分型专题

缠论再研究1-顶底分型

由于现在不是全职写程序了，看起来不是那么辛苦，终于有点精力重新研究缠论了。之前做过几个月期货，发现真是太难了，布鲁克斯的书写的好是好，终归还是太过复杂，一时半会吸收不了，加之我们程序员出身，没有办法将之程序化，最终又兜回来研究缠论，应该算是重新写。目的是未来应用到量化交易中。当前刚刚写到顶分型，底分型，看起来也不是很难，只不过一直想做一个学习缠论可视化的东西，之前做了一个kline-cha

缠论_笔-线段-中枢概念_及顶底分型位置对笔的判断

缠论_笔-线段-中枢概念_及顶底分型位置对笔的判断很多朋友虽然学习缠论也有了一段时间, 但是实际上错误百出导致不能准确找到一笔。缠论中的老笔、新笔的画法, 很多人都会画, 但是让一些朋友感到茫然的是: 在 K 线图中明明够一笔, 为什么缠论技术派却说不能画成一笔。其实, 这笔的判定可能是受了顶底分型的位置的影响。 (一) 顶底分型位置对笔的判断关于顶底分型位置因素对笔的判定,

多组学+机器学习+膀胱癌+分型+建模

这是一个基于多组学+机器学习的分型建模文章，这里我们大概介绍一下，这篇文章做了啥一、研究背景 1、尿路上皮癌是高度恶性的肿瘤，预后差，死亡率高 2、没有明显有效的治疗方法，多数患者在免疫治疗中无法受益，其原因可能是患者之间异质性 3、基于此，作者使用多组学数据与机器学习方法进行分析，以识别生物标志物，能够有效的改善患者预后，和免疫治疗的效果过程：TCGA（mRNA+lncRN

塑胶模具设计:产品分型面、插靠破、潜水进胶注意事项

塑胶模具设计:产品分型面、插靠破、潜水进胶注意事项上图所示：延着产品做插破的说，量产中易产生毛边并将产品外观拉伤，所以优化插靠破，如下图1所示：母模潜水进胶，分流道需要在公模侧做偷胶处理。公模侧做潜水进胶的话，分流道需要在母模侧做偷胶处理。

胃癌 EMT、MSI 和 TP53 分型文献

Molecular analysis of gastric cancer identifies subtypes associated with distinct clinical outcomes - PubMed (nih.gov) 胃癌是导致癌症相关死亡的主要原因之一，是一种异质性疾病。我们旨在建立与临床相关的分子亚型，以涵盖这种异质性并提供有用的临床信息。我们利用基因表达数据描述了与不同

缠论-分型的实战意义（三）

分型的实战意义（三） 1. 定义分型分型分两种情况：中继还是转折？分型出现之后不一定代表之前行情的一个结束实际操作中，我们的目的就是为了尽可能（通过一系列的技术手动尽可能找到转折底分型，只是大概率事件，没有100%的却准是转折分型）找到转折的分型，从而找到阶段性买入和卖出的关键点 1.1 中继底分型出现之后，不一定表示之前行情的结束，而是小幅反弹之后，延续之前的下跌走势顶分型出

7+m6A+分型+实验，甲基化方向的生信思路，没有思路的同学可参考

今天给同学们分享一篇生信文章“Landscape analysis of m6A modification regulators related biological functions and immune characteristics in myasthenia gravis”，这篇文章发表在J Transl Med期刊上，影响因子为7.4。结果解读： MG相关m6A修饰调控因子的

5+铁死亡+分型+多组机器学习，铁死亡到现在还是大热

今天给同学们分享一篇生信文章“Identification of ferroptosis-related molecular clusters and genes for diabetic osteoporosis based on the machine learning”，这篇文章发表在Front Endocrinol (Lausanne)期刊上，影响因子为5.2。结果解读：鉴定在

分型宇宙递归求解（1296）

题目描述: 魔法世界的科学家分形宇宙论，即宇宙是一个基本微粒，构成宇宙的无数个微粒又会有其他的小宇宙。分形定义如下： 1 度的分形为： X 2 度的分形为： X XXX X 如果 B(n-1) 表示 n-1 度的分形，则 n 度的分形递归定义如下： B(n-1) B(n-1)B(n-1)B(n-1) B(n-1) 要求给定分形的度，输出相应的分形图。输入描述：多组输入，每组输入一个

