handbook专题
biostar handbook(七)| BLAST
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast# blast安装perl模块的方法conda isntall perl-digest-md5 BLAST的主要理念 Se
biostar handbook(六)|正则表达式和K-mers在模式匹配中的使用
模式匹配中的正则表达式和k-mer 模式匹配指的是在看似杂乱无章的系统中找到符合要求的部分。比如说你想从基因组中寻找motif，转录因子结合位点，CDS, 或者检测测序结果里是否有接头等，这些行为都可以解读为根据已有的模式去寻找目标序列中符合要求的片段。后面介绍的序列模式匹配的两种方法，正则表达式和k-mers。 正则表达式的基础概念 正则表达式(regular expression)的概念
biostar handbook: 第五周笔记汇总+第六周任务布置
简单总结下第五周的笔记： biostarhandbook(五)|序列从何而来和质量控制YXF-测序仪和质量控制Biostar学习笔记（5）测序平台、测序原理及质量控制Biostar第六课 测序仪和QC 顺便发布第六周的任务： 第六周的任务是第十章和第十一章。其中第十一章介绍的是序列模式，是对正则表达式的温故知新。第十一章则是开始序列分析的重要一步：序列联配。任务如下： 什么是正则表达式什么
biostar handbook(五)|序列从何而来和质量控制
测序仪 2017年一篇发表在Nature的综述"DNA sequencing at 40: past, present and future"介绍了DNA测序这40年的发展历程。1976年，Sanger和Coulson同时发表了2种方法用于对上百个DNA碱基进行解码，这就是第一代测序技术。到了2005年，罗氏的454平台揭开了高通量测序的序幕，后面则是SOLiD，454和Illumina三方对抗
biostar handbook: 第四周笔记汇总+第五周任务布置
不知不觉已经过去了四周，这个系列的开篇语写于2017年10月14日，距离今天差不多是一个月的时间了。这个月的时间学的内容并不算多，大致也就是如下几个内容： *nux基础： 这个尤为重要，学会了*nix（Linux或unix）之后，如果能够在日常科研生活中进行使用，那么你的效率将会大大提高。数据格式： 数据的保存具有一定的格式，处理数据的前提在于知己知彼，这样才能选择合适的工具。这个部分内容包括知
biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作
2017/11/9 第一版： 生物数据库，基本数据类型（genbank， fasta/fastq），数据上传站点 2017/11/12 第二版：如何利用esearch, efecth快速获取SRR序列号 生物数据库 目前绝大部分数据由NCBI, EMBL-EBI, DDBJ三大机构托管，可划分为五类： （表格数据来源于INSDC） Data typeDDBJEMBL-EBINCBIN
biostar handbook: 第三周笔记汇总+第四周任务布置
就目前来看，这一周主要以补交上次作业为主，所以上一周的总结增加了很多新内容。但是关于本体论和富集分析，大家还是有点小困难。当然我自己交东西也慢了很多，因为时间也总是不太够，完全靠周末挤出来。 第三周笔记汇总如下 Biostar学习笔记（3）Gene set analysis related topics.本体论biostarhandboo(四)|本体论和功能分析基因本体论 第四周作业发布
biostar handbook: 第二周笔记汇总+第三周任务布置
第二周已经结束了，我不确定大家对Linux到底了解到了什么程度，但是我觉得再给一周时间让初学者去熟悉Linux肯定是必要的。于是这一周的任务不会太难，只需要让大家去理解本体论（ontology）。 笔记汇总 这周有一些小伙伴开始遭遇人生抉择，有一些则是要出差赶路，所以上交作业不算太多。可能大家对自己的要求有点高了，其实我一直强调的是笔记的不断迭代，只要你写了一点内容就可以发出来，后来不断修改，
biostar handbook(十)|如何进行变异检测
变异检测流程 什么是基因组变异 基因组变异是一个定义比较模糊的概念. 所谓的变异是相对于一个完美的“参考基因组”而言。但是其实完美的“参考基因组”并不存在，因为我们只是选择某一个物种里的其中似乎比较正常的个体进行测序组装，然后基于它进行后续的研究。简单的说，参考和变异是相对而言，变异也可能完全正常。 常见的基因组变异一般可以归为如下几类： SNP， 单核苷酸多态性, 一
biostar handbook|如何模拟NGS测序结果
如何用软件模拟NGS数据 为了评价一个工具的性能，通常我们都需要先模拟一批数据。这样相当于有了参考答案，才能检查工具的实际表现情况。因此对于我们而言，面对一个新的功能，可以先用模拟的数据测试下不同工具的优缺点。有如下几个工具值得推荐一下： 'wgsim/dwgsim': 从全基因组中获取测序reads'msbar': EMBOSS其中一个工具，能够从单个序列中模拟随机突变'biosed': E
The Complete Project Management Office Handbook
版权声明：原创作品，允许转载，转载时请务必以超链接形式标明文章原始出版、作者信息和本声明。否则将追究法律责任。 http://blog.csdn.net/topmvp - topmvp Today's project managers find themselves in the dual roles of technical expert and business leader. As pr
The Security Risk Assessment Handbook: A Complete Guide for Performing Security Risk Assessments
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Web Standards Solutions: The Markup and Style Handbook
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Handbook of Video Databases
版权声明：原创作品，允许转载，转载时请务必以超链接形式标明文章原始出版、作者信息和本声明。否则将追究法律责任。 http://blog.csdn.net/topmvp - topmvp This handbook presents a thorough overview in 45 chapters from more than 100 renowned experts in the fiel
