基本概述： bedtools subtract 通俗的说，得到 A - B 的区段。如果在A中发现了B区段，就把 B 扣除，通过不同的参数，扣除的标准不一样。其中，参数 -A 可以达成 Remove features with any overlap 的效果（第四行）。 使用方法： bedtools subtract [OPTIONS] -a <BED/GFF/VCF> -b <BE

bedtools intersect 命令默认情况下是同时考虑同链和异链重叠的，如果你只想考虑异链重叠，可以使用 -s 参数指定只考虑同链的重叠。-S 参数表示只考虑异链重叠，即 + 链与 - 链之间的重叠。 注： bedtools intersect 命令返回的 BED 文件中的每个区域的 end 坐标是不包含在区域内的。这意味着，对于返回的每个区域，其结束坐标是开区间，即该坐标点不属于该区域

文章目录 官方文档下载安装演示版的bed文件 (demo.bed)我们的基因组文件（genome.txt）两侧的运算填充运算下载测试数据提取与genes.gff的间隔相对应的序列获取测试数据用这个间隔文件去分割bam文件实战案例获取数据bedtools intersect从注释文件中，选取启动子找到跟每个exon最近的启动子以5Kb一个窗口把人类基因组以覆盖 官方文档 htt

往TraesCS6B03G0578500.1.bed写入文件 Chr6B IWGSC_v2.1 exon 299893989 299894056 100 - . ID=TraesCS6B03G0578500.1.exon2;Parent=TraesCS6B03G0578500.1;Name=TraesCS6B02G215300.1.exon1;Target=TraesCS6B02G215300.