物种专题
科研绘图系列：R语言扩展物种堆积图（Extended Stacked Barplot）
介绍 R语言的扩展物种堆积图是一种数据可视化工具，它不仅展示了物种的堆积结果，还整合了不同样本分组之间的差异性分析结果。这种图形表示方法能够直观地比较不同物种在各个分组中的显著性差异，为研究者提供了一种有效的数据解读方式。 加载R包 knitr::opts_chunk$set(warning = F, message = F)library(tidyverse)library(phyl
《物种起源》带来的思考
作为一个技术男，作为未来的engineer，在大学再次接触到生物学科这类的知识的机会已经不多了，在这次公选的机会我跟着张老师学习了生命由来的相关知识，从微观到宏观，填补了高中对于生物的一些知识，从某一个层度来说拓展了个人的视野， 借着这次作业的机会，我终于还是读了这部已经家喻户晓的经典作品《物种起源》，十九世纪三大科学发现之一的作品。此外， “物竞天择，适者生存”的影响力早已超越
「Bioconductor」不要轻易相信AnnotationHub的物种注释包
Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息，能够根据基因ID对其进行多种来源的注释，比如说基因的别名，基因的功能等。 我之前也写过一篇文章用Bioconductor对基因组注释介绍如何使用AnnotationHub下载注释数据库, 使用select(), mapIds等函数进行注释操作。我自己写一个流程也用到了它给基因ID, 如AT1G14185, 注释别名和功
「JCVI教程」如何基于物种的CDS的blast结果绘制点图(dotplot)
这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。 该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程 这一篇文章教大家如何利用JCVI里面的工具绘制点图，展现两个物种之间的共线性关系。 在分析之前，你需要从PhytozomeV11 下载A.thaliana和Alyrata的CDS序列，保证文件夹里有如下内容 Al
CVPR最佳学生论文！1千万张图像、跨越45万+物种的超大数据集，多模态模型BioCLIP实现零样本学习
不同于传统学术领域对期刊发表的重视，计算机界，尤其是机器学习、计算机视觉、人工智能等领域，顶级会议才是王道，无数「热门研究方向」、「创新方法」都将从这里流出。 作为计算机视觉乃至人工智能领域最具学术影响力的三大顶会之一，今年的国际计算机视觉与模式识别会议 (CVPR) 从会议规模到接受论文数量，都刷新了此前记录。 活动现场，图源：Dan Goldman 根据 CVPR 官方的最新公告，C
基于R语言BIOMOD2 及机器学习方法的物种分布模拟与案例分析
原文链接：基于R语言BIOMOD2 及机器学习方法的物种分布模拟与案例分析https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzNTczMDMxMg==&mid=2247606139&idx=4&sn=f94ec30bfb5fa7ac0320403d49db3b66&chksm=fa821e9ccdf5978a44a9ba96f6e04a121c0bbf63beea0940b3
R语言BIOMOD2 及机器学习方法的物种分布模拟与案例分析
BIOMOD2是一个R软件包，用于构建和评估物种分布模型（SDMs）。它集成了多种统计和机器学习方法，如GLM、GAM、SVM等，允许用户预测和分析物种在不同环境条件下的地理分布。通过这种方式，BIOMOD帮助研究者评估气候变化、生境丧失等因素对生物多样性的潜在影响。 基于R语言BIOMOD2 及机器学习方法的物种分布模拟与案例分析 (qq.com) 【亮点】： 1、理论与实践结合：设计旨在
基于R语言BIOMOD2 及机器学习方法的物种分布模拟与案例分析实践技术
BIOMOD2是一个R软件包，用于构建和评估物种分布模型（SDMs）。它集成了多种统计和机器学习方法，如GLM、GAM、SVM等，允许用户预测和分析物种在不同环境条件下的地理分布。通过这种方式，BIOMOD帮助研究者评估气候变化、生境丧失等因素对生物多样性的潜在影响。 【目标】： 1、理解物种分布模型的基本原理：理解物种分布模型（SDMs）的理论基础，包括模型的种类、用途以及在生态研究和环境管
【机器学习】基于OpenCV和TensorFlow的MobileNetV2模型的物种识别与个体相似度分析
