小RNA的测序技术路线以及分析流程

2024-06-02 12:38

本文主要是介绍小RNA的测序技术路线以及分析流程,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!


小RNA(SmallRNA)是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Illumina GAiix 能够对样品中的全部Small RNA 进行深度测序,达到定性定量的研究目的。每个样品可得到3 Million 以上的Small RNA 测序序列。通过大量的平行测序,可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA 图谱、新miRNA 分子的挖掘、靶基因的预测和鉴定和样品间差异表达分析等科学应用。

在下机数据中分好数据后,就要开展RawData—>CleanData的步骤。

1) 数据产出统计 
2) 去除低质量、污染及接头后的序列长度分布统计; 
3) 不同样本间的序列情况统计; 
4) 与参考序列比对情况统计(需甲方提供参考序列信息); 
5) 与已发布miRNA数据库的比对统计; 
6) 与已发布rRNA数据库的比对统计; 
7) 重复序列注释统计; 
8) 与mRNA、exon、intron的相关度统计; 
9) 小RNA注释统计; 
10) 新的miRNA预测; 
11) 不同样本间的差异统计分析; 
12) 靶基因预测;


——待续

这篇关于小RNA的测序技术路线以及分析流程的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1023995

相关文章

SpringBoot3实现Gzip压缩优化的技术指南

《SpringBoot3实现Gzip压缩优化的技术指南》随着Web应用的用户量和数据量增加,网络带宽和页面加载速度逐渐成为瓶颈,为了减少数据传输量,提高用户体验,我们可以使用Gzip压缩HTTP响应,... 目录1、简述2、配置2.1 添加依赖2.2 配置 Gzip 压缩3、服务端应用4、前端应用4.1 N

Go标准库常见错误分析和解决办法

《Go标准库常见错误分析和解决办法》Go语言的标准库为开发者提供了丰富且高效的工具,涵盖了从网络编程到文件操作等各个方面,然而,标准库虽好,使用不当却可能适得其反,正所谓工欲善其事,必先利其器,本文将... 目录1. 使用了错误的time.Duration2. time.After导致的内存泄漏3. jsO

Java利用JSONPath操作JSON数据的技术指南

《Java利用JSONPath操作JSON数据的技术指南》JSONPath是一种强大的工具,用于查询和操作JSON数据,类似于SQL的语法,它为处理复杂的JSON数据结构提供了简单且高效... 目录1、简述2、什么是 jsONPath?3、Java 示例3.1 基本查询3.2 过滤查询3.3 递归搜索3.4

Python中随机休眠技术原理与应用详解

《Python中随机休眠技术原理与应用详解》在编程中,让程序暂停执行特定时间是常见需求,当需要引入不确定性时,随机休眠就成为关键技巧,下面我们就来看看Python中随机休眠技术的具体实现与应用吧... 目录引言一、实现原理与基础方法1.1 核心函数解析1.2 基础实现模板1.3 整数版实现二、典型应用场景2

Spring事务中@Transactional注解不生效的原因分析与解决

《Spring事务中@Transactional注解不生效的原因分析与解决》在Spring框架中,@Transactional注解是管理数据库事务的核心方式,本文将深入分析事务自调用的底层原理,解释为... 目录1. 引言2. 事务自调用问题重现2.1 示例代码2.2 问题现象3. 为什么事务自调用会失效3

找不到Anaconda prompt终端的原因分析及解决方案

《找不到Anacondaprompt终端的原因分析及解决方案》因为anaconda还没有初始化,在安装anaconda的过程中,有一行是否要添加anaconda到菜单目录中,由于没有勾选,导致没有菜... 目录问题原因问http://www.chinasem.cn题解决安装了 Anaconda 却找不到 An

Spring定时任务只执行一次的原因分析与解决方案

《Spring定时任务只执行一次的原因分析与解决方案》在使用Spring的@Scheduled定时任务时,你是否遇到过任务只执行一次,后续不再触发的情况?这种情况可能由多种原因导致,如未启用调度、线程... 目录1. 问题背景2. Spring定时任务的基本用法3. 为什么定时任务只执行一次?3.1 未启用

C++ 各种map特点对比分析

《C++各种map特点对比分析》文章比较了C++中不同类型的map(如std::map,std::unordered_map,std::multimap,std::unordered_multima... 目录特点比较C++ 示例代码 ​​​​​​代码解释特点比较1. std::map底层实现:基于红黑

Spring AI ectorStore的使用流程

《SpringAIectorStore的使用流程》SpringAI中的VectorStore是一种用于存储和检索高维向量数据的数据库或存储解决方案,它在AI应用中发挥着至关重要的作用,本文给大家介... 目录一、VectorStore的基本概念二、VectorStore的核心接口三、VectorStore的

Spring、Spring Boot、Spring Cloud 的区别与联系分析

《Spring、SpringBoot、SpringCloud的区别与联系分析》Spring、SpringBoot和SpringCloud是Java开发中常用的框架,分别针对企业级应用开发、快速开... 目录1. Spring 框架2. Spring Boot3. Spring Cloud总结1. Sprin