微生物专题
Nature子刊：教你零基础开展微生物组数据分析和可视化
使用MicrobiomeAnalyst进行微生物组数据的全面统计、功能和元分析 Using MicrobiomeAnalyst for comprehensive statistical, functional, and meta-analysis of microbiome data Nature Protocols Impact Factor 11.334 https://do
重磅！2024年最新影响因子(生态学/林学/土壤学/遥感/微生物/环境科学/植物科学) 收藏版！
2024年最新影响因子正式揭晓！2024年6月20日，Clarivate Analytics（科睿唯安）发布了各大SCI期刊的2023年影响因子。从最新结果看，今年的影响因子继续“普跌”，其中顶刊Nature和Science均有下降，分别至50.5和44.7。 我们公众号《生态学者》特地从中选取生态学、林学、土壤学、遥感、微生物学、环境科学及植物科学领域的杂志最新影响因子（均为公众号常推送内容相
MAGs培养有线索了？宏组学中未培养微生物表型与培养条件预测
宏基因组测序技术让人们对地球上微生物的多样性有了更深入的了解，但分离培养是研究微生物的生理代谢功能并解析其生态作用的关键。2023年11月的世界微生物数据中心（WDCM）年会中，全面启动了全球“未培养微生物培养组”计划，分离的微生物菌株可用于开发新的益生菌、生物调控剂和农业工业添加剂等，旨在促进全球微生物研究和资源开发利用。 图1 宏组学中未培养微生物培养组 凌恩推出个性化分析内容
Nature Microbiology丨VITA单细菌转录组测序技术助力深入解析奶牛瘤胃微生物组功能异质性
瘤胃微生物组一直以来都是研究相对不足但又极其复杂的微生物生态系统之一。瘤胃微生物能够有效降解植物纤维，将其转化为高质量的蛋白质产品，在这一过程中，由于微生物强烈的发酵，还会产生大量气体，其成分主要包括二氧化碳和甲烷等温室气体，还有少量的氮气和微量的氢气、氧气和硫化氢，这些排放的温室气体甚至会对全球环境造成较大的影响。近些年以来，在宏组学技术的推动下，对瘤胃微生态系统功能的认识已取得了显著进展。然而
PICRUSt2在微生物功能预测分析中的应用解读
谷禾健康 微生物组学研究现已超越微生物群落组成分析得到更广泛的使用。大量的人类微生物组研究证据表明，肠道微生物组的功能变化对炎症和免疫反应的影响起到关键的影响作用。 16S rRNA分析是微生物组研究作为最常用便捷且具有成本效益的测量技术，用于分析微生物组的菌落组成，但标记基因测序无法直接提供群落功能组成的信息。于是开发了生物信息学工具，利用16S rRNA基因数据来预测微生物组功能。 其中，P
蛋白胨（Peptone）主要应用于微生物发酵领域 我国进口量持续增长
蛋白胨（Peptone）主要应用于微生物发酵领域 我国进口量持续增长 蛋白胨（Peptone）是一种有机化合物，分子式为C5H9NO2。蛋白胨外观呈淡黄至棕黄色粉剂，含有肉香气味，易溶于水，不溶于乙醚、乙醇和氯仿。蛋白胨具有营养程度高、可促进微生物生长、增强机体免疫力等特点，作为微生物发酵重要原材料，在医药、食品加工、保健品等众多领域应用广泛。 蛋白胨种类丰富，按照来源不同，
C++编程——微生物增殖
假设有两种微生物 X 和 Y X出生后每隔3分钟分裂一次（数目加倍），Y出生后每隔2分钟分裂一次（数目加倍）。 一个新出生的X，半分钟之后吃掉1个Y，并且，从此开始，每隔1分钟吃1个Y。 现在已知有新出生的 X=10, Y=89，求60分钟后Y的数目。 如果X=10，Y=90 呢？ 本题的要求就是写出这两种初始条件下，60分钟后Y的数目。 题目的结果令你震惊吗？这
交互式探索微生物群落与生态功能的关系
微生物群落在生态系统中发挥则重要功能，我们在对微生物群落进行分析时，会将不同分类水平（从门到属）的微生物类群的相对丰度与测定的某一生态功能进行相关性分析。但由于微生物类群数较多，又有不同的分类水平，将其包揽在一个图中，并显示不同的微生物类群的名字，会显得十分杂乱，因此我们尝试使用交互式的可视化来进行探索性分析。下面我们将结合R语言和javascript，来实现这一任务。考虑到微生物生态学方面的
南京大学田兴军团队在土壤微生物的功能类群以及在中国土壤生态系统的分解潜力取得进展（两篇）