[个人笔记]基于多组学数据的癌症分型相关资料学习

背景现有一些mRNA和miRNA组学数据，需要做癌症分型。此前有如下基础：高中生物关于DNA，RNA，蛋白质之间转录翻译，影响形状的知识机器学习基本知识，尤其是聚类但对mRNA,miRNA 癌症分型的概念和相关知识毫无了解，特做此笔记。本文资料大多整理自硕士学位论文：基于多组学数据的癌症分型研究作者：王东利，西安电子科技大学（后期可能会继续更新）概述癌症分型

分型与迭代(谢尔宾斯基三角形)总结

7月6日分型与迭代总结(谢尔宾斯基三角形) 胡哥说，只要能画出一个点，就能画出这个世界。现在我对这句话深信不疑了。这几天，接触到了不少的漂亮的用代码“写”出的图片，我越来越觉得Java是个神奇的东西。前天我画出了一个镯子，昨天又画了几个细胞，觉得好有意思啊。昨天冥思苦想了半天，终于把胡哥让画的谢尔宾斯基三角形画出来了，好有成就感啊。开

医学专题（6）--多组学在肿瘤分型研究中的应用思路

研究背景肿瘤免疫分型的由来：每一种肿瘤，甚至每一位患者的肿瘤浸润免疫细胞都存在差异，研究者根据免疫细胞浸润的特点将肿瘤大致分为“冷”肿瘤和“热”肿瘤，此概念的提出是肿瘤免疫分型的雏形。对肿瘤免疫分型的研究有很多，其中比较受研究者广泛认可的就是肿瘤的三大免疫分型： 1）免疫浸润型 2）免疫排斥型 3）免疫沙漠型近些年，关于肿瘤免疫分型的机制探索无论是在临床研究还是基础科学研

C#学习系列之泛型类、分型方法、约束、泛型接口

C#学习系列之泛型类、分型方法、约束、泛型接口泛型泛型方法约束泛型接口总结泛型泛型：模具，可以塑造很多产品。 class Cage<T>//用T可以直接替换多种类型{T[] petsArray;public void Putln(T pet){}public T TakeOut(int index){}}class DogCage{Dog[] petsArray

4+m6A+机器学习+分型，要素过多，没有思路的同学可借鉴

今天给同学们分享一篇生信文章“Diagnostic, clustering, and immune cell infiltration analysis of m6A regulators in patients with sepsis”，这篇文章发表在Sci Rep.期刊上，影响因子为4.6。结果解读：脓毒症中m6A调节因子的转录改变为了鉴定脓毒症患者中编码m6A调节因子的差

隐式曲面（代数形式，CSG,距离函数，分型几何）与显式几何

计算机图形学：隐式曲面(代数形式,CSG, 距离函数,分型几何)与显式曲面隐式曲面与显式曲面 1.1隐式曲面的特点所谓隐式曲面值得是并不会告诉你任何点的信息，只会告诉你该画面上所有点满足的关系。来举个具体的隐式曲面的例子：相信读者都能一眼看出来这是一个三维球体的方程，一般地我们会把隐式曲面的代数方程写成该球体的。对于隐式方程来说因为没有给出任何点的信息，因此如何采样到曲面上具体的

分型+预后模型多层面验证，干湿结合直达7+

今天给同学们分享一篇铜死亡+分型+预后模型+实验的生信文章“Construction and validation of a cuproptosis-related prognostic model for glioblastoma”，这篇文章于2023年2月6日发表在Front Immunol期刊上，影响因子为7.3。铜死亡是一种新报道的程序性细胞死亡类型，参与调控肿瘤进展、治疗反应

免疫浸润结果分子分型（一致性聚类）

分子分型也是生信灌水的常见知识点之一。可以用于分子分型的方法非常多，比如：一致性聚类、非负矩阵分解、PCA等等，当然这些方法不需要我们手动去计算，都是有成熟的R包帮我们做。比较常见的做分子分型的R包：ConsensusClusterPlus, cola, CancerSubtypes, MOVICS, diceR，等等。可以用于分子分型的数据那更是五花八门啦，理论上只要你有一个数值型矩阵，

