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bedtools subtract 基因区段取差集
基本概述: bedtools subtract 通俗的说,得到 A - B 的区段。如果在A中发现了B区段,就把 B 扣除,通过不同的参数,扣除的标准不一样。其中,参数 -A 可以达成 Remove features with any overlap 的效果(第四行)。 使用方法: bedtools subtract [OPTIONS] -a <BED/GFF/VCF> -b <BE
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用BitMap结构实现快速取差集
在流式计算对比基线无数据告警场景中,利用基线数据对比来源数据,如果发现该时间窗口内的数据不在基线数据中则产生告警,因此基线数据和来源数据需要进行对比计算,基线数据去掉来源数据中已有的数据,余下的数据作为产生的告警数据。在数据量较小时直接进行集合运算取差集即可,但是但基线数据和来源数据量达百万甚至千万时则计算缓慢,出现延时,因此需要找到其它方式方法。 基线数据的定义: 基线数据是一组带时分的时序数
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