基因专题
两个基因相关性CPTAC蛋白组数据
目录 蛋白数据下载 ①蛋白数据下载 1，TCGA-选择泛癌数据 2，TCGA-TCPA 3，CPTAC(非TCGA) ②蛋白相关性分析 1，数据整理 2，蛋白相关性分析 PCAS在线分析 蛋白数据下载 CPTAC蛋白组学数据库介绍及数据下载分析 – 王进的个人网站 (jingege.wang) ①蛋白数据下载 可以下载泛癌蛋白数据：UCSC Xena (xena
两个基因相关性细胞系（CCLE）（升级）
目录 单基因CCLE数据 ①细胞系转录组CCLE数据下载 ②单基因泛癌表达 CCLE两个基因相关性 ①进行数据整理 ②相关性分析 单基因CCLE数据 ①细胞系转录组CCLE数据下载 基因在各个细胞系表达情况_ccle expression 23q4-CSDN博客 rm(list = ls())library(tidyverse)library(ggpubr)rt
使用MAKER进行基因注释(基础入门）
maker 在基因组注释上，MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列，将EST和蛋白序列比对到基因组，进行从头预测，并在最后整合这三个结果保证结果的可靠性。此外，MAKER还可以不断训练，最初的输出结果可以继续用作输入训练基因预测的算法，从而获取更高质量的基因模型。 Maker的使用比较简单，在软件安装成后，会有一个"data"文件夹存放测试数据 ls ~/o
AUCell和AddModuleScore函数进行基因集评分
AUCell 和AddModuleScore 分析是两种主流的用于单细胞RNA测序数据的基因集活性分析的方法。这些基因集可以来自文献、数据库或者根据具体研究问题进行自行定义。 AUCell分析原理： 1、AUCell分析可以将细胞中的所有基因按表达量进行排序，生成一个基因排名列表，表达量越高的基因排名越靠前。 2、接下来对每个基因集中的基因找到它们在每个细胞的基因排名列表中的位置，这些位置则
易基因：NSUN2/YBX1介导m5C甲基化增强HGH1 mRNA稳定性以促进肿瘤进展 | 科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA m5C甲基化已被证明广泛参与肿瘤的发生和发展。作为主要的m5C甲基转移酶，NSUN2在多种肿瘤类型中发挥着关键的调控作用。但NSUN2介导的m5C修饰对乳腺癌（BC）的具体作用仍不清楚。 郑州大学第一附属医院/河南省精准临床药学重点实验室阚全程、田鑫团队和中国科学院大学杨运桂合作阐明NSUN2如何通过m5C修饰调控靶基因H
基因相关性（信息学奥赛一本通-T1131）
【题目描述】 为了获知基因序列在功能和结构上的相似性，经常需要将几条不同序列的DNA进行比对，以判断该比对的DNA是否具有相关性。 现比对两条长度相同的DNA序列。定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对，如果一个碱基对中的两个碱基相同的话，则称为相同碱基对。接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例，如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条DNA序列是相关的，否则不相关。 【输入】 有三行，第
生信技能48 - 如何获取基因的SNP及RefSeq参考序列命名规则
1. SNP概念 SNP 是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性，在群体中的发生频率不小于1 %，包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。每核苷酸发生突变的概率大约为10 -9 ， 由于压力选择，SNP在单个基因和基因组以及动物不同种群间分布是不均匀的，在非编码区区SNP数量要多于编码区。 1.1 转换 转换是指同类型碱基之间的转换，如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与
如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？
有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我们就来示范如何提取这些序列。 NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件提到了如何下载对应的基因组序列和基因注释文件。 假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf，也可从文后链接获取。 查看下文件内容和格式 基因组序列文件为FASTA