你可以永远相信铁死亡，4+机器学习+分型+实验的干湿结合机制

今天给同学们分享一篇铁死亡+机器学习+分型+实验的生信文章“Identification of Ferroptosis-Related Biomarkers for Diagnosis and Molecular Classification of Staphylococcus aureus-Induced Osteomyelitis”，这篇文章于2023年4月26日发表在J Inflamm Re

Optitype进行HLA分型的尝试

Optitype 软件安装最开始尝试使用docker，无奈悲剧的失败，发现bioconda有这个软件的，于是上conda，感觉比docker更方便呢。还有一个好处是，win10家庭版不支持docker，要想支持得修改注册表一通操作，太麻烦了。 # 下面两个命令选一就可以了conda install -c bioconda optitype conda install -c biocon

HLAreporter : HLA分型软件简介

欢迎关注"生信修炼手册"！在前面的文章中，我们详细介绍了HLA Allel的命名格式，示意图如下从示意图可以看出，一个HLA Allel 可以分成四个字段，在加上最后的修饰后缀，共5个字段；在定义HLA 分型结果的分辨率时，会根据分型结果的最大位数来判断，如果只给出了字段一，即血清学分类的信息，代表是2位的分型结果；如果最多给出了字段二，即对应的蛋白信息，代表是4位的分型结果；如果最多给出

HLAminer:根据NGS数据确定HLA分型结果

欢迎关注"生信修炼手册"！ PCR-SBT方法是世界卫生组织WHO推崇的HLA 分型的金标准，其实就是指的直接测序，无论是WGS, WES, RNA_seq 数据都可以。近几年来涌现了很多的软件，支持从NGS测序数据直接确定HLA Allel, HLAminer 就是其中之一。官网如下： https://github.com/warrenlr/HLAminer 安装过程如下： wget htt

HLA-VBSeq:对全基因组数据进行HLA分型

欢迎关注"生信修炼手册"！ HLA-VBseq 利用全基因组测序的数据，可以提供8位的HLA分型结果，其文献链接如下 https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-16-S2-S7 在该文献中，利用30X的全基因组数据，对HLA-VBSeq, PHLAT, HLAminer这3款软件的分型结果进行了评估，准确

使用HLAscan进行HLA分型

欢迎关注"生信修炼手册"！ HLAScan是由韩国的科研团队开发的一款HLA分型工具，可以处理WGS, WES和目标区域捕获测序的数据，将reads与IMGT/HLA数据库中的reads进行比对，然后确定HLA的基因型信息。软件的开发团队利用测试数据，评估了以下几个软件的分型效果可以看到HLAscan能够提供可靠的2位和4位分型的结果。官网链接如下 http://www.genomeko

HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型

欢迎关注"生信修炼手册"！ HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件，github地址如下 https://github.com/FNaveed786/hlaforest 安装过程如下 git clone https://github.com/FNaveed786/hlaforest 当我们把源代码下载到本地之后，还需要修改以下几个配置文件中的内容 1. 修改con

seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型

欢迎关注"生信修炼手册"！对于不同的HLA Allel来说，exon2和exon3 序列的差异性尤为明显，很多的HLA 分型软件都会根据这部分序列，整理出HLA Allel序列参考数据库。 seq2HLA也采用了类似的策略，通过HLA不同Allel的exon2和exon3的序列，整理了一份HLA参考数据库，通过将RNA_seq的reads与该数据库比对，确定HLA分型结果，原理示意图如下迭

娱乐版HLA分型网页升级了

之前做了一个简单的网页，使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据，当然准确性不咋的，也就玩玩，上线后为大约100+人提供了服务，这是伯值得骄傲的事，因为第一次能为大家提供服务。代码我是放在了gitHub的，数据是脚本处理完后自动删除。看网页是不是有点眼熟，这是谷歌中国网页框架，直接搬来的。 2020.6.20更新了合并后的参考数据集，据论文说准确度有一定程度提高，欢迎测试