研究成果一：土壤微生物群落功能是由占据不同生态位的、高度多样化的微生物之间发生的复杂相互作用决定的。这些微生物相互作用对环境变化的反应敏感，并且往往在土壤“暗箱”中悄然发生，故极大地限制了我们对微生物功能的理解。本研究基于微生物的“分工合作”，提出一个新的微生物分类框架：矿工（Miners）、清道夫（Scavengers）和运输者（Carriers），以解开参与养分获取过程中复杂的微生物相互作用。
特定功能微生物多样性分析
——基于功能基因/持家基因/靶基因 在自然界的各类环境中，都有微生物的存在，它们在各自的“岗位”上都发挥着或大或小、或多或少的作用。有一些具有特殊功能的微生物，由于其作用的重要性或特殊性而受到人们的广泛关注，这些具有特殊功能的微生物叫做功能微生物，如氨氧化细菌、硫细菌、硝化细菌等。它们在分类学上有可能差异很大，但却具有相同或类似的基因使其能够发挥同样的作用。支配这些功能细菌发挥重要功能的基因被称
水体微生物多样性分析
微基生物基于16S rRNA基因、18S rRNA基因和ITS序列，利用NGS测序技术（illumina、Ion Torrent PGM）来分析水源（包括河水、湖水、冰川融水、海水等）微生物（包括原核微生物、真核微生物）的多样性，解析不同环境样本中的微生物多样性差异，同时，第二代高通量测序拥有庞大的数据信息，更能进一步统计分析出不同的水源环境中影响微生物群落及多样性的主要因素。水体中微生物种类繁多
口腔与呼吸道微生物多样性
口腔微生物 口腔是人体微生物定植生存的重要生态区，口腔微生物不仅有细菌，还包括真菌、病毒、螺旋体及古细菌等。口腔内环境稳态易受外界因素的干扰，口腔内部有多位点、多层次的微生物定植生态区，口腔环境的异质性较肠道更为明显。正常情况下口腔微生物群落之间、微生物与宿主之间密切且复杂的相互作用维持着宿主健康，这种生态平衡被打破将会引发疾病。口腔主要疾病如龋病、牙周病及口腔癌等严重影响人类的生命健康。
微生物群落关键种识别：一种不依赖于网络的自上而下的方法
微生物群落在促进养分循环、协助植物生长、维持人体健康等方面发挥着重要的作用。群落关键种对维持微生物群落稳定性具有重要影响，识别关键种一直是微生物生态学中的热点话题。识别关键种主要有两种框架：数据驱动的方法（data driven method）和去除实验（perturbation experiment）。其中数据驱动的方法主要有三种： 基于共现网络的方法top-down方法基于深度学习的方
9.windows ubuntu 子系统，centrifuge：微生物物种分类。
上次我们用了karken2和bracken进行了物种分类，这次我们使用centrifuge. Centrifuge 是一种用于快速和准确进行微生物分类和物种鉴定的软件。其主要功能包括： 快速分类和物种鉴定: Centrifuge 可以对高通量测序数据（如 metagenomic 或 RNA-Seq 数据）进行快速的微生物分类和物种鉴定。通过比对序列数据与已知的参考数据库，Centrifuge
【LorMe云讲堂】蒋建东：除草剂污染土壤微生物修复菌群：从认识到改造
●海报信息● ●观看指南● 1. 长按海报，直接扫码进入“微信小程序 腾讯课堂”观看课程。 2. 可通过下载“腾讯课堂 APP”，搜索：LorMe云讲堂，观看课程。错过直播的小伙伴不用难过，腾讯课堂还有回放功能哟，让您一期都不落下！ 点开每一讲都有对应二维码，长按识别直接跳转回放 往期回顾 【第52讲】鞠 峰：环境微生物组与耐药组的宏组学研究 【第51讲】宋 毅：战争与和平: 植物
ISME | 亚热带森林慢性氮磷添加对土壤启动效应的微生物控制
摘要： 土壤启动效应（PE），定义为不稳定的碳(C)输入对土壤有机质分解的影响，已知会影响陆地生态系统中的碳储存。然而，长期营养添加，特别是在豆科和非豆科森林中，如何通过与养分（如氮和磷）有效性的相互作用影响PE仍不清楚。因此，我们从亚热带豆科和非豆科种植园中收集了土壤。我们添加了13个c标记的葡萄糖来研究背景土壤养分条件和微生物群落如何影响启动及其潜在的微生物机制。葡萄糖的添加增加了土壤有
4.windows ubuntu 子系统：微生物宏基因组测序和分析流程概括。
微生物宏基因组测序和分析流程大致可以分为以下几个步骤： DNA提取：需要从微生物样本中提取DNA。2.建库构建：提取到的DNA需要进行建库构建，包括DNA片段的断裂、末端修复、连接连接适配器等操作。3.高通量测序：建库构建完成后，将DNA样本送入高通量测序平台进行测序。4.序列数据处理：得到原始测序数据后，需要进行序列质量控制、去除低质量序列、去除污染序列等处理，以确保后续分析的准确性。5.序
R语言：microeco:一个用于微生物群落生态学数据挖掘的R包：第七：trans_network class
