代谢专题
FGF21：代谢信使
成纤维细胞生长因子21（FGF21）属于FGF19亚家族成员，主要在肝脏表达，作用于脂肪、肝脏和胰腺组织，调控糖脂平衡等物质代谢，是一种代谢激素。 （数据来源Phuc P, et al. Cells. 2021） FGF21由209个氨基酸组成，属于内分泌型胞外蛋白，1-28区段为信号肽引导分泌，主功能域为29-216区段，其中C端包括一段无序结构，较易被FAP水解失活。 （数据来源
代谢组数据分析（十九）：随机森林构建代谢组预后模型
介绍 建立胃癌（GC）预后模型时，从队列3中的181名患者中，使用右删失结果数据进行了随机分层抽样，分为训练数据集（n = 121）和测试数据集（n = 60）。训练了一个包含1000棵树的随机生存森林（RSF）模型，根据它们基于排列的特征重要性来选择突出的特征。通过再次训练随机生存模型，并选取28种代谢物，建立了显示出色预测能力（AUROC = 0.832，95% CI：0.697-0.9
肠道菌群检测报告解读——肠道菌群代谢产物包括激素，神经递质等
谷禾健康 肠道微生物群在食物消化、免疫激活和肠道内分泌信号通路的调节中扮演关键角色。同时，它们通过产生特定的代谢化合物与中枢神经系统(CNS)及身体其他部位进行密切交流。 这些代谢物包括次级胆汁酸、短链脂肪酸(SCFAs)、谷氨酸(Glu)、γ-氨基丁酸(GABA)、多巴胺(DA)、肾上腺素、吲哚、血清素(5-HT)和组胺等神经递质以及其他重要信号分子。 这些神经递质和主要菌群代谢物对肠
肥宅提高代谢注意事项
提高代谢率有助于更有效地燃烧卡路里和维持健康的体重。以下是一些科学依据的方法来提高你的新陈代谢： ### 1. 增加肌肉质量 肌肉比脂肪燃烧更多的卡路里。因此，通过力量训练来增加肌肉质量可以提高静息代谢率。 - **力量训练**：每周进行至少两到三次的力量训练，重点锻炼主要肌群（如腿部、背部、胸部和手臂）。 - **高强度间歇训练（HIIT）**：结合有氧运动和力量训练，HIIT可以有效提高代
成功案例（IF=7.3）| 转录组+蛋白质组+代谢组联合分析分析揭示胰腺癌中TAM2相关的糖酵解和丙酮酸代谢重构
研究背景 肿瘤的进展和发展需要癌细胞的代谢重编程，癌细胞能量代谢模式的改变可以满足快速增殖和适应肿瘤微环境的需要。肿瘤微环境（TME）中的代谢状态受到多种因素的影响，包括血管生成、与其他细胞的相互作用和系统代谢。代谢异质性可影响治疗效果，并可能预测临床结果。然而，很少有研究关注基于代谢异质性来区分亚型的方法。 胰腺癌（PAAD）是一种预后不良、死亡率高的恶性肿瘤。肿瘤相关巨噬细胞（TA
代谢组数据分析七：从质谱样本制备到MaxQuant搜库
前言 LC-MS/MS Liquid Chromatography-Mass Spectrometry（LC-MS/MS ，液相色谱-质谱串联）可用于残留化合物检测、有机小分子检测、鉴定和定量污染物以及在医药和食品领域添加剂检测和生物小分子等检测。 LC-MS/MS一般包含五个步骤（Figure 1）： 样本制备；样本分离：使用液相色谱方法分离；质谱上机：离子化、LUMOS原理、采集模式（
代谢组数据分析四：功能分析
Functional Analysis 代谢物通路包含了基因、催化酶或代谢物等上下游关系的先验知识，通过将关心的代谢物比对到通路上，再根据如超级几何分析等数学方法计算受影响的代谢物是否能够影响通路。 代谢物富集分析的目的是为了解析某些差异代谢物是否落在某些pathway上（可简单理解为单个差异代谢物解释pathway较弱，同一pathway的代谢物共同解释该通路变化则证据较为robust，在很
绘制包含Fold Change的差异代谢产物HMDB（KEGG）分类图
前言 前两天画KEGG的分类图师兄路过看到了让帮也画一个，一问是两个分组，于是建议参考这篇 Multi-omics reveals that the rumen microbiome and its metabolome together with the host metabolome contribute to individualized dairy cow performance 画差异
Echarts绘制差异代谢产物分类与KEGG通路分类的旭日图
文章目录 前言数据准备工作绘图excel旭日图的绘制ECharts旭日图的绘制ECharts旭日图菜鸟编辑器修改后的旭日图 附演示代码 前言 整理实验数据，进行可视化，旭日图有利于简洁明了的展示多层次结构 数据准备工作 对公司返回回来的代谢组结果进行整理，在MSMS二级质谱结果中找到需要分析组别的csv格式文件，直接用excel打开（p值过滤后的数据） 在总表的结
