本文主要是介绍小RNA的测序技术路线以及分析流程,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
小RNA(SmallRNA)是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Illumina GAiix 能够对样品中的全部Small RNA 进行深度测序,达到定性定量的研究目的。每个样品可得到3 Million 以上的Small RNA 测序序列。通过大量的平行测序,可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA 图谱、新miRNA 分子的挖掘、靶基因的预测和鉴定和样品间差异表达分析等科学应用。
在下机数据中分好数据后,就要开展RawData—>CleanData的步骤。
1) 数据产出统计
2) 去除低质量、污染及接头后的序列长度分布统计;
3) 不同样本间的序列情况统计;
4) 与参考序列比对情况统计(需甲方提供参考序列信息);
5) 与已发布miRNA数据库的比对统计;
6) 与已发布rRNA数据库的比对统计;
7) 重复序列注释统计;
8) 与mRNA、exon、intron的相关度统计;
9) 小RNA注释统计;
10) 新的miRNA预测;
11) 不同样本间的差异统计分析;
12) 靶基因预测;
——待续
这篇关于小RNA的测序技术路线以及分析流程的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!