target activities for the end-to-end design of CRISPR guide RNAs 论文链接 摘要： 脱靶效应可导致次优基因编辑结果，是其发展的瓶颈。 使用基于两个相互关联的机器学习模型的方法来预测脱靶效应—叫做Elevation。 对独立的guide-target 对进行评分
易基因：RNA免疫共沉淀测序 (RIP-seq) 技术介绍
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RIP-seq是将RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）与二代测序技术（NGS）相结合以研究细胞内RNA与蛋白互作的技术，RIP利用目标蛋白抗体把相应的RNA-蛋白复合物（RNA Binding Protein，RBP）沉淀下来，然后经过富集和纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。 R
小RNA的测序技术路线以及分析流程
小RNA（SmallRNA）是生命活动重要的调控因子，在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Illumina GAiix 能够对样品中的全部Small RNA 进行深度测序，达到定性定量的研究目的。每个样品可得到3 Million 以上的Small RNA 测序序列。通过大量的平行测序，可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA 图谱、新miRN
易基因：RNA-seq联合ChIP-seq分析揭示肝脏p53依赖的组织特异性抗辐射机制｜抗性研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 以前的研究发现胸腺和脾脏是体内辐射敏感组织，而肝脏不是。胸腺和脾脏在体内全身辐射后会触发p53依赖性凋亡，但这种肝脏特异性抗性的分子机制尚不清楚。 2023年03月28日，美国西奈山伊坎医学院James J. Manfredi团队通过对经辐射处理的小鼠器官进行联合RNA测序（RNA-seq）和染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控 单细胞RNA测序（scRNA-seq）基础知识可查看以下文章： 单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门 单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞分离与扩增 1. 单细胞RNA-seq样本数据说明 样本数据来源文章：Acquired cancer resistance to combination
RNA-seq分析(Fastqc+Trimmomatic+STAR+HTseq-count+DESeq2)
最近做RNA-seq，正好把流程整理下，也希望分享和相互学习。 具体将以Fastqc + Trimmomatic + STAR + HTseq-count + DEseq2的流程来进行。 查看数据完整性 for dir in `ls`; do cd $dir; md5sum -c MD5_*txt; cd ..; done 预处理 FastQC + Trimmomatic fas
易基因：NSUN2介导的m5C RNA甲基化在视网膜母细胞瘤进展中的重要作用 | 科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 视网膜母细胞瘤（retinoblastoma, RB）是儿童期最常见的眼内恶性肿瘤，可导致失明甚至死亡。RB1缺失（＞90%）和MYCN扩增（～10%）被认为是致癌驱动事件，导致细胞周期更新增强和癌基因激活。最近的研究表明，表观遗传缺陷也参与RB肿瘤进展。NSUN2介导的N5-甲基胞嘧啶（m5C）修饰通过激活癌基因或抑制肿瘤抑制因子
项目文章｜真菌ChIP-seq+RNA-seq解析脱落酸生物合成的调控机制
组蛋白翻译后修饰是表观遗传调控的主要机制之一，已被证明在基因表达的调控中发挥重要作用，参与真菌发育、感染相关的形态发生、环境应激反应、次级代谢产物的生物合成和致病性。我们分享过不少真菌组蛋白修饰的文章，今天接着带来一篇利用ChIP-seq解析真菌脱落酸生物合成机制的文章。 2024年3月4日，中国科学院成都生物研究所谭红研究员课题组在期刊Frontiers in Microbiology
易基因：NAR：RCMS编辑系统在特定细胞RNA位点的靶向m5C甲基化和去甲基化研究｜项目文章
喜讯！易基因表观转录组学RNA-BS技术服务见刊《核酸研究》 大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2024年2月15日，吉林大学张涛、赵飞宇、李金泽为共同第一作者，吉林大学李占军、隋婷婷及赖良学为共同通讯在《Nucleic Acids Research》（NAR/ IF14.9）发表题为“Programmable RNA 5-methylcytosine (m5C)
血浆游离RNA提取试剂盒（附文献参考）
血浆/血清游离RNA或外泌体RNA是某些癌症和疾病的潜在生物标志物。如何从收集与保存的血浆和血清样本中分离出RNA（cf-RNA）呢？ 血浆游离RNA提取试剂盒 从不同体积的血浆中纯化cf-RNA。该血浆由EDTA收集的血液中制备而来。然后将3ul纯化的RNA用作RT-qPCR反应中的模板，以检测miR-21（图A）和5S rRNA转录物（图B）。miR-21和5S rRNA转录物的相
单细胞RNA速率（RNA velocity）
