本文主要是介绍KEGG两类报错--①No gene can be mapped--②URL ‘https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway‘…，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
①No gene can be mapped
找到的相关链接处理办法如下：
用clusterProfiler包做KEGG富集分析遇到的问题
报错过程：
首先，我们知道进行KEGG分析之前需要转换基因名（SYMBOL->ENTREZ），更改后的基因部分如下所示：
（以上可以排除基因不存在的错误因素）
出现错误
KEGG.res <- enrichKEGG(gene=sig.genes.id, organism='hsa')
--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID:
--> return NULL...
NULL究其原因
-
网络问题，可以等待之后再试一下（试过不是）
-
版本问题，重新安装一下clusterProfiler包
packageVersion('clusterProfiler')
[1] ‘4.2.0’解决办法
重新安装R包
devtools::install_github("YuLab-SMU/clusterProfiler")
# 可能会报错说确实其他的包（因为我 不允许其更新其他的包），优先选择更新所有
conda install -c conda-forge r-data.table
conda install -c conda-forge python-igraphdevtools::install_github("YuLab-SMU/clusterProfiler",force = TRUE)
packageVersion('clusterProfiler')
[1] ‘4.7.1.3’成功
②KEGG下载的网络问题——In addition: Warning message: In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) : URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway': status was 'Failure when receiving data from the peer'
原因
KEGG网络问题。有时候重试可以解决。
解决办法
设置‘自动’模式的下载方法。也可以解决~~
library(R.utils)
getOption("clusterProfiler.download.method")
R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto")参考：https://github.com/YuLab-SMU/clusterProfiler/issues/572
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