在计算机视觉领域，物种识别和图像相似度比较是两个重要的研究方向。本文通过结合深度学习和图像处理技术，基于OpenCV和TensorFlow的MobileNetV2的预训练模型模，实现物种识别和个体相似度分析。本文详细介绍该实验过程并提供相关代码。 一、名词介绍 1. OpenCV OpenCV（Open Source Computer Vision Library）是一个开源的计算机视觉
VirusTaxo：病毒物种注释
https://github.com/omics-lab/VirusTaxo 安装 git clone https://github.com/omics-lab/VirusTaxomamba create -n VirusTaxo python=3.10mamba activate VirusTaxocd VirusTaxopython3 -m venv environment
9.windows ubuntu 子系统，centrifuge：微生物物种分类。
上次我们用了karken2和bracken进行了物种分类，这次我们使用centrifuge. Centrifuge 是一种用于快速和准确进行微生物分类和物种鉴定的软件。其主要功能包括： 快速分类和物种鉴定: Centrifuge 可以对高通量测序数据（如 metagenomic 或 RNA-Seq 数据）进行快速的微生物分类和物种鉴定。通过比对序列数据与已知的参考数据库，Centrifuge
“准五绝”水平的圆形层级网络图 – GO, Pathway，OTU物种分类
金轮法王，是金庸武侠小说《神雕侠侣》中的人物，因擅使金、银、铜、铁、铅五轮作为自己的兵器，因此获得“金轮法王”的称号。今天小编给大家带来的图，形似金轮法王的武器，放在文章中，妥妥的“准五绝”水平，一起来看看吧。 层级关系在生活中非常常见，例如一个省包含N个地级市，一个地级市又包括N个县级市；一个学校有N个年级，每个年级包含N个班等等。在科研领域，这种层级关系也经常出现，例如GO的层级关系，K
咖啡新物种纷至沓来，星巴克主宰十九年的市场迎来剧变
日前，一封针对星巴克的公开信火了：一家名为瑞幸咖啡的公司，在公开信中直指星巴克跟物业签订排他性条款和对供应链伙伴施压等行为涉嫌违反《反垄断法》，其将向国家反垄断行政执法机构投诉并向有关城市人民法院正式提起诉讼。 瑞幸咖啡所反馈的市场垄断问题，目前尚没有结论，星巴克给出了回应： “我们无意参与其他品牌的市场炒作。我们欢迎有序竞争，彼此促进，不断创新，持续提升品质和服务，为中国消费者创造真正的价值。
iMeta | tNGS利器：跨物种超多重靶向测序引物设计软件MultiPrime
点击蓝字 关注我们 MultiPrime：一款可靠、高效的靶向测序工具 iMeta主页：http://www.imeta.science 方法论文 ● 原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.143 ● 2023年10月19日，西安交通大学联合予果生物科技（北京）有限公司、中国农业科学院深圳农业基因组研究所和香港科技大学在 iMeta 在线发表了题为 “Mu
R语言扩展包与MaxEnt模型的集成：实现高效的物种分布模拟
在生态学研究中，物种分布模拟是一项至关重要的任务。它有助于我们理解物种与环境之间的复杂关系，预测物种在气候变化或人类活动影响下的潜在分布变化。近年来，随着计算机技术的不断发展，基于机器学习的物种分布模拟方法逐渐成为研究热点。其中，MaxEnt模型作为一种广泛应用的物种分布预测工具，其准确性和稳定性得到了广泛认可。而R语言，作为一种强大的统计分析和数据可视化工具，为MaxEnt模型的应用提供了便捷的
发现电子元器件新物种“不一样”的保险丝WAYON E-Fuse IC
保险丝，又被称为“熔断器”，是一种大家耳熟能详的电子元器件，当电流超过额定值时，传统的熔断器将通过焦耳热熔化内置合金部件来保护电路和防止设备损坏，应用范围极为广泛。不过今天我们秉承“发现电子元器件新物种”的好奇心，走进一款“不一样”的保险丝---E-Fuse IC，它会颠覆我们对于传统保险丝的认知。E-Fuse IC与传统熔断器有很大不同，它具有高速限流与定时关断功能，当电流过大时，内置MOS
探究等离激元催化中的氧化机制：揭示活性氧物种
英文原题：Probing Oxidation Mechanisms in Plasmonic Catalysis: Unraveling the Role of Reactive Oxygen Species 通讯作者：邱腾，东南大学；郝祺，东南大学 作者： Yunjia Wei (魏韵佳),
