绘制包含Fold Change的差异代谢产物HMDB（KEGG）分类图

2024-04-29 01:58
文章标签 分类 代谢 绘制 差异 change kegg 产物 fold hmdb

本文主要是介绍绘制包含Fold Change的差异代谢产物HMDB（KEGG）分类图，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

前言

前两天画KEGG的分类图师兄路过看到了让帮也画一个，一问是两个分组，于是建议参考这篇 Multi-omics reveals that the rumen microbiome and its metabolome together with the host metabolome contribute to individualized dairy cow performance 画差异代谢物的HMDB图就行，还能标出fold change值，简洁明了

数据准备工作

  • 找到包含差异代谢产物信息的公司结果对应的如Con vs Exp.pos.annotation.csv文件，用 Excel 打开
image-20220112195302841
  • 利用数据透视表，把差异代谢物根据HMDB的SuperClass进行分类，并标出log2FC值，整理成如下（为了之后出图美观，这一步可对每一组的产物根据log2FC值进行排序，选择up值在前还是down值在前；或者把文章中要讨论的关注的点放在前面等）
image-20220112195434325

图片的初步绘制

graphpad prism绘制柱状图

  • 打开 graphpad prism ，选择默认的 Column 模板

    ​ image-20220112200056925

  • 录入数据（可将上面数据透视表的数据在excel中用转置粘贴功能变成横向的，方便graphpad录入）

image-20220112200337510
  • 根据数据集创建Graphs，如下图选择横向柱状图，plot选择均值mean就行，因为每个差异代谢物只对应一个log2FC值
image-20220112200557497
  • 生成后如下图
image-20220112200926731

图片的粗加工

  • 这时graphpad直接生成的图y轴纵坐标连差异代谢物的名字条目都没显示全，我录入了26种差异代谢物，这里只显示了十来个，缺失是因为限制了显示高度

    • 双击y轴差异代谢物的名字，在弹出的对话框中，红框处调整合适的高度大小，绿框是给每个代谢物间加间隔虚线（美观）
    image-20220112201342175
    • 调整之后
    image-20220112201742765

  • 针对x轴和y轴，以及bar的粗细颜色等细节，可以直接导进AI里调整，也可以在graphpad里修，这里举例去掉y轴刻度线：双击y轴，在弹出的对话框选择如下

image-20220112202040654 image-20220112202156874

Adobe Illustrator精加工

  • 将graphpad中的图片导出为pdf格式，打开 Adobe Illustrator，从右上角文件-打开处导入刚刚存的pdf图（pdf格式方便修改，这样导入才能编辑，直接拖入无法编辑）
  • 双击选中y轴和x轴0刻度的分界线按键盘Del键删除，鼠标左键配合shift键多选bar/name调整颜色
  • 选择直线段工具，根据前面数据透视表画竖线，并选择文字工具编辑对应HMDB分类
  • 调整间距，对齐等细节，最终图如下
image-20220112202855478

这篇关于绘制包含Fold Change的差异代谢产物HMDB（KEGG）分类图的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！


http://www.chinasem.cn/article/944832。

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