突变专题
外泌体相关基因肝癌临床模型预测——2-3分纯生信文章复现——5.拷贝数变异及突变图谱（2）
内容如下： 1.外泌体和肝癌TCGA数据下载 2.数据格式整理 3.差异表达基因筛选 4.预后相关外泌体基因确定 5.拷贝数变异及突变图谱 6.外泌体基因功能注释 7.LASSO回归筛选外泌体预后模型 8.预后模型验证 9.预后模型鲁棒性分析 10.独立预后因素分析及与临床的相关性分析 11.列线图，ROC曲线，校准曲线，DCA曲线 12.外部数据集验证 13.外泌
maftools癌症体细胞变异(突变)分析工具学习
Maftools 是一个专门用于分析和可视化突变数据的 R 包。全名为 "Mutation Annotation Format Tools"，它主要处理 MAF（Mutation Annotation Format）文件，这种文件格式广泛用于存储和共享癌症基因组中的突变数据。 Maftools 的主要功能包括： 突变数据解析：可以方便地加载 MAF 文件，并将其解析为 R 中的对象，便于进一步
建模杂谈系列253 序列突变点的判定
说明 使用pycm3进行推断。 内容 1 环境搭建 使用conda创建对应的包环境，然后再通过jupyter运行 conda create -c conda-forge -n pymc_env "pymc>=5"conda activate pymc_envpip3 install ipython -i https://mirrors.cloud.tencent.com/pypi/s
一维时间序列突变检测方法（小波等，MATLAB R2021B）
信号的突变点检测问题是指在生产实践中，反映各种系统工作状态的信号，可能因为受到不同类型的噪声或外界干扰而发生了信号突变，导致严重失真的信号出现，因此必须探测突变出现的起点和终点。研究目的在于设计出检测方案，可以最快地检测出系统中信号非正常变化的时刻，作出后续处理，以减小损失。目前在国内，信号的突变点检测课题在滚动轴承、水利水电、智能空间行为识别等许多工程实践和科学研究领域已得到广泛研究。 自上世
文献解读-群体基因组第二期|《中国人群中PAX2新生突变的检测及表型分析：一项单中心研究》
关键词：应用遗传流行病学；群体测序；群体基因组；基因组变异检测； 文献简介 标题（英文）：Detection of De Novo PAX2 Variants and Phenotypes in Chinese Population: A Single-Center Study标题（中文）：中国人群中PAX2新生突变的检测及表型分析：一项单中心研究发表期刊：Genes作者单位：重庆医科
GPB | RegVar：基于深度神经网络的非编码区突变功能预测新方法
Genomics, Proteomics & Bioinformatics （GPB）发表了由军事医学研究院辐射医学研究所张成岗研究员、周钢桥研究员和卢一鸣副研究员团队完成的题为“RegVar: Tissue-specific Prioritization of Noncoding Regulatory Variants”的方法文章。我们的“要文译荐”栏目很高兴邀请到文章的通讯作者张成岗研究员
蛋白质治病突变的计算方法（三）
3 用于识别致病突变的特征 文献中使用了几种特征来识别蛋白质中的致病突变。它们大致分为三类：(1)序列，(2)结构和(3)网络，以及它们的组合。图1说明了这三组中的一些重要属性。 图1 用于识别致病突变和热点的重要特征。 基于氨基酸序列的特性包括理化特性、二级结构、位置特异性得分矩阵(PSSM)、特异性基序（mo
MIT设计深度学习框架登Nature封面，预测非编码区DNA突变
来源：机器之心本文约2300字，建议阅读9分钟本文介绍了MIT和哈佛大学博德研究所等机构的最新研究。 来自 MIT 和哈佛大学博德研究所等机构的一项研究刚刚登上了 Nature 封面。他们创建了一个数学框架来预测基因组中非编码序列的突变及其对基因表达的影响。研究人员将能够利用这些模型来设计细胞、研发新药、寻找包括癌症和自身免疫性疾病在内的疾病新疗法。 尽管每个人类细胞都包含大量基因，但所谓
神经网络突变自动选择AI优化算法，速度提升50000倍！
新智元报道 来源：venturebeat、IBM 编辑：大明 【导读】为特定任务寻找最合适的优化机器学习算法是一件耗时费力的工作，因为没有一种算法能适用于所有任务。IBM的研究人员提出“神经突变”进化算法，可以为机器学习任务自动选择最合适的算法，选择速度提升了50000倍，错误率仅上升0.6%. 机器学习系统并非是“生而平等”的。没有一种算法能应对所有的机器学习任务，这就让寻找
JACS | MD揭示TetR中热点突变引起的多重别构调控机制
