seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型

2023-10-12 02:50

本文主要是介绍seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

欢迎关注"生信修炼手册"

对于不同的HLA Allel来说,exon2和exon3 序列的差异性尤为明显,很多的HLA 分型软件都会根据这部分序列,整理出HLA Allel序列参考数据库。


seq2HLA也采用了类似的策略,通过HLA不同Allel的exon2和exon3的序列,整理了一份HLA参考数据库,通过将RNA_seq的reads与该数据库比对,确定HLA分型结果,原理示意图如下

迭代两次,每次挑选出覆盖度最高的Allel 作为分型结果。

seq2HLA采用python和R进行开发,安装过程较为简单,直接下载源代码即可,安装过程如下

git clone https://github.com/TRON-Bioinformatics/seq2HLA
cd seq2HLA/

用法如下:

python seq2HLA.py -1 R1.fastq -2 R2.fastq -r test -p 10

-1-2参数分别指定输入的R1和R2端的fastq格式的序列; -r参数指定输出文件名称的前缀,-p指定线程数,主要是bowtie比对时的线程。

输出文件非常多,详细列表如下

test.ambiguity
test-ClassI-class.bowtielog
test-ClassI-class.expression
test-ClassI-class.HLAgenotype2digits
test-ClassI-class.HLAgenotype4digits
test-ClassII.bowtielog
test-ClassII.expression
test-ClassII.HLAgenotype2digits
test-ClassII.HLAgenotype4digits
test-ClassI-nonclass.bowtielog
test-ClassI-nonclass.expression
test-ClassI-nonclass.HLAgenotype2digits
test-ClassI-nonclass.HLAgenotype4digits

我们主要关注后缀为HLAgenotype4digits的结果文件,可以看到,同时体用了HLA Clas I 和 Class II 两种类型基因的分型结果。以HLA I型基因的4位分型结果为例,文件内容如下

#Locus Allele 1 Confidence Allele 2 Confidence
A A*02:65 0.008687167 A*02:65 NA
B B*39:05' 0.3821314 B*13:48 0.09848174
C C*08:02' NA C*08:02 NA

对于HlA  I型基因,给出了A, B, C 三个基因的分型结果,每个基因给出了两个Allel, 对于每个Allel, 会给出对应的打分值。

扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!

这篇关于seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/192703

相关文章

如何使用Lombok进行spring 注入

《如何使用Lombok进行spring注入》本文介绍如何用Lombok简化Spring注入,推荐优先使用setter注入,通过注解自动生成getter/setter及构造器,减少冗余代码,提升开发效... Lombok为了开发环境简化代码,好处不用多说。spring 注入方式为2种,构造器注入和setter

MySQL进行数据库审计的详细步骤和示例代码

《MySQL进行数据库审计的详细步骤和示例代码》数据库审计通过触发器、内置功能及第三方工具记录和监控数据库活动,确保安全、完整与合规,Java代码实现自动化日志记录,整合分析系统提升监控效率,本文给大... 目录一、数据库审计的基本概念二、使用触发器进行数据库审计1. 创建审计表2. 创建触发器三、Java

MyBatis-Plus通用中等、大量数据分批查询和处理方法

《MyBatis-Plus通用中等、大量数据分批查询和处理方法》文章介绍MyBatis-Plus分页查询处理,通过函数式接口与Lambda表达式实现通用逻辑,方法抽象但功能强大,建议扩展分批处理及流式... 目录函数式接口获取分页数据接口数据处理接口通用逻辑工具类使用方法简单查询自定义查询方法总结函数式接口

MySQL深分页进行性能优化的常见方法

《MySQL深分页进行性能优化的常见方法》在Web应用中,分页查询是数据库操作中的常见需求,然而,在面对大型数据集时,深分页(deeppagination)却成为了性能优化的一个挑战,在本文中,我们将... 目录引言:深分页,真的只是“翻页慢”那么简单吗?一、背景介绍二、深分页的性能问题三、业务场景分析四、

SpringBoot结合Docker进行容器化处理指南

《SpringBoot结合Docker进行容器化处理指南》在当今快速发展的软件工程领域,SpringBoot和Docker已经成为现代Java开发者的必备工具,本文将深入讲解如何将一个SpringBo... 目录前言一、为什么选择 Spring Bootjavascript + docker1. 快速部署与

linux解压缩 xxx.jar文件进行内部操作过程

《linux解压缩xxx.jar文件进行内部操作过程》:本文主要介绍linux解压缩xxx.jar文件进行内部操作,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录一、解压文件二、压缩文件总结一、解压文件1、把 xxx.jar 文件放在服务器上,并进入当前目录#

SpringBoot中如何使用Assert进行断言校验

《SpringBoot中如何使用Assert进行断言校验》Java提供了内置的assert机制,而Spring框架也提供了更强大的Assert工具类来帮助开发者进行参数校验和状态检查,下... 目录前言一、Java 原生assert简介1.1 使用方式1.2 示例代码1.3 优缺点分析二、Spring Fr

SQL中如何添加数据(常见方法及示例)

《SQL中如何添加数据(常见方法及示例)》SQL全称为StructuredQueryLanguage,是一种用于管理关系数据库的标准编程语言,下面给大家介绍SQL中如何添加数据,感兴趣的朋友一起看看吧... 目录在mysql中,有多种方法可以添加数据。以下是一些常见的方法及其示例。1. 使用INSERT I

Python使用vllm处理多模态数据的预处理技巧

《Python使用vllm处理多模态数据的预处理技巧》本文深入探讨了在Python环境下使用vLLM处理多模态数据的预处理技巧,我们将从基础概念出发,详细讲解文本、图像、音频等多模态数据的预处理方法,... 目录1. 背景介绍1.1 目的和范围1.2 预期读者1.3 文档结构概述1.4 术语表1.4.1 核

MySQL 删除数据详解(最新整理)

《MySQL删除数据详解(最新整理)》:本文主要介绍MySQL删除数据的相关知识,本文通过实例代码给大家介绍的非常详细,对大家的学习或工作具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友参考下吧... 目录一、前言二、mysql 中的三种删除方式1.DELETE语句✅ 基本语法: 示例:2.TRUNCATE语句✅ 基本语