RNA 丰度是单个细胞状态的有力指标。单细胞 RNA 测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示 RNA 丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。在这里，我们表明，RNA 速度（RNA velocity）（基因表达状态的时间导数）可以通过区分常见单细胞 RNA 测序方案中未剪接和剪接的 mRNA 来直接估计。 RNA 速度是一种高维向量，可以
【BestCoder Round 65A】【水题】ZYB's Biology DNA与RNA是否匹配
ZYB's Biology Accepts: 848 Submissions: 1199 Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others) Memory Limit: 131072/131072 K (Java/Others) 问题描述 $ZYB(ZJ-267)$在$NOIP$拿到$600$分之后开始虐生物题,他现在扔给你一道简
使用CIRI识别环状RNA
欢迎关注”生信修炼手册”! 在最初的环状RNA研究中，认为环状RNA都是由exon通过反向剪切构成的,称之为exonic circRNA，只有这样的环状RNA能够由PCR反应验证出来的。 CIRI是一款环状RNA检测软件，通过该软件的预测结果，学者第一次用实验验证出了intronic circRNA和intergenic circRNA。该软件操作简便，准确度高，是非常流行的一款环状RNA检测软
环形RNA预测注意事项
使用CIRI的注意事项： 9_16_0意味着9 Softclipping/Mapping signals，16 Mapping/Softclipping signals和0 Softclipping/Mapping/Softclipping signalbwa mem -T 19改进ciri的敏感度read长度少于60bp时，bwa mem使用-k 15 -T 15改善结果 PCC 成对交替剪辑
RNA-seq数据库（ChatGPT）
截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。以下是一些常见的RNA-seq数据库的例子： NCBI Gene Expression Omnibus (GEO): 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/提供了广泛的基因表达数据，包括RNA-seq、微阵列等多种平台的数据。
limma：单通道数据和RNA-seq数据差异性分析标准方法
前言 单通道数据极为流行，三大公司：Affymetrix、Illumina和Agilent的微阵列（microarray）技术产生的很多都是单通道数据。现在的主力的高通量测序机所产生的也是单通道数据，所以只要是被voom标准化（包括了log转化）的RNA-seq数据都可以看作和microarray一样的数据[引用]。这是一个很重要很有用的概念，相信会帮到很多生物信息入门者： RNA-seq d
m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析
甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。 一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下，由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种，其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1]，
TCGA相关分析之数据筛选 | python从TCGA-GBM的RNA-seq表达数据count中筛选出各genes对应的案例cases的表达量count矩阵
接上一篇文章，现在开始筛选数据组成count矩阵。 上一篇：TCGA下载GBM患者的RNA-seq数据 上一篇结束，下载到初始数据（图一图二是下载之后的文件夹以及每一个文件夹中的count数据文件） 需要从每一个count数据文件中筛选出gene_name、gene_type为lncRNA、FPKM表达量，效果图如下： 由于不会R语言，就用python来实现 步骤： 从每一
RNA-seq流程学习笔记（9）-使用RSeQC软件对生成的BAM文件进行质控
参考文章： 用RSeQC对比对后的转录组数据进行质控 高通量测序质控及可视化工具包RSeQC RSeQC使用笔记 1. 质控的原因及相关软件 在A survey of best practices for RNA-seq data analysis里面，提到了人类基因组应该有70%~90%的比对率，并且多比对read（multi-mapping reads）数量要少。另外比对在外显子和所比对链
RNA 8. SCI文章中差异基因表达--热图 (heatmap)
前言 大多我们在做完差异表达之后都会看下我们的差异基因筛选的是否能将分组结果展现出来，都会选择热图，主要是热图技能聚类，又可以展现表达量的大小，非常直观，所以这期我们就说下热图的绘制方法。 实例解析 1. 数据读取 数据的读取我们仍然使用的是 TCGA-COAD 的数据集，表达数据的读取以及临床信息分组的获得我们上期已经提过，我们使用的是edgeR 软件包计算出来的差异表达结果，合并了
RNA-seq 比对软件STAR——（2）使用
RNA-seq 比对软件STAR——（2）使用 一、参数说明 详见——>manual （1） readFilesIn 要映射序列文件的名称（带路径），注如果文件是压缩的文件使用readFilesCommand参数进行解压缩。如果是（*.gz）使用 --readFilesCommand zcat或 --readFilesCommand gunzip -c，对于bzip2压缩文件，使用–readF