10X_Genomics_scRNA_Seq 名词解释

2023-12-07 20:10

本文主要是介绍10X_Genomics_scRNA_Seq 名词解释,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

Sample(样本):单个生物来源(血液、组织等)提取的细胞混悬液。(标示是index)

Library(文库):从一个样本制备的1个10X-barcoded测序文库,对应着一个10x Chromium Controller run 的单芯片通道。(标示是barcoded)

Flowcell:一个类似载玻片的测序芯片,包含了一个run的测序数据,该数据可根据芯片上的 lane 和 样本的 index 拆分。

lane(通道):通常一张flowcell(芯片)上会有多条lane

一个sample可制备多个library,这样不必重复加10x Chromium Controller run就能获得更多细胞数

一个文库(library)可以被多个芯片(flowcell)测序,然后合并,就像这些read是从一次run获得的

一个芯片(flowcell)可以包含多个文库(library),按照 lane 区分和 index 拆分

一个通道(lane)上可以包含多个文库(library),按照文库(library)的 barcoded 拆分

10X_Genomics 给出的工作流程示例:

 

 

这篇关于10X_Genomics_scRNA_Seq 名词解释的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/467195

相关文章

计网名词解释

DNS的主要功能和特点 域名解析:DNS的核心功能是将用户输入的域名解析为IP地址。因为计算机之间只能通过IP地址进行通信,而域名更易于人类记忆和使用,所以DNS起到了桥梁的作用。 分布式数据库:DNS是一个分布式的数据库系统,全球范围内有多个DNS服务器协同工作,共同提供域名解析服务。 缓存机制:为了提高解析效率,DNS服务器和客户端都会缓存解析结果。当再次请求相同的域名时,可以直接从缓存中获

使用seq_file

在《使用procfs》一文的源码示例中有说到proc文件系统每次读取的数据只能是1个页,如果超过则需多次读取,这样的话会增加读取次数,增多系统调用次数,影响了整体的效率,故而才有seq file序列文件的出现,该项功能使得内核对于大文件的读取更加容易。  对于seq file,其结构体定义在include/linux/seq_file.h文件中,内容如下: struct seq_file {

scRNA-data中的R值

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心  当我们测序拿得到各个样本中基因的表达值,就可以用基因表达值来表征样本间的相关性 代码如下: #样本间相似性:R值 相关性 捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性 exp_RNA <- AverageExpression(fasting_memory,                              group.by = "Sample",lay

【0323】Postgres内核之 hash table sequentially search(seq_scan_tables、num_seq_scans)

0. seq scan tracking 我们在这里跟踪活跃的 hash_seq_search() 扫描。 需要这种机制是因为如果扫描正在进行时发生桶分裂(bucket split),它可能会访问两次相同的条目,甚至完全错过某些条目(如果它正在访问同一个分裂的桶中的条目)。因此,如果正在向表中插入数据,我们希望抑制桶分裂。 在当前的使用中,这种情况非常罕见,因此只需将分裂推迟到下一次插入即可。

2024.09.04【读书笔记】|如何使用Tombo进行Nanopore Direct RNA-seq(DRS)分析

文章目录 Tombo快速使用介绍模型介绍RNA修饰分析步骤特异性替代碱基检测(推荐)De novo canonical model comparison ONT全长转录组分析步骤疑难解答Minimap2在比对nanopore直接RNA-seq数据时的最佳实践和参数设置有哪些?featureCounts在进行RNA-seq定量分析时,如何选择最合适的参考基因组注释文件?Tombo序列重校正过程

redis内存数据库的专业术语雪崩、击穿、穿透的名词解释

redis作为一个内存数据库,其作用主要体现在可以提供高速的访问处理。 redis在内存层面工作,一个字,快。 这也是redis区别于其他类型数据库的一个主要特点。 与之配合使用的是后端持久化存储数据库,比如结构化的数据库mysql mysql的数据是存在硬盘的。 当redis和mysql配置使用的时候 用户先访问到的是redis的数据 有需要的时候,redis会在mysql去拿数据。

seq 序列

seq 序列用法: seq 【option】...last seq 【option】...first last seq 【option】...first increment last 例如:seq 5  //1-5 seq 2 5 //2-5 seq 1 2 10 //1-10 基数 seq 2 2 10 //1-10 偶数 -s指定序列的分隔符,横向展示 seq

关于宏CV_GET_SEQ_ELEM

#define CV_GET_SEQ_ELEM(TYPE,seq,index)\(TYPE*)cvGetSeqElem((CvSeq*)(seq),(index)) 用法:从所给序列中取出元素的地址,注意:得到的是地址,即指针 所以,关键在于序列中存放的是那种类型的数据,若存放的为地址,那用这个宏得到的就是指针的指针。 例程: 1.序列中存放的为CvPoint CvPoint pt=*C

ChIP-seq项目文章 | Adv Sci转录因子FOXK1通过驱动小管上皮细胞糖酵解促进慢性肾脏疾病

在慢性肾脏疾病(CKD)进展过程中,肾小管上皮细胞(TECs)经历了从脂肪酸氧化到糖酵解的能量相关代谢转变。然而,这种糖酵解爆发的机制尚不清楚。2024年7月31日,武汉大学王惠明教授团队和湖北民族大学刘伦志教授团队在Advanced Science(IF:14.6)上在线发表了题为“Forkhead Box Protein K1 Promotes Chronic Kidney Disease b

Signac 单细胞|ATAC-seq Call peak

引言 本文将向您展示如何利用MACS2软件,在单细胞ATAC-seq的基因组数据中识别基因调控区域的峰值。 实战 在使用Signac进行峰值检测之前,您需要先安装MACS2。您可以通过pip或conda安装它,或者从源代码自行编译。 本次演示以人类外周血单核细胞的单细胞ATAC-seq数据为例。首先,请加载必要的软件包和预先处理过的Seurat数据对象。 library(Signac)libra