代谢组学分析常用网站
MetaboAnalyst 5.0 MetaboAnalyst 5.0 可进行代谢组数据的可视化分析，Module Overview如下，包括Biomarker Analysis/ Enrichment Analysis/Pathway Analysis/Joint Pathway Analysis/Network Analysis以及各种封图分析等，基本送测公司的报告里头的结果图，只要拿
代谢组数据分析五：溯源分析
MetOrigin Analysis {#MetOriginAnalysis} 微生物群及其代谢产物与人类健康和疾病密切相关。然而，理解微生物组和代谢物之间复杂的相互作用是具有挑战性的。 在研究肠道代谢物时，代谢物的来源是一个无法避免的问题即代谢物到底是来自肠道微生物的代谢还是宿主本身代谢产生的。2022年Yu, Gang et.al.发表的[@yu2022metorigin]提供了一个可以区
代谢网络模型学习笔记（序章）
代谢模型学习笔记（序章） 全文目录 代谢模型学习笔记（序章）-1、 闲言碎语0 、前言说明重点说明 1 、内容概述1.1 文献分享 Shifts in growth strategies reflect tradeoffs in cellular economics 2、 论文笔记3、思考讨论 -1、 闲言碎语 从上篇写代谢模型相关教程到现在过去了快3年，感觉时间确实匆匆而过
一种多信号线粒体靶向荧光探针，用于同时区分生物硫醇并实时可视化其在癌细胞和肿瘤模型中的代谢
文献来源:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S003991402300855X? 该探针应用： ·用于区分生物硫醇，并依次检验代谢物 。 ·实时监测细胞、斑马鱼和肿瘤中的生物硫醇代谢。 一、背景介绍 生物硫醇 （1）种类 生物硫醇是含有巯基的小有机分子，广泛存在于生物体中，包括同型半胱氨酸（Hcy），半胱氨酸（C
TNBS肠炎模型评估潜在的抗炎药物候选药物 DNBS肠炎模型消化系统与代谢疾病
动物模型 / 消化系统与代谢疾病模型 / TNBS/DNBS诱导啮齿动物结肠炎模型+ 化学物质诱导的结肠炎模型因其成本低、发病快，在炎症性肠病（IBD）的各个方面的研究中发挥 着关键作用。 TNBS/DNBS模型，这是一种通过向直肠滴注粘膜致敏剂DNBS/TNBS（在不同浓度 的乙醇中稀释），可在小鼠或大鼠的易感品系中诱导结肠炎模型。 乙醇有效地打了破肠道屏障， 使TNBS与结肠组织蛋白
wikipathway : 代谢通路专用数据库
为了预防和治疗疾病，理解细胞活动至关重要。细胞活动通常是一系列蛋白质和代谢物质的动态变化过程，叫做pathway。我们常用的pathway 数据库就是KEGG pathway，除了KEGG pathway 之外，还有很多的pathway 数据库可以使用。 当我们在NCBI 上查询某个基因时，会给出对应的pathway 注释信息，比如 human 的 TP53 基因 https://www.nc
癸高血糖素——碳水化合物代谢的重要激素
癸高血糖素（glucagon）亦称胰增血糖素或抗胰岛素或胰岛素B。它是伴随胰岛素由脊椎动物胰脏的胰岛α细胞分泌的一种激素。与胰岛素相对抗，起着增加血糖的作用。 癸高血糖素（升糖素）是一种由胰脏胰岛α-细胞分泌的激素，由29个氨基酸组成直链多肽，分子量为3485道尔顿。癸高血糖素的级结构是：NH2-His-Ser-Gln-Gly-Thr-Phe-Thr-Ser-Asp-Tyr-Ser-Lys-
mSystems | 海洋所在深海冷泉柯氏潜铠虾共生菌的代谢互作研究上取得新进展
https://journals.asm.org/doi/epub/10.1128/msystems.00320-22 题目：Metabolism Interactions Promote the Overall Functioning of the Episymbiotic Chemosynthetic Community of Shinkaia crosnieri of Cold Seep
生信学习笔记1：学习如何用OPLS-DA分析代谢组数据（从入门到掌握）
