scRNA-seq 数据处理流程

2024-01-26 16:59
文章标签 流程 数据处理 seq scrna

本文主要是介绍scRNA-seq 数据处理流程,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

brief

最近的一篇综述讲述了单细胞数据的分析方向,包括对应的工具,准备跟着文章走一次,如下是学习记录。
Title : Complex Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Data
DOI : 10.1134/S0006297923020074
在这里插入图片描述

目前的学习路径如下:
(每个步骤细节还蛮多的,放在一起就太臃肿且不好组织了,分开学习分开记录,有需要的点击超链接。)
1.构建Seurat 对象
2.Pro-process:QC & 过滤细胞
3.Normalizing the data
4.Feature select
5.scale data
6.RunPCA
7.cluster
8.非线性降维+可视化
9.Cluster biomarkers:differential expression
10.Cell annotation
11.Cell-cell intraction

这篇关于scRNA-seq 数据处理流程的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/647463

相关文章

Security OAuth2 单点登录流程

单点登录(英语:Single sign-on,缩写为 SSO),又译为单一签入,一种对于许多相互关连,但是又是各自独立的软件系统,提供访问控制的属性。当拥有这项属性时,当用户登录时,就可以获取所有系统的访问权限,不用对每个单一系统都逐一登录。这项功能通常是以轻型目录访问协议(LDAP)来实现,在服务器上会将用户信息存储到LDAP数据库中。相同的,单一注销(single sign-off)就是指

Spring Security基于数据库验证流程详解

Spring Security 校验流程图 相关解释说明(认真看哦) AbstractAuthenticationProcessingFilter 抽象类 /*** 调用 #requiresAuthentication(HttpServletRequest, HttpServletResponse) 决定是否需要进行验证操作。* 如果需要验证,则会调用 #attemptAuthentica

kubelet组件的启动流程源码分析

概述 摘要: 本文将总结kubelet的作用以及原理,在有一定基础认识的前提下,通过阅读kubelet源码,对kubelet组件的启动流程进行分析。 正文 kubelet的作用 这里对kubelet的作用做一个简单总结。 节点管理 节点的注册 节点状态更新 容器管理(pod生命周期管理) 监听apiserver的容器事件 容器的创建、删除(CRI) 容器的网络的创建与删除

Python:豆瓣电影商业数据分析-爬取全数据【附带爬虫豆瓣,数据处理过程,数据分析,可视化,以及完整PPT报告】

**爬取豆瓣电影信息,分析近年电影行业的发展情况** 本文是完整的数据分析展现,代码有完整版,包含豆瓣电影爬取的具体方式【附带爬虫豆瓣,数据处理过程,数据分析,可视化,以及完整PPT报告】   最近MBA在学习《商业数据分析》,大实训作业给了数据要进行数据分析,所以先拿豆瓣电影练练手,网络上爬取豆瓣电影TOP250较多,但对于豆瓣电影全数据的爬取教程很少,所以我自己做一版。 目

火语言RPA流程组件介绍--浏览网页

🚩【组件功能】:浏览器打开指定网址或本地html文件 配置预览 配置说明 网址URL 支持T或# 默认FLOW输入项 输入需要打开的网址URL 超时时间 支持T或# 打开网页超时时间 执行后后等待时间(ms) 支持T或# 当前组件执行完成后继续等待的时间 UserAgent 支持T或# User Agent中文名为用户代理,简称 UA,它是一个特殊字符串头,使得服务器

UMI复现代码运行逻辑全流程(一)——eval_real.py(尚在更新)

一、文件夹功能解析 全文件夹如下 其中,核心文件作用为: diffusion_policy:扩散策略核心文件夹,包含了众多模型及基础库 example:标定及配置文件 scripts/scripts_real:测试脚本文件,区别在于前者倾向于单体运行,后者为整体运行 scripts_slam_pipeline:orb_slam3运行全部文件 umi:核心交互文件夹,作用在于构建真

C++/《C/C++程序编译流程》

程序的基本流程如图:   1.预处理        预处理相当于根据预处理指令组装新的C/C++程序。经过预处理,会产生一个没有宏定义,没有条件编译指令,没有特殊符号的输出文件,这个文件的含义同原本的文件无异,只是内容上有所不同。 读取C/C++源程序,对其中的伪指令(以#开头的指令)进行处理将所有的“#define”删除,并且展开所有的宏定义处理所有的条件编译指令,如:“#if”、“

笔记本电脑的具体选购步骤流程

2.1 笔记本电脑的具体选购步骤流程   关于笔记本电脑的选购,一直是热点话题。不管是新手还是老前辈,选购前,总是要先上网查一查,汇总一些信息或经验。因为选购一台笔记本电脑,从它的配置、外观到做工等很多方面都需要考量,所以挑一台自己喜欢的、适合自己的笔记本电脑也是一件很费脑筋的事情。本节将一些选购笔记本电脑的经验进行了总结,供广大读者选购笔记本电脑时参考。   笔记本电脑选购流程如下

基于微信小程序与嵌入式系统的智能小车开发(详细流程)

一、项目概述 本项目旨在开发一款智能小车,结合微信小程序与嵌入式系统,提供实时图像处理与控制功能。用户可以通过微信小程序远程操控小车,并实时接收摄像头采集的图像。该项目解决了传统遥控小车在图像反馈和控制延迟方面的问题,提升了小车的智能化水平,适用于教育、科研和娱乐等多个领域。 二、系统架构 1. 系统架构设计 本项目的系统架构主要分为以下几个部分: 微信小程序:负责用户界面、控制指令的