The Extreme Searcher's Internet Handbook: A Guide for the Serious Searcher
版权声明：原创作品，允许转载，转载时请务必以超链接形式标明文章原始出版、作者信息和本声明。否则将追究法律责任。 http://blog.csdn.net/topmvp - topmvp Complicating the situation is that as already large Web engines, directories,and databases get larger,
WCDMA (UMTS) Deployment Handbook: Planning and Optimization Aspects
版权声明：原创作品，允许转载，转载时请务必以超链接形式标明文章原始出版、作者信息和本声明。否则将追究法律责任。 http://blog.csdn.net/topmvp - topmvp A complete and practical guide to WCDMA/UMTS cellular network deployment. After introducing the netwo
Oracle Collaboration Suite Handbook
版权声明：原创作品，允许转载，转载时请务必以超链接形式标明文章原始出版、作者信息和本声明。否则将追究法律责任。 http://blog.csdn.net/topmvp - topmvp Maximize the Capabilities of Oracle Collaboration Suite Facilitate enterprisewide communication, data
The Compiler Design Handbook: Optimizations and Machine Code Generation, Second Edition
版权声明：原创作品，允许转载，转载时请务必以超链接形式标明文章原始出版、作者信息和本声明。否则将追究法律责任。 http://blog.csdn.net/topmvp - topmvp Todays embedded devices and sensor networks are becoming more and more sophisticated, requiring more ef
Wireless Networking Handbook
版权声明：原创作品，允许转载，转载时请务必以超链接形式标明文章原始出版、作者信息和本声明。否则将追究法律责任。 http://blog.csdn.net/topmvp - topmvp This book provides an overview of the various types of wireless networks presently in use and discusses
Techno Security's Guide to E-Discovery and Digital Forensics: A Comprehensive Handbook
版权声明：原创作品，允许转载，转载时请务必以超链接形式标明文章原始出版、作者信息和本声明。否则将追究法律责任。 http://blog.csdn.net/topmvp - topmvp This book provides IT security professionals with the information (hardware, software, and procedural r
CUDA Handbook 补充 CPU和GPU硬件架构3
上一个博客说道，不同CPU内存可以共享，但是如果同一时间共享次数或者数量太多，缓存就不够用了，则也会对性能造成影响。 有些时候，GPU设备使用同一个PCIe总线，连接到IO设备控制器上，但是有个问题，毕竟GPU带宽是有限的，如果程序要从GPU广泛传输数据，则可能造成阻塞。如图： 图片来自CUDA han
CUDA Handbook 补充 CPU和GPU硬件架构2
Latency Hiding = Latency tolerance 延迟隐匿又叫延迟容忍。通过在同一时间执行更多的warp来获得更高的吞吐量，叫做延迟容忍。所谓warp就是一个线程区里面一起执行的线程，一般是32个线程一起执行。它的意义是为了“隐藏”延迟性，也就是说最大化利用GPU的计算功能，计算相对多了，数据传输则相对就小了（比如同样执行100个操作，其中90个是计算，10个
CUDA Handbook 补充 CPU和GPU硬件架构1
CPU通过内存管理模块与内存进行连接，如果内存不足，那么系统自动从硬盘划定出区域作为虚拟内存空间，读写速度很慢。 北桥是Intel计算机主板芯片组的两枚芯片之一，另一枚是南桥，南桥连接外围设备到CPU。以前的GPU显卡在北桥，后来集成到了CPU内部。现在则基本上都是独立显卡，位于所谓的南桥区域，PCIe总线已经取代了北桥显卡设计，以前的PCI总线速度较慢，不太能满足
Handbook of Software Architecture 软件架构手册 [原创翻译]
1. 引言 软件架构是软件工程学中一个正高速发展的子研究和实践领域.软件架构是程序或计算系统的结构，包括软件组件、那些组件的外部可见的属性，以及那些组件之间的关系. 软件架构对于系统非常重要的原因A. 起到与涉众交流的作用B. 是系统初步的设计决定C. 是系统一个灵活的抽象 软件架构提供了一个通用的语言来表达不同的涉众对系统的担忧,如果没有这样的一种语言,就会使系统非常难于理解和领会,以至于不
小姜的Verilog PLI Handbook学习笔记
Chapter 1 PLI：为verilog的终端用户提供一种用C语言（同时好像应该也有PLI library中的函数？）编写设计验证任务的方法，并用verilog logic simulators来执行这些C程序（其实就是在tb中执行？） 用途之一： PLI application：是一个能够被verilog simulator执行的用户自定义的C语言应用 创建一个PLI applic
biostar handbook(一)分析环境和数据可重复
biostarhandbook(一)分析环境和数据可重复 2017/10/18/11:00第一版本笔记，主要更新了生物信息要用那些基本技能和电脑配置简单说明，以及如何在虚拟机器上安装bioconda 2017/10/18/12:30第二版笔记，增加虚拟机配置 2017/10/18/13:05 第三版笔记，增加文件结构 2017/10/19/10:30 第四版笔记， 增加如何用xshell连接虚