scrna专题

scRNA-data中的R值

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心当我们测序拿得到各个样本中基因的表达值，就可以用基因表达值来表征样本间的相关性代码如下： #样本间相似性：R值相关性捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性 exp_RNA <- AverageExpression(fasting_memory, group.by = "Sample",lay

inferCNV：scRNA-seq数据推断染色体拷贝数变化

inferCNV分析简介 inferCNV用于探索肿瘤单细胞RNA-Seq 数据，以确定体细胞大规模染色体拷贝数改变的证据，例如整个染色体或大片段染色体的增益或缺失。这是通过与一组参考“正常”细胞（这里的正常细胞可自行定义）进行比较，探索肿瘤基因组各部位基因的表达强度来完成的。热图展示每个染色体的相对表达强度，并且与“正常”细胞相比，肿瘤基因组的哪些区域过表达或降低（异常）。同时我们需要了解

单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控

单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控单细胞RNA测序（scRNA-seq）基础知识可查看以下文章：单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞分离与扩增 1. 单细胞RNA-seq样本数据说明样本数据来源文章：Acquired cancer resistance to combination

scRNA-seq的出现彻底改变了我们对生物组织中细胞异质性和复杂性的理解。然而，大型，稀疏的scRNA-seq数据集的隐私法规对细胞分类提出了挑战。联邦学习提供了一种解决方案，允许高效和私有的数据使用。scFed是一个统一的联邦学习框架，允许在不侵犯数据隐私的情况下对四种分类算法进行基准测试，包括单细胞特定分类器和通用分类器。作者使用8个公开的具有不同大小、物种和技术的scRNA-seq数据集来

scRNA+bulk+MR：动脉粥样硬化五个GEO数据集+GWAS，工作量十分到位

今天给大家分享一篇JCR一区，单细胞+bulk+MR的文章：An integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome and bidirectional mendelian randomization analysis identified C1Q as a novel stimulated risk gene for Ather

scIMC：scRNA-seq插补方法基准

在scRNA-seq中一个主要的挑战即为“dropout”事件，它扭曲了基因表达，显著影响了单细胞转录组的下游分析。为了解决这个问题，已经做了很多努力，并开发了几种基于模型和基于深度学习的scRNA-seq插补方法。但是，目前还缺乏对现有方法进行全面、系统的比较。在这项工作中，作者使用6个模拟和2个真实的scRNA-seq数据集，从以下四个方面全面评估和比较了总共12种可用的插补方法：1.基因表达

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记 scRNA-seq技术scRNA-seq 分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类 Clustering 注释细胞类型 scRNA数据分析结尾该笔记来源于 B站up 江湾青年 scRNA-seq技术首先是如何测序，上图瓶中有很多细胞，然后让这些细胞一个一个进入右边的管道，管道的下边那个管道一个一个进入小球，理

scRNA-seq 数据处理流程

brief 最近的一篇综述讲述了单细胞数据的分析方向，包括对应的工具，准备跟着文章走一次，如下是学习记录。 Title ： Complex Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Data DOI ： 10.1134/S0006297923020074 目前的学习路径如下：（每个步骤细节还蛮多的，放在一起就太臃肿且不好组织了，分开学习分开记录，有需要的

10X_Genomics_scRNA_Seq 名词解释

Sample（样本）：单个生物来源（血液、组织等）提取的细胞混悬液。（标示是index） Library（文库）：从一个样本制备的1个10X-barcoded测序文库，对应着一个10x Chromium Controller run 的单芯片通道。（标示是barcoded） Flowcell：一个类似载玻片的测序芯片，包含了一个run的测序数据，该数据可根据芯片上的 lane 和样本的 in

IF：8+ 基于scRNA-seq 揭示牙周炎患者在接受非手术治疗后免疫反应的重新平衡

桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们哦！公司英文名称：Kyoho Gene Technology (Beijing) Co.,Ltd. 这期分享一篇2022年7月份发表在 Journal of Trans

易基因：单细胞转录组测序（scRNA-seq）揭示猪窦卵泡细胞异质性和通讯模式｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。卵母细胞是哺乳动物生命的基础，它们在卵巢中的卵泡小囊中发育，卵母细胞发育的最后阶段发生在窦状卵泡（Antral Follicles）中。卵母细胞的成功生长和成熟取决于与邻近细胞（主要是颗粒细胞）的复杂互作。了解窦卵泡内这些颗粒细胞之间的差异以及如何双向通讯，对于了解哺乳动物如何繁殖和生长至关重要。先前研究鉴定出窦卵泡中颗粒细胞的