本文主要是介绍全外显子测序分析流程1 - Fastq质控与去接头、低质量和引物序列,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
全外显子测序分析流程1 - Fastq质控与去接头、低质量和引物序列
1. 运行实例
# -d 样本根目录
# -s 样本名称
python trim_fastq.py -d /result/WES/sample -s sample
2. fastqc质控报告与去接头、低质量序列主程序
- 对raw fastq和clean fastq生成质控QC报告
- trim_galore去接头、低质量序列和引物序列
- 多线程运行
- python封装,参数调用
# trim_fastq.py
import os
import optparse
import configparser
from threading
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