别构效应(蛋白质上远程位点之间的长程通讯)对许多生物学功能至关重要,并有可能在药物开发和蛋白质工程等领域得到应用。热点残基对调控别构效应的程度起关键作用。作者利用广泛的分子动力学模拟研究了四环素抑制剂(TetR)的几个代表性热点突变体。发现TetR通过同位效应机制调控细菌中的抗生素抗性基因。 1. 模型搭建 构建野生型和多个代表性热点突变体(如G102D、R49A等)的分子模型。
电容电压不能突变-电势与电压-神奇的电容
电容，这个从初中就认识的神奇的存在，却一直是那么难以捉摸，最近又被它困扰了好一会儿。问题的起源就是“电容两端电压不能突变”，通过电容将一变化的信号耦合到电容的另一端，本来嘛，“电容两端电压不能突变”就是存在大脑中的常识，但是呢，由于这次所遇到的电路耦合的并不是所谓的突变信号，这就让我对以前的常识产生了怀疑。 首先，看一个简单而熟悉的电路：
RC充放电电路 电容电压不能突变
在Vin输入方波的瞬间，有低电平变为高电平，但是在输入端对立即为高电平吗？电容充电不是需要时间的吗？ 理解： 1、电容充电需要时间。在输入电压突变的瞬间，由于电容两端的电压不能突变（Vc=0），(正电容不能突变，在输入电压突变的瞬间，电容两端的瞬间电压为“0” (Vc=0))，输出电压Vou则按计算式有：Vout=Vin-Vc =Vin 输出电压不是电容上的电压，是输入电压
电容两端电压不能突变结论
只需要记住结论就好了，如果V1电源发生突变，电容的上端接着R1，下端接着GND，所以电容两端的电压不变（指的是两级板各自的电压），然后电容的上极板逐渐充电，电位上抬。 如果GND发生突变，则电容下级板的电压突变，电容两端电压不会突变，则上极板电压也随之突变。 具体实验可以看下面的博文。这里贴出他给的结论。 真实的电路中，电阻是永远存在的，电容两端的充放电难度（例如较为简单的电路情形就是
丢掉一个采样点会造成信号的相位突变，这就是「啪」声的来源。
16K采样率去采1kHz正弦信号，然后每隔1秒丢掉一个sample，这样的音源播放时为何会有啪啪声？ 如题，该怎么用数字信号处理的知识来解释这个问题？ 简单地说，丢掉一个采样点会造成信号的相位突变，这就是「啪」声的来源。 具体地说，为什么相位突变会造成「啪」声呢？ 我们在丢掉采样点的位置附近取一小段信号，比如 128 个采样点，在 16 kHz 采样率下是 8 ms。这段信号的
基因组学之碱基突变的关键概念
碱基突变 突变（muation）会引起DNA序列的变化，进一步会引起蛋白序列的改变。正常的细胞活动或细胞与环境的随机相互作用，会使得生物产生一定数目的突变，称为自发突变（spontaneous muation）。突变是稀有事件，大多数能破坏基因的突变在生物进化过程中被淘汰。 关键概念 1. 点突变可改变单一碱基 2. 一种碱基通过化学反应转变为另一种碱基或复制错误都可引起点突变 3.
使用sql_profile脚本处理执行计划突变的案例
现象：2017年12:21 日 XX系统某个模块跑批超时。 通过查看会话发现是某个会话在执行sql b2j4crf66rpzn时间很长。等待事件为 SQL*Net message to client 查看该sqlb2j4crf66rpzn详情如下： SQL语句的历史执行计划如下： 以上是我开发的优化工具抓取到的图片：可以看到plan2中存在会引起巨大性能问题的
综合分析突变揭示了27种儿童癌症之间的不同模式和分子过程
今天给同学们分享一篇实验文章“Comprehensive analysis of mutational signatures reveals distinct patterns and molecular processes across 27 pediatric cancers”，这篇文章发表在Nat Cancer期刊上，影响因子为22.7。 结果解读： 27种儿童癌症的体细胞突变频
基因突变PHP6,患者大脑里，淀粉样蛋白前体基因的突变要多6倍！
在最新上线的一批《自然》论文里，重磅研究层出不穷。昨天，我们报道了口服甘露糖可以有效抑制肿瘤生长。在今天的故事里，学术经纬将给大家介绍一项关于阿兹海默病的突破性发现。一些科学家认为，这是近年来分子生物学领域最重要的发现之一，堪称里程碑。 说到阿兹海默病，我们的读者朋友想必都不陌生。早在100多年前，人们就已经发现了这种疾病。但直到现在，科学家们依然没有开发出任何一款能有效预防或治疗这种疾病的新
从分析结果中根据list提取突变信息
# _*_coding:utf-8_*_# author: 稻田工作者# date: 2020-06-13"""根据原始样本对应的突变信息从数据分析文件中提取检出结果，如：原始样本LC-BR3对应的突变信息如下：NM_000245.2:exon14_intron14:c.3028_3028+16del17:p.?NM_005228.3:exon20:c.2290_2291ins12:p.
