全外显子测序分析流程3 - Exon.Interval.bed文件生成和BAM文件标记重复

2024-09-01 11:52

文章标签 分析标记流程生成重复 interval bam 测序外显子 bed exon

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全外显子测序分析流程3 - Exon.Interval.bed文件生成和BAM文件标记重复

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1. 封装流程特点

python封装，参数控制
配置文件设置核心参数，便于全流程控制

2. 运行示例

####### Exon.Interval.bed文件生成 ######
# -s: 样本名称<

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http://www.chinasem.cn/article/1126862。 23002807@qq.com

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poj2406（连续重复子串）

题意:判断串s是不是str^n，求str的最大长度。解题思路：kmp可解，后缀数组的倍增算法超时。next[i]表示在第i位匹配失败后，自动跳转到next[i]，所以1到next[n]这个串等于 n-next[n]+1到n这个串。代码如下； #include<iostream>#include<algorithm>#include<stdio.h>#include<math.

poj3261（可重复k次的最长子串）

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poj 1258 Agri-Net（最小生成树模板代码）

感觉用这题来当模板更适合。题意就是给你邻接矩阵求最小生成树啦。~ prim代码：效率很高。172k...0ms。 #include<stdio.h>#include<algorithm>using namespace std;const int MaxN = 101;const int INF = 0x3f3f3f3f;int g[MaxN][MaxN];int n

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