bedtools subtract 基因区段取差集

2024-09-07 12:48

本文主要是介绍bedtools subtract 基因区段取差集,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

基本概述:

bedtools subtract 通俗的说,得到 A - B 的区段。如果在A中发现了B区段,就把 B 扣除,通过不同的参数,扣除的标准不一样。其中,参数 -A 可以达成 Remove features with any overlap 的效果(第四行)。
在这里插入图片描述


使用方法:

bedtools subtract [OPTIONS] -a <BED/GFF/VCF> -b <BED/GFF/VCF>

或者简写成

subtractBed [OPTIONS] -a <BED/GFF/VCF> -b <BED/GFF/VCF>

参数一览

Option	Description
-f	Minimum overlap required as a fraction of A. Default is 1E-9 (i.e. 1bp).

这篇关于bedtools subtract 基因区段取差集的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1145098

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