拷贝数专题

外泌体相关基因肝癌临床模型预测——2-3分纯生信文章复现——5.拷贝数变异及突变图谱(2)

内容如下: 1.外泌体和肝癌TCGA数据下载 2.数据格式整理 3.差异表达基因筛选 4.预后相关外泌体基因确定 5.拷贝数变异及突变图谱 6.外泌体基因功能注释 7.LASSO回归筛选外泌体预后模型 8.预后模型验证 9.预后模型鲁棒性分析 10.独立预后因素分析及与临床的相关性分析 11.列线图,ROC曲线,校准曲线,DCA曲线 12.外部数据集验证 13.外泌

在线绘制哑铃图(dumbbell chart)展示基因拷贝数变异(CNV)

导读: 哑铃图的名称来源于其形状,它看起来像一个哑铃,有两个圆形的“重量”在两端,通过一根“杆”连接。常用于展示两个或多个数据集之间的差异。本文介绍了如何使用哑铃图展示基因的拷贝数变异。 Journal of Translational Medicine文章《SLC26A4 correlates with homologous recombination deficiency and pa

inferCNV:scRNA-seq数据推断染色体拷贝数变化

inferCNV分析简介 inferCNV用于探索肿瘤单细胞RNA-Seq 数据,以确定体细胞大规模染色体拷贝数改变的证据,例如整个染色体或大片段染色体的增益或缺失。这是通过与一组参考“正常”细胞(这里的正常细胞可自行定义)进行比较,探索肿瘤基因组各部位基因的表达强度来完成的。热图展示每个染色体的相对表达强度,并且与“正常”细胞相比,肿瘤基因组的哪些区域过表达或降低(异常)。 同时我们需要了解