本文主要是介绍易基因:RNA免疫共沉淀测序 (RIP-seq) 技术介绍,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
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RIP-seq是将RNA免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP)与二代测序技术(NGS)相结合以研究细胞内RNA与蛋白互作的技术,RIP利用目标蛋白抗体把相应的RNA-蛋白复合物(RNA Binding Protein,RBP)沉淀下来,然后经过富集和纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。
RIP-seq对富集得到的RNA片段通过高通量测序,在全转录组范围内对细胞内RNA与蛋白结合情况进行分析,揭示RNA分子与RBP互作(包括非编码RNA与蛋白互作)。RIP-seq是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能更有效地发现miRNA的调控靶点。
应用领域:
- 全转录组范围内揭示RNA分子与RBP互作
- RNA与靶蛋白相互作用的验证
- RBP与mRNA的互作分析
技术优势:
- 全转录组覆盖:可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定
- 高灵敏度:每个样本可获得数百万条的序列标签,检测转录本上更多的蛋白结合位点
- 高精确率:可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音
- 多种商品化抗体,高效支持实验开展
技术路线:
分析内容:
送样要求:
案例解析
SRSF6调控可变剪接促进肿瘤进展,为结直肠癌(CRC)提供治疗靶点
SRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer
设计:对311个CRC样本、癌症基因组图谱和基因表达综合数据库(GEO)数据库中SRSF6的表达进行全面分析。通过RIP-seq鉴定SRSF6调控的可变剪接(AS)及其结合位点,并通过凝胶迁移和微基因报告实验进行验证。
结果:SRSF6在CRC样本中上调,并与不良预后相关,在体外和体内促进增殖和转移。鉴定出SRSF6调控的AS靶标,并揭示SRSF6结合位点。SRSF6通过直接结合到其23号外显子位点来调控ZO-1异常剪接,从而作为癌基因发挥作用。Indacaterol被鉴定为SRSF6抑制剂,以抑制CRC肿瘤发生。
结论:SRSF6通过调控AS介导促进CRC进展,Indacaterol通过靶向SRSF6被定位为抗肿瘤药物。
RIP-seq鉴定SRSF6调控的AS事件和RNA结合motif
参考文献:
Wan L, Yu W, Shen E, et alSRSF6-regulated alternative splicing that promotes tumour progression offers a therapy target for colorectal cancer.Gut 2019;68:118-129.
技术推介|RNA免疫共沉淀测序 (RIP-seq)mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNTY3NDIxMw==&mid=2650657724&idx=1&sn=b44f9f53512ecaec83614480d75c14ec&chksm=83107636b467ff20ebb513b774cc7df2df442ec0e14459e4aa1732fb0a8ab1be3439c7fc90ed&token=1263009537&lang=zh_CN#rd编辑https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__biz%3DMzAwNTY3NDIxMw%3D%3D%26mid%3D2650657724%26idx%3D1%26sn%3Db44f9f53512ecaec83614480d75c14ec%26chksm%3D83107636b467ff20ebb513b774cc7df2df442ec0e14459e4aa1732fb0a8ab1be3439c7fc90ed%26token%3D1263009537%26lang%3Dzh_CN%23rd
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