美团面试：百亿级分片，如何设计基因算法？
尼恩说在前面 在40岁老架构师 尼恩的读者交流群(50+)中，最近有小伙伴拿到了一线互联网企业如得物、阿里、滴滴、极兔、有赞、希音、百度、网易、美团的面试资格，遇到很多很重要的架构类/设计类的场景题： 1.说说分库分表的基因算法？ 2.大厂常用的基因算法，是如何设计的？ 3.百亿级分片，如何设计基因算法？ 最近有小伙伴在面试美团，又遇到这一个问题。小伙伴支支吾吾的说了几句，卒。 所以
Microbiome | binning+转录组→首个草鱼肠道基因集目录发布啦
草鱼便宜又好吃 但是你了解草鱼吗？ 草鱼的肠道里定殖着成千上万的共生微生物，它们与草鱼共同生存，相互影响。这些微生物在草鱼的新陈代谢、免疫调节等方面发挥着重要作用。 虽然同为经济作物，鱼类的微生态相关研究远远不如于其他畜禽，经济鱼类的微生物基因目录也尚未构建。 近期，来自中国农业科学院饲料研究所的研究团队，在《Microbiome》上发表了题目为《Decipher
易基因：人类精子发生过程中的全基因组DNA甲基化水平变化｜研究速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 精子发生和精子功能需要在生殖细胞系中正确建立DNA甲基化模式。 德国明斯特大学生殖与再生生物学研究所生殖医学中心Sandra Laurentino团队分析了人类精子发生（spermatogenesis）过程中的全基因组DNA甲基化变化以及在精子发生障碍时的变化。分析结果表明精子发生与甲基化重塑有关，包括初级精母细胞中DNA甲基化的
伦敦银的白银现货交易“基因”
为什么说伦敦银拥有与现货白银同等的“基因”呢？这主要是因为伦敦银的交易机制允许投资者在交易成交后的1～2个工作日内完成交割手续，但很多投资者并不进行实际的白银交割，而是选择到期平仓以赚取差价利润，这种交易方式就构成了现货交易的基础。 伦敦银的市场是一个国际化的市场，任何人无法操纵它的市场价格，从而保证了市场的公开透明。利用资金杠杆的原理，伦敦银投资者可以用较小的资金进行较大规模的投资，大大提
易基因：RNA免疫共沉淀测序 (RIP-seq) 技术介绍
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RIP-seq是将RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation，RIP）与二代测序技术（NGS）相结合以研究细胞内RNA与蛋白互作的技术，RIP利用目标蛋白抗体把相应的RNA-蛋白复合物（RNA Binding Protein，RBP）沉淀下来，然后经过富集和纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。 R
腾讯笔试 求基因碱基的逆序数
已知碱基序列ACGT为正序。 求任意碱基序列的逆序数。要求算法的时间复杂度为o(n). 如：一序列为 AGTCTCG 则其逆序数为7。 #include<iostream> using namespace std; int reserveNumber(char *pdna); int main() { char str[]="ACTCTGA";
基因表达微阵列数据分类的多目标启发式算法
#引用 ##LaTex @article{LV201613, title = “A multi-objective heuristic algorithm for gene expression microarray data classification”, journal = “Expert Systems with Applications”, volume = “59”, pages
马尔可夫毯式遗传算法在基因选择中的应用
#引用 ##LaTex @article{ZHU20073236, title = “Markov blanket-embedded genetic algorithm for gene selection”, journal = “Pattern Recognition”, volume = “40”, number = “11”, pages = “3236 - 3248”, year =
基于微阵列基因表达的基因提取选择偏差 --- .632+bootstrap
#引用 #LaTex @article {Ambroise6562, author = {Ambroise, Christophe and McLachlan, Geoffrey J.}, title = {Selection bias in gene extraction on the basis of microarray gene-expression data}, volume = {
