本文主要是介绍Optitype进行HLA分型的尝试，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
Optitype
软件安装
最开始尝试使用docker，无奈悲剧的失败，发现bioconda有这个软件的，于是上conda，感觉比docker更方便呢。还有一个好处是，win10家庭版不支持docker，要想支持得修改注册表一通操作，太麻烦了。
# 下面两个命令选一就可以了
conda install -c bioconda optitype
conda install -c bioconda/label/cf201901 optitype
运行和结果
很简单的一条命令就可以了。
OptiTypePipeline.py -i read_1.fq read_2.fq --dna -v -o optutype
AMD YES的r7-4700u加持下，在近乎突破硬件极限的情况下完成了分型。
结果首先是个pdf文件，是分型结果的测序覆盖度图。
然后是一个tsv文件，分型结果，是只有ABC的结果，4位的：
A1 A2 B1 B2 C1 C2 Reads Objective
0 A*03:01 A*31:01 B*15:11 B*48:01 C*03:03 C*08:01 15556.0 15135.987999999903
这篇关于Optitype进行HLA分型的尝试的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