浪潮网络的“新物种”进化论
喜欢 分享 or 浪潮网络可以说是“新物种”，天生聚合了国际先进技术基因，以及深厚的本土化服务能力。从浪潮集团的角度，浪潮网络可以快速补齐网络上的短板，并将网络业务与服务器、存储、云服务业务快速有效结合，形成强大合力，提升在整体解决方案上的能力。 一年破冰、两年腾飞的“新物种” 从2016年11月11日正式开始运营的浪潮网络严格地说还是一个二年级新生，与浪潮服务器、浪潮存储这样在市场
R语言【BIEN】——BIEN_occurrence_species()：从BIEN中提取指定物种的观察数据
Package BIEN version 1.2.6 Description BIEN_occurrence_species()从BIEN数据库下载特定物种的观察记录。 Usage BIEN_occurrence_species(species,cultivated = FALSE,new.world = NULL,all.taxonomy = FALSE,native.st
田溯宁亚信IPO现场致辞：寒冬能养出真正有竞争力的好物种
雷帝网 乐天 12月19日报道 亚信科技今日在香港联交所正式挂牌，发行价为10.5港元，募集资金额约8.65亿港元。 亚信科技董事长田溯宁今日在亚信科技IPO致辞之中表示，上市不是目的，而是实现经营目标的一个重要的里程。 “有人讲，真正敢在“寒流”中上市的都是好公司。因为寒冷冬天能养出真正有竞争力的好物种。” 田溯宁说，希望从今天开始，管理层精诚合作，努力承担起对公众交代，承担起更大的责
个人App开发者将成为“濒危物种”
如果你是一名移动App开发者，如果你想让你的App能够在目前市场中的80%的活跃设备（活跃是指在这些设备上有过App会话行为）中很好地运行，那么你需要在多少种设备上进行测试和优化呢？答案是156种。如果你想覆盖60%的活跃设备，这一数据是37种。如果你想覆盖90%的设备，意味着你需要在331种设备上进行测试。这个工作是相当庞大的。 7%的设备型号仍是一个大数字
物种树（Species Tree）和基因树（Gene Tree）
认为来自不同物种的一组基因的进化关系（基因树，gene tree）与这些物种本身的进化关系（物种树，species tree） 一定相同，似乎是合理的，因为这些基因存在于这些物种的基因组中。但情况并非如此。基因树不一定与物种树相同。 基因树可以和物种树不同，一种情况如下图所示。祖先种群最先固定了A1等位基因（顶部），但随后发生了A2突变，
长尾分布定义，举个物种长尾分布和词频长尾分布的例子。
问题描述：长尾分布定义，举个物种长尾分布和词频长尾分布的例子。 问题解答： 长尾分布是一种概率分布的类型，它描述的是一种极端事件或者稀有事件的发生概率。具体来说，长尾分布描述的是少量的类别占据了大部分的样本数量，而大部分类别只占据很少的样本。 如下图所示： 在物种长尾分布的例子中，可以举出某个地区的生物种类分布。例如，在一个生态系统中，少数几个物种可能占据了大部分的生物个体数量，而其他
新技术与现实商业之间结合，不断衍生出新物种的关键原因
区块链，元宇宙的“开门之匙” 仅仅只是简单地将元宇宙与区块链划等号，其中一个很直接的结果就是将会混淆两者之间的主次地位。当越来越多的人将元宇宙与区块链深度联系，他们仅仅只是看到了元宇宙被资本市场和行业巨头们追捧的现实，并未真正明了区块链与元宇宙之间的内在联系。在很多情况下，区块链扮演的是元宇宙的“开门之匙”的角色和作用。 所谓的“开门之匙”，主要体现的是区块链的技术演进对于其他外在的技
R语言【rWCVP】——rWCVP生成可发表级别的物种发现记录矩阵
rWCVP生成可发表级别的物种发现记录矩阵 介绍1. 查询一组示例数据2. 生成和格式化出现矩阵3. 额外地对国家进行处理 介绍 世界维管植物名录（WCVP）提供了已知的>340，000种维管植物物种的分布数据。该分布数据可用于构建植物物种名录的发现记录矩阵，rWCVP可以提供帮助。 除了 rWCVP 之外，还可以使用 tidyverse 包进行数据操作和绘图，并使用 gt 包
BIOMOD2提供运行多达10余种物种分布模拟模型
随着生物多样性全球大会的举办，不论是管理机构及科研单位、高校都在积极准备，根据国家林草局最新工作指示，我国将积极整合、优化自然保护地，加快推进国家公园体制试点，构建以国家公园为主体的自然保护地体系。针对我国目前已有自然保护区普遍存在保护目标不明确、保护成效低下和保护空缺依然存在等问题，科学的鉴定生物多样性热点保护区域与保护空缺显得刻不容缓。 BIOMOD2提供运行多达10余种物种分布模拟模型，模拟