偏最小二乘法（PLS）和正交偏最小二乘法（OPLS）是统计模型，用于寻找两组数据矩阵之间的关系。它们广泛应用于化学计量学、生物信息学、经济预测等领域。 偏最小二乘法（PLS） 偏最小二乘法是一种多变量分析方法，主要用于找到两组数据（通常是预测变量集和响应变量集）之间的线性关系。在PLS模型中，从预测变量的数据集中提取出几个主成分（潜变量），并尝试使这些潜变量尽可能多地解释响应变量的方差。这使得
Nature 重磅 | 光合作用可增强哺乳动物细胞合成代谢功能 - MedChemExpress
细胞合成代谢的关键物质 细胞内合成代谢不足 (表征为细胞内 ATP 和 NADPH 缺乏) 是参与体内许多病理过程的关键因素。细胞内物质的合成代谢需要消耗足够的 ATP,并依赖 NADPH (还原型辅酶 Ⅱ) 为合成代谢提供还原能量的关键电子供体。 三羧酸 (TCA) 循环是大多数哺乳动物细胞中产生 ATP 的主要能量代谢过程。然而，针对 TCA 循环的干预措施并不能纠正病理条件下 ATP 供
DRAM（Distilling and Refining Annotations of Metabolism，提取和精练代谢注释）工具安装和使用
先看文章介绍吧：DRAM for distilling microbial metabolism to automate the curation of microbiome function | Nucleic Acids Research | Oxford Academic (oup.com) 1、安装 默认使用conda安装吧，也建议使用conda，pip安装其实都差不多，但
动物代谢PET放射性同位素标记实验
动物代谢PET放射性同位素标记实验 动物代谢PET（Positron Emission Tomography）放射性同位素标记是一种在动物研究中广泛应用的技术，它允许科学家和研究者跟踪和可视化动物体内的生物代谢过程。这项技术通常涉及将放射性同位素标记的分子示踪剂引入实验动物的体内，以便在PET扫描中生成图像，展示代谢活性的分布和变化。 以下是关于动物代谢PET放射性同位素标记的一些信息和应用：
ISME | 叶片细菌群落中维生素营养缺陷的代谢适应
点击蓝字 关注我们 Mid-Autumn Festival 编辑：朱松梅 校对：祝新宇 论文ID 原名：Metabolic adaptation to vitamin auxotrophy by leaf-associated bacteria 译名： 叶片细菌群落中维生素营养缺陷的代谢适应 第一作者：Birgitta Ryback 作者单位：Institute of Microbiol
5+单细胞+脂质代谢+预后模型+实验
今天给同学们分享一篇5+单细胞+脂质代谢+预后模型+实验的生信文章“Single-cell transcriptome analysis reveals the metabolic changes and the prognostic value of malignant hepatocyte subpopulations and predict new therapeutic agents fo
零代码复现-TCGA联合GEO免疫基因结合代谢基因生信套路（一）
经过一段时间的积累，搭建的分析平台已经日渐进入稳定的状态，很多粉丝也在和我们反馈，让我们出一下零代码生信套路课。 小编找了很久，发现某某机构出的TCGA联合GEO 免疫基因+代谢基因的生信套路，该套路应用常见相对来说比较广，又属于双热点套路。但是代码运行真的是太麻烦了，还有各种各样的报错，实在是不好弄，为此，我们推出了复现课程，该课程内容较长， 分成几篇进行讲解，如带来不便，请大家谅解！ 一、
3+单细胞+代谢+WGCNA+机器学习
今天给同学们分享一篇生信文章“Identification of new co-diagnostic genes for sepsis and metabolic syndrome using single-cell data analysis and machine learning algorithms”，这篇文章发表Front Genet.期刊上，影响因子为3.7。 结果解读：
零代码复现-TCGA联合GEO免疫基因结合代谢基因生信套路（二）
零代码复现-TCGA联合GEO免疫基因结合代谢基因生信套路（二）-关键基因集的获取和生存数据准备 前面的分析中，下载TCGA和GEO的数据，并进行简单的处理，接下来就是相关基因集的获取和整理，为后期聚类和降维做准备工作 三、获取免疫基因和代谢相关的基因集 这里可以选择从GSEA官网下载免疫和代谢相关基因，或者换成其他的基因也是可以的 1、取对数，TCGA的数据一般跨度比较大，所以在使用li