介绍 火山图是一种用于可视化基因表达差异的分析工具，它通过二维坐标系展示基因的表达量变化和统计显著性。该图谱的x轴表示基因表达的对数变化，而y轴表示其统计显著性。利用火山图，研究者能够快速识别出在不同条件下显著差异表达的基因。 随后，通过KEGG数据库提供的通路图，研究者可以进一步分析这些差异表达基因在生物学通路中的富集情况。KEGG数据库是一个包含丰富基因和蛋白质信息的资源，涵盖了代谢、

进入KEGG物种列表，网址：https://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html 这里以小鼠为例，点击Ctrl+F查找物种小鼠的拉丁名Mus musculus 这里也可以用mouse来搜索，不过可以看到在kegg中含有三种鼠的信息。为了信息准确，最好使用拉丁名作为搜索条件。 点击Brite hierarchy 进入KEGG Ortholo

代码网址 GitHub https://github.com/jinhao94/Heatmap_practice 这是作者使用ComplexHeatmap绘制热图的一个练习，教程已经讲述的很详细。ComplexHeatmap包也是热图绘制中常使用的包，功能很强大。 感兴趣的可以在本教程中进行在优化，此教程总体算是比较繁琐，在平时使用过程中可以进行优化。 绘图代码 ##'@

金轮法王，是金庸武侠小说《神雕侠侣》中的人物，因擅使金、银、铜、铁、铅五轮作为自己的兵器，因此获得“金轮法王”的称号。今天小编给大家带来的图，形似金轮法王的武器，放在文章中，妥妥的“准五绝”水平，一起来看看吧。 层级关系在生活中非常常见，例如一个省包含N个地级市，一个地级市又包括N个县级市；一个学校有N个年级，每个年级包含N个班等等。在科研领域，这种层级关系也经常出现，例如GO的层级关系，K

①No gene can be mapped 找到的相关链接处理办法如下： 用clusterProfiler包做KEGG富集分析遇到的问题 报错过程： 首先，我们知道进行KEGG分析之前需要转换基因名（SYMBOL->ENTREZ），更改后的基因部分如下所示： （以上可以排除基因不存在的错误因素） 出现错误 KEGG.res <- enrichKEGG(gene=sig.gen

library(ggplot2)pathway = read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")# 画图p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))p=p + geom_point()# 改变点的大小p=p + geom_point(

KEGGgraph 包可以解析kgml 文件，从中得到不同对象之间的网络结构，并在此基础上进一步挖掘其中的信息。 KEGGgraph 包提供了以下3种基本功能： 将kgml 文件转换为基因互作网络 用法示例 # 读取hsa00020xml 文件> mapkG <- parseKGML2Graph("hsa00020.xml",expandGenes=TRUE, genesOnly = TRUE