# 网络是研究微生物生态共现模式的常用方法。在这一部分中，我们描述了trans_network类的所有核心内容。 # 网络构建方法可分为基于关联的和非基于关联的两种。有几种方法可以用来计算相关性和显著性。 #我们首先介绍了基于关联的网络。trans_network中的cal_cor参数用于选择相关计算方法。 > t1 <- trans_network$new(dataset = dataset,
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2022.7)
欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！ 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。 公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前分享3
微生物色氨酸代谢物有助于缓解小鼠沙门氏菌感染AbMole
沙门氏菌（Salmonella typhimurium，简称S. Tm）是一种常见的食源性病原体，引起严重的食物中毒和肠道疾病。抗生素对其虽然有效，但长期使用可能导致多重耐药性和健康肠道菌群的丧失。 因此，寻找新的方法控制和预防沙门氏菌感染变得迫切。近年来，益生菌和肠道微生物群的调节作用受到了广泛关注，特别是它们在调节宿主免疫反应和抵御病原体侵袭方面的作用。 本研究使用C57BL/6J小鼠模型
【渝粤教育】电大中专微生物与寄生虫基础 (2)_1作业 题库
1.属于真核型微生物的是（）。 A.衣原体 B.放线菌 C.真菌 D.病毒 E.支原体 错误 正确答案：左边查询 学生答案：B 2.下列哪一个特点不是微生物的共有特点（） A.结构简单 B.肉眼不直接可见 C.需要借助显微镜观察 D.能引起人类和动物发生疾病 E.形体微小 错误 正确答案：左边查询 学生答案：未作答 3.细菌的基本形态有（）。 A.以上都是 B.球状 C.螺状 D.弧状 E.杆状
微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组--转载
转载：https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics、鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics。 16S，也即是我们通常所
白酒：制曲工艺的环境因素与微生物生态关系
在豪迈白酒的酿造过程中，制曲工艺是非常关键的一环。而环境因素与微生物生态关系对于制曲工艺的成功与否起着决定性的作用。云仓酒庄深谙此道，在制曲过程中注重环境因素的调控，并深入研究微生物生态关系，以提升豪迈白酒的品质和风味。 首先，环境因素在制曲过程中起着至关重要的作用。适宜的温度、湿度、氧气含量和通风条件是培养上好酒曲的必要条件。云仓酒庄采用创新的制曲设备和技术，对环境因素进行切确控制，确保曲
2012蓝桥杯C++本科 微生物繁殖
假设有两种微生物 X 和 YX出生后每隔3分钟分裂一次（数目加倍），Y出生后每隔2分钟分裂一次（数目加倍）。一个新出生的X，半分钟之后吃掉1个Y，并且，从此开始，每隔1分钟吃1个Y。现在已知有新出生的 X=10, Y=89，求60分钟后Y的数目。如果X=10，Y=90 呢？本题的要求就是写出这两种初始条件下，60分钟后Y的数目。题目的结果令你震惊吗？这不是简单的数字游戏！真实的生物圈有着
微生物组和组学成分数据分析之ALR对数转换
谷禾健康 编辑 微生物组和组学数据集，由于其生物学性质，通常是高维的，特征常以各种成分，如基因、OTU、RNA转录本等的计数为特征。这些数据统称为成分数据。 这类数据分析的中心概念是对数转换，而其中最简单的策略是ALR（Additive log ratio）方法。对于高维数据，ALR方法有一下几个特点： (a) 次要成分都是相干的 (b)可以解释100%的总对数方差 (c)测量结果非常接近于等
Nanopore宏基因组分析永久冻土融化过程中微生物群落
Devin Drown和他在美国阿拉斯加大学费尔班克斯分校（University of Alaska Fairbanks）的团队一直在利用OxfordNanopore纳米孔技术带来的长读长测序的优势，致力于研究永久冻土的融化对土壤微生物群落造成的影响1。永久冻土是土壤、砾石和沙子的永久冻结层，位于地球表面或地表以下。 永久冻土指的是至少连续冻结两年的地区，而大多数的永久冻土已经冻结了数百甚至