【面试经典 150 | 图的广度优先搜索】最小基因变化
文章目录 写在前面Tag题目来源解题思路方法一：广搜 写在最后 写在前面 本专栏专注于分析与讲解【面试经典150】算法，两到三天更新一篇文章，欢迎催更…… 专栏内容以分析题目为主，并附带一些对于本题涉及到的数据结构等内容进行回顾与总结，文章结构大致如下，部分内容会有增删： Tag：介绍本题牵涉到的知识点、数据结构；题目来源：贴上题目的链接，方便大家查找题目并完成练习；题
代码分享｜GPL平台没有基因注释什么办？别慌，基因ID注释万能公式！
文章目录 1.前言2.GPL空了怎么办2.1 google/官网2.2 GSE1640112.3 GSE2130012.4 GSE212067（看漏眼情况）2.5 GSE242881（还是看漏眼）2.6 GSE146621 3.转换ID代码分享链接 1.前言 前因是小编在接近两年前回复了C站小伙伴一条帖子，这一年多来陆续有20几个问题，同样是问GPL没有基因注释文件怎么转换
如何获取目标基因的转录因子（下）——Linux命令获取目标基因TF
如何获取目标基因的转录因子（上）一文中我们以人类基因组为例，从ensemble网站下载了基因组中基因位置信息矩阵GRCh38.gene.bed和基因组中转录因子结合位点信息矩阵GRCh38.TFmotif_binding.bed） 我们知道有很多数据库可以查找启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点，但是怎么用Linux命令处理基因信息文件来得到关注基因的启动子和启动子区结合的TF呢
单细胞+Bulk+流式｜思路清晰，衰老特征怎么验证单基因？
今天给大家分享一篇JCR一区，单细胞的文章：PPARγ attenuates cellular senescence of alveolar macrophages in asthma-COPD overlap 标题：PPARγ在哮喘-COPD重叠中衰减肺泡巨噬细胞的细胞衰老发表日期：2024年4月期刊：Respiratory Research影响因子：5.8中科院分区：医学2区小类：
苹果开源高效语言模型 OpenELM；全球首个 AI 基因编辑器开源丨RTE 开发者日报 Vol.192
开发者朋友们大家好： 这里是 「RTE 开发者日报」 ，每天和大家一起看新闻、聊八卦。我们的社区编辑团队会整理分享 RTE（Real Time Engagement） 领域内「有话题的 新闻 」、「有态度的 观点 」、「有意思的 数据 」、「有思考的 文章 」、「有看点的 会议 」，但内容仅代表编辑的个人观点，欢迎大家留言、跟帖、讨论。 本期编辑：@CY，@JLT，@鲍勃 01 有话题的
易基因：RNA-seq联合ChIP-seq分析揭示肝脏p53依赖的组织特异性抗辐射机制｜抗性研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 以前的研究发现胸腺和脾脏是体内辐射敏感组织，而肝脏不是。胸腺和脾脏在体内全身辐射后会触发p53依赖性凋亡，但这种肝脏特异性抗性的分子机制尚不清楚。 2023年03月28日，美国西奈山伊坎医学院James J. Manfredi团队通过对经辐射处理的小鼠器官进行联合RNA测序（RNA-seq）和染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）
【C++风云录】解密基因密码：使用C++工具与库揭示生物信息学与基因组学之谜
高效处理生物学数据：探索生物信息学与基因组学领域的C++工具与库 前言 在当今生物科学领域中，生物信息学和基因组学扮演着至关重要的角色。随着测序技术的飞速发展，大量的生物学数据被生成并涉及到序列分析、结构分析、比对、进化分析等诸多任务。为了处理和分析这些大规模的生物学数据，生物学家和计算生物学家们借助于C++编程语言开发了许多高效的工具和库。 本文将重点介绍一些在生物信息学和基因组学研究中被
TCGAplot在线版：输入基因，一键绘制TCGA泛癌肿瘤vs正常box图
1.TCGA简介 TCGA（The Cancer Genome Atlas）收集了大量癌症样本的数据，涉及33种不同癌症、超过 20000个样本，包括外显子组测序、RNA 测序、microRNA 测序、拷贝数变异、蛋白质组和甲基化组，临床信息等数据，研究者可以利用各种生物信息学工具和统计方法来挖掘数据中的有用信息，推动癌症研究的进展。 2.TCGAplot简介 华科同济医院的王雄老师课题组利