fragstats：景观指数的突变分析
作者：CSDN @ _养乐多_ 本文将介绍景观指数时间序列的突变分析，包括突变时间、突变频次等。以及景观指数突变分析所用的软件和 python 代码。 结果如下图所示， 图1 突变频次 图2 突变时间 文章目录 一、景观指数计算二、景观指数时间序列构建三、参考博客四、结果可视化五、结果展示5.1 突变频次5.2 突变时间 一、景观指数计算 参考博
【深度学习入门项目】给学妹换个风格，画风突变【❤️CVPR 2020 风格迁移之NICE-GAN❤️】
❤️【深度学习入门项目】❤️ 之 【风格迁移】 初识 | 🚀学会【对抗训练】，你和学妹便不会再有尴尬🚀 ❤️ 【带你了解】❤️ ❤️ 风格迁移 ========》一键换装💙 人生多一点尝试 ===》画风突变 文章目录 🔔 基础信息🎉 git 官方 环境依赖如下：📢 环境搭建🎄 项目结构💜 加入数据集💜 训练参数设置 🎄 训练和测试💜 Train💜 Test
蛋白质的上位性效应及突变影响的范式
直接性上位效应 在这张图片中 ： 1）相互作用的氨基酸形成有利接触（H和T具有H键相互作用） 2）H和P的空间叠加，属于不利的上位姓效应 3）V和P具有更高的自由度，因此需要的能量更低，属于有力突变。
unity杂项 unity分辨率问题 分辨率突变
unity里ctrl+d居然不是重复行，作为强迫症不能原谅 查到key bindings中的duplicate line 写出ctrl+D 后来还是没用！最后发现原因是Ctrl+D 被其他东西占着（而且不只一个是好几个）从下面的提示可以看出，都取消了相同的ctrl+D只留一个duplicate line的就可以了 2.19.2016更新 unity有的时候分辨率会怎么输出都不
【23真题】劝退211！今年突变3门课！
今天分享的是23年云南大学847（原827）的考研试题及解析。同时考SS+DSP的院校做一个少一个，珍惜！同时考三门课的院校，复习压力极大，但是也会帮大家劝退很多人，有利有弊，请自行分析~ 本套试卷难度分析：22年云南大学827考研真题，我也发布过！平均分是104-107分，最高分132分！本套试题内容难度中等偏下，虽然24年云南大学加入了数电，同时考察3门课（压力山大），但是数字信号处理和信号
糖尿病最新进展：线粒体突变增加日本男性患糖尿病的风险
推荐阅读： 1.ips细胞治疗糖尿病研究进展综述 2.iPS细胞重编程实验相关实验材料 一项针对日本人群的2型糖尿病(T2D)的新研究发现了以前未知的遗传变异，该变异使男性携带者罹患该疾病的风险及其发病机理更高。在久坐的人中，这种变体的影响最为明显。携带这种病毒的人的T2D率比没有携带这种病毒的久坐的人高出65%。 由南天大学的研究人员以及日本天下大学大学福井纪之教授领导的日本同事发现，
KARS研究新热潮：靶点突变蛋白和野生蛋白研究
Ras蛋白是一类大小为21kD左右的单体三磷酸鸟苷（GTP）结合蛋白，为原癌基因RAS的表达产物，其存在于人类的大部分细胞中，能够结合GTP并且具有较弱的GTP水解酶活性。RAS基因突变是zui常见的人类致癌基因突变之一。RAS基因家族有三个成员，KRAS、NRAS、HRAS，其中KRASzui为常见，是肺癌、胰腺癌、结肠癌等实体肿瘤中常见的致癌基因。 KRAS4A和KRAS4B是KRAS基因的