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【Nature. Mach. Intell. 】基于Transformer的多肽-HLA I类结合预测和疫苗的新生抗原序列设计...

来源：专知本文1000字，建议阅读5分钟TransPHLA设计了Transformer衍生模型来预测pHLA的结合。近日，国际知名期刊《Nature Machine Intelligence》在线发表了上海交通大学生命科学技术学院魏冬青团队的研究论文《A transformer-based model to predict peptide–HLA class I binding and o

HLA-A单克隆抗体参考说明书

HLA-A单克隆抗体 cat#：MAB6449 描述：针对天然HLA-A的小鼠单克隆抗体。克隆名称：W6/32 免疫原：从人类扁桃体细胞膜天然纯化的HLA-A。牛、猫、人、非人灵长类应用：ELISA、Flow Cyt、Func、IHC Fr、IP、WB 原细胞特异性：该抗体识别所有人类有核细胞表面表达的MHC类I分子（MHC类Ia）。这种抗体也适合作为HLA组织分型和交叉配型的阳性

HLA-A属于HLA I类重链同源物。该I类分子是由重链和轻链（β-2微球蛋白）组成的异二聚体。重链固定在膜上。I类分子通过提供来自内质网腔的肽在免疫系统中发挥中心作用。它们在所有细胞中表达。重链约为45kDa，其基因包含8个外显子。外显子1编码先导肽，外显子2和3编码结合肽的alpha1和Alpha2结构域，外显子4编码alpha3结构域，外显子5编码跨膜区，外显子6和7编码细胞质尾部。外显子2

KY-RTI分布仿真技术：附录2 大联邦（构建1000个成员的HLA/RTI仿真系统）

基于当前的RTI构建1000个以上成员的仿真系统在一些人看来似乎是极具挑战性的一个问题。如果你对当前的计算机技术、网络技术、仿真技术真正了解的话，其实构建这样的一个大规模仿真系统是完全可行的。本章以聊天程序为例，介绍了基于KY-RTI构建1000个仿真成员的两种方法：基于单个RTI服务器的大联邦；基于桥接程序实现多个RTI服务器的大联邦。从HLA的概念来讲，每个RTI服务器及其所有仿

Optitype进行HLA分型的尝试

Optitype 软件安装最开始尝试使用docker，无奈悲剧的失败，发现bioconda有这个软件的，于是上conda，感觉比docker更方便呢。还有一个好处是，win10家庭版不支持docker，要想支持得修改注册表一通操作，太麻烦了。 # 下面两个命令选一就可以了conda install -c bioconda optitype conda install -c biocon

HLAreporter : HLA分型软件简介

欢迎关注"生信修炼手册"！在前面的文章中，我们详细介绍了HLA Allel的命名格式，示意图如下从示意图可以看出，一个HLA Allel 可以分成四个字段，在加上最后的修饰后缀，共5个字段；在定义HLA 分型结果的分辨率时，会根据分型结果的最大位数来判断，如果只给出了字段一，即血清学分类的信息，代表是2位的分型结果；如果最多给出了字段二，即对应的蛋白信息，代表是4位的分型结果；如果最多给出

HLAminer:根据NGS数据确定HLA分型结果

欢迎关注"生信修炼手册"！ PCR-SBT方法是世界卫生组织WHO推崇的HLA 分型的金标准，其实就是指的直接测序，无论是WGS, WES, RNA_seq 数据都可以。近几年来涌现了很多的软件，支持从NGS测序数据直接确定HLA Allel, HLAminer 就是其中之一。官网如下： https://github.com/warrenlr/HLAminer 安装过程如下： wget htt

HLA-VBSeq:对全基因组数据进行HLA分型

欢迎关注"生信修炼手册"！ HLA-VBseq 利用全基因组测序的数据，可以提供8位的HLA分型结果，其文献链接如下 https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-16-S2-S7 在该文献中，利用30X的全基因组数据，对HLA-VBSeq, PHLAT, HLAminer这3款软件的分型结果进行了评估，准确

使用HLAscan进行HLA分型

欢迎关注"生信修炼手册"！ HLAScan是由韩国的科研团队开发的一款HLA分型工具，可以处理WGS, WES和目标区域捕获测序的数据，将reads与IMGT/HLA数据库中的reads进行比对，然后确定HLA的基因型信息。软件的开发团队利用测试数据，评估了以下几个软件的分型效果可以看到HLAscan能够提供可靠的2位和4位分型的结果。官网链接如下 http://www.genomeko

HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型

欢迎关注"生信修炼手册"！ HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件，github地址如下 https://github.com/FNaveed786/hlaforest 安装过程如下 git clone https://github.com/FNaveed786/hlaforest 当我们把源代码下载到本地之后，还需要修改以下几个配置文件中的内容 1. 修改con

seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型

欢迎关注"生信修炼手册"！对于不同的HLA Allel来说，exon2和exon3 序列的差异性尤为明显，很多的HLA 分型软件都会根据这部分序列，整理出HLA Allel序列参考数据库。 seq2HLA也采用了类似的策略，通过HLA不同Allel的exon2和exon3的序列，整理了一份HLA参考数据库，通过将RNA_seq的reads与该数据库比对，确定HLA分型结果，原理示意图如下迭

娱乐版HLA分型网页升级了

之前做了一个简单的网页，使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据，当然准确性不咋的，也就玩玩，上线后为大约100+人提供了服务，这是伯值得骄傲的事，因为第一次能为大家提供服务。代码我是放在了gitHub的，数据是脚本处理完后自动删除。看网页是不是有点眼熟，这是谷歌中国网页框架，直接搬来的。 2020.6.20更新了合并后的参考数据集，据论文说准确度有一定程度提高，欢迎测试

Nat. Mach. Intell 2022 | TransMut+：基于transformer的用于预测peptide–HLA class I binding 并优化疫苗设计中的突变多肽

论文标题：A transformer-based model to predict peptide–HLA class I binding and optimize mutated peptides for vaccine design 论文地址：A transformer-based model to predict peptide–HLA class I binding and opti