“准五绝”水平的圆形层级网络图 – GO, Pathway，OTU物种分类

金轮法王，是金庸武侠小说《神雕侠侣》中的人物，因擅使金、银、铜、铁、铅五轮作为自己的兵器，因此获得“金轮法王”的称号。今天小编给大家带来的图，形似金轮法王的武器，放在文章中，妥妥的“准五绝”水平，一起来看看吧。

层级关系在生活中非常常见，例如一个省包含N个地级市，一个地级市又包括N个县级市；一个学校有N个年级，每个年级包含N个班等等。在科研领域，这种层级关系也经常出现，例如GO的层级关系，KEGG通路的层级关系，OTU物种层次关系等等。通常我们可以使用树形结构描述这种关系，然而，在有限的空间内不能展示较多“树叶”，为了尽可能多地展示“树叶”，通常可以使用圆形进行布局 -- 圆圈套圆圈。并且可以使用不同的颜色，节点大小区分不同类型的生物学实体，令人耳目一新。发挥你的想象力，使用你自己的数据来试试吧！

1，打开绘图页面

首先，使用浏览器（推荐chrome或者edge）打开层次关系圆形网络图绘制页面。左侧为常见作图导航，中间为数据输入框和可选参数，右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索network，找到绘图页面。

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_three_layer_circle_network_plot_200

图1.可视化绘图页面

2，示例数据

点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。

图2. 输入数据示例

示例数据（仅供参考）包括3列：

第1列是内圈phylum（门）的名字

第2列是内圈phylum所属class（纲）的名字

第3列是class（纲）对应的数值

注意：需要参考示例数据，将自己的数据在excel中整理成示例数据的样式。

3，粘贴示例数据

直接复制示例数据中的ABC三列数据，然后粘贴到输入框。

注意：不是拷贝excel文件，是拷贝excel文件里边的数据。另外粘贴到输入框后，格式乱了没关系，只要在excel中是整齐的就行。并且数据矩阵中不能有空的单元格，中文字符等。

图3. 必需输入

4，修改参数，并提交

我们设置了图片尺寸，节点大小，文字大小，颜色，字体等参数，基本能满足日常绘图使用。如需更高级的定制，请联系我们。

图4. 节点、文字、颜色等可调参数

5，提交出图

粘贴好输入数据，调整好参数（或者全部默认）后，点击提交按钮，约5秒后，会在页面右侧出现预览图。我们提供了4种图片格式供下载使用，两种矢量图（pdf，svg）和两种标量图（600 dpi tiff和300 dpi png）。

图5.预览与下载

点评：这里从根节点延伸出来的内圈最多可以绘制5个节点。当一个外圈节点同时隶属于不同的内圈节点时，例如乙酰辅酶A合成酶基因AACS（acetoacetyl-CoA synthetase）既属于Valine, leucine and isoleucine degradation通路，又属于Butanoate metabolism通路，则AACS基因会在外圈呈现两次。

没有预览就是没有出图，这时请参考示例数据，检查自己输入数据的格式。

遇到文字截断，需要修改字体、调整字体大小等，使用inkscape软件。

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