在线绘制哑铃图（dumbbell chart）展示基因拷贝数变异（CNV）

本文主要是介绍在线绘制哑铃图（dumbbell chart）展示基因拷贝数变异（CNV），希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

导读：

哑铃图的名称来源于其形状，它看起来像一个哑铃，有两个圆形的“重量”在两端，通过一根“杆”连接。常用于展示两个或多个数据集之间的差异。本文介绍了如何使用哑铃图展示基因的拷贝数变异。

Journal of Translational Medicine文章《SLC26A4 correlates with homologous recombination deficiency and patient prognosis in prostate cancer》fig 2e 使用哑铃图展示了前列腺癌中同源重组缺陷（Homologous recombination deficiency，HRD）相关的23个基因的拷贝数变异（copy number variation，CNV）频率。红色点表示缺失（deletion）频率，蓝色点表示扩增（amplification）频率。基因按照扩增频率从大到小排序。

哑铃图

哑铃图（Dumbbell Chart）是一种数据可视化工具，用于比较两个或多个数据集之间的差异。通常用于展示在不同时间点或不同条件下的数据对比。哑铃图的名称来源于其形状，它看起来像一个哑铃，有两个圆形的“重量”在两端，通过一根“杆”连接。哑铃图可以直观地展示了两组数据之间的差异，图表结构简单，易于理解和阅读。

拷贝数变异

拷贝数变异（Copy Number Variation，简称CNV）是指基因组中某些DNA片段的拷贝数与参考基因组相比出现增加或减少的现象。

CNV的特点包括：

大小：CNV涉及的DNA片段长度不一，可以从很小的几个碱基对到数百万个碱基对
分布：CNV在人类群体中广泛存在，是基因组多态性的一个主要来源
遗传性：CNV可以通过遗传从父母传递给子女
多样性：不同个体之间CNV的存在和拷贝数可能不同，这种多样性是基因组多样性的重要组成部分
功能影响：CNV可能影响基因的表达和功能，从而影响个体的表型和对某些疾病的易感性
与疾病关联：某些CNV与遗传性疾病、先天性异常、癌症和其他复杂疾病的发生有关

CNV的检测通常通过比较个体基因组中的DNA序列与参考基因组的差异来实现。检测方法包括微阵列比较基因组杂交（array-based comparative genomic hybridization, aCGH）、高通量测序（next-generation sequencing, NGS）等技术。

在临床遗传学和肿瘤学中，CNV的检测对于诊断、风险评估和个性化医疗具有重要意义。例如，在肿瘤基因组学中，CNV分析有助于识别肿瘤特异性的基因组改变，这些改变可能与肿瘤的生长、侵袭性和治疗反应有关。

1，打开作图URL

微生信-免费在线绘制哑铃图（dumbbell chart）

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据包括3列：

第1列：基因名

第2列：Deletion组的CNV频率

第3列：Amplification组的CNV频率

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择参数。

注：输入检查是新加功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块要求。

4，选择参数

图片大小：包括图片宽度，图片高度

轴说明：包括X轴的说明，Y轴的说明

文字大小：

轴文字大小：基因，X轴数值刻度的文字大小

轴说明文字大小：CNV frequency和Genes的字体大小

图例字体大小：组别Amplification和Deletion的字体大小

左侧哑铃：

左侧哑铃点大小：点的大小，数值越大，点越大

左侧哑铃点颜色：点颜色

左侧哑铃点边线大小：点对应的外圈边框线的粗细

左侧哑铃点边颜色：点对应的外圈边框线的颜色

中间连线：连线的粗细，连线的颜色

右侧哑铃：

右侧哑铃点大小：点的大小，数值越大，点越大

右侧哑铃点颜色：点颜色

右侧哑铃点边线大小：点对应的外圈边框线的粗细

右侧哑铃点边颜色：点对应的外圈边框线的颜色

网格线：是否绘制Y轴的背景线。加网格线的绘制效果要好点

隐藏上、右边框：是否隐藏图上方（top）和右侧（right）的边框线。

字体：设置了期刊杂志中最常用的两种：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以使用acrobat illustrator编辑生成的pdf或者svg图片

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约3s后，会在页面上显示哑铃图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图，进行组图，调整字体等操作，以满足论文要求。

安放数据的顺序（左右）：

1）若两者没有明显的时序关系，则安放数据的顺序无所谓，例如这里的amplification和deletion可以互换顺序。

2）若两者有明显的时序关系，通常建议根据组别的意义安放数据。例如加药前的数据放在第2列，加药后的数据放在第3列。

安放数据的顺序（上下）：

根据第1列的字母顺序排序后绘图，或者根据名字进行分组排序后绘图，可以更方便地找到对应的条目。例如这里如果按照基因名从a-z排序后，则很容易找到对应基因，而当前图找基因会比较麻烦。
根据第2列的数值从小到大或者从大到小排序后绘制，可以更清楚地展示基因的deletion情况。
根据第3列的数值从小到大或者从大到小排序后绘图，可以更清楚地展示基因的amplification情况。
根据第3列和第2列的差值从小到大或者从大到小排序后绘图，可以更清楚地展示差异情况。