biostar handbook: 第四周笔记汇总+第五周任务布置

2024-06-23 21:18

本文主要是介绍biostar handbook: 第四周笔记汇总+第五周任务布置,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

不知不觉已经过去了四周,这个系列的开篇语写于2017年10月14日,距离今天差不多是一个月的时间了。这个月的时间学的内容并不算多,大致也就是如下几个内容:

  • *nux基础: 这个尤为重要,学会了*nix(Linux或unix)之后,如果能够在日常科研生活中进行使用,那么你的效率将会大大提高。
  • 数据格式: 数据的保存具有一定的格式,处理数据的前提在于知己知彼,这样才能选择合适的工具。这个部分内容包括知道什么是本体论,fasta和fastq长什么样子。
  • 数据库: 一个优秀的数据库提供了分析所需的必要条件,想想如果没有NCBI这些数据库,分析将会多么困难。

这些内容都特别基础,当然越是基础的东西可能越是重要,我遇到的大部分问题都可以归结为基础不扎实。当然从下一周开始,我们将会接触数据分析的第一步,质量控制

质量控制重要程度在目前看来可能没有那么高,因为现在测序仪器的精确度上升后,大部分测序错误都被避免了。但是质量控制可能不只是判断碱基的质量。我们可能还要考虑实验的重复性等问题。下一周我们负责学习的内容是第8章第9章。任务是:

  • 目前常用的测序仪及其测序原理
  • 二代,三代或者四代测序仪的优缺点是什么
  • 质量控制一般需要哪几步
  • FastQC的结果如何解读
  • 使用multiQC聚合fastqc的输出结果
  • (额外任务)质量控制除了检查碱基质量以外,还有那些类别

后续部分是第四周的笔记汇总

  • 常见的数据格式及数据库The learning notes of the biostar handbook(4)
  • Biostar学习笔记(4)GenBank, FASTA, FASTQ and download SRA files from NCBI
  • biostarhandbook(四)|生物数据及其下载和基本操作

这篇关于biostar handbook: 第四周笔记汇总+第五周任务布置的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1088300

相关文章

Tolua使用笔记(上)

目录   1.准备工作 2.运行例子 01.HelloWorld:在C#中,创建和销毁Lua虚拟机 和 简单调用。 02.ScriptsFromFile:在C#中,对一个lua文件的执行调用 03.CallLuaFunction:在C#中,对lua函数的操作 04.AccessingLuaVariables:在C#中,对lua变量的操作 05.LuaCoroutine:在Lua中,

AssetBundle学习笔记

AssetBundle是unity自定义的资源格式,通过调用引擎的资源打包接口对资源进行打包成.assetbundle格式的资源包。本文介绍了AssetBundle的生成,使用,加载,卸载以及Unity资源更新的一个基本步骤。 目录 1.定义: 2.AssetBundle的生成: 1)设置AssetBundle包的属性——通过编辑器界面 补充:分组策略 2)调用引擎接口API

C++工程编译链接错误汇总VisualStudio

目录 一些小的知识点 make工具 可以使用windows下的事件查看器崩溃的地方 dumpbin工具查看dll是32位还是64位的 _MSC_VER .cc 和.cpp 【VC++目录中的包含目录】 vs 【C/C++常规中的附加包含目录】——头文件所在目录如何怎么添加,添加了以后搜索头文件就会到这些个路径下搜索了 include<> 和 include"" WinMain 和

《offer来了》第二章学习笔记

1.集合 Java四种集合:List、Queue、Set和Map 1.1.List:可重复 有序的Collection ArrayList: 基于数组实现,增删慢,查询快,线程不安全 Vector: 基于数组实现,增删慢,查询快,线程安全 LinkedList: 基于双向链实现,增删快,查询慢,线程不安全 1.2.Queue:队列 ArrayBlockingQueue:

操作系统实训复习笔记(1)

目录 Linux vi/vim编辑器(简单) (1)vi/vim基本用法。 (2)vi/vim基础操作。 进程基础操作(简单) (1)fork()函数。 写文件系统函数(中等) ​编辑 (1)C语言读取文件。 (2)C语言写入文件。 1、write()函数。  读文件系统函数(简单) (1)read()函数。 作者本人的操作系统实训复习笔记 Linux

LVGL快速入门笔记

目录 一、基础知识 1. 基础对象(lv_obj) 2. 基础对象的大小(size) 3. 基础对象的位置(position) 3.1 直接设置方式 3.2 参照父对象对齐 3.3 获取位置 4. 基础对象的盒子模型(border-box) 5. 基础对象的样式(styles) 5.1 样式的状态和部分 5.1.1 对象可以处于以下状态States的组合: 5.1.2 对象

DDS信号的发生器(验证篇)——FPGA学习笔记8

前言:第一部分详细讲解DDS核心框图,还请读者深入阅读第一部分,以便理解DDS核心思想 三刷小梅哥视频总结! 小梅哥https://www.corecourse.com/lander 一、DDS简介         DDS(Direct Digital Synthesizer)即数字合成器,是一种新型的频率合成技术,具有低成本、低功耗、高分辨率、频率转换时间短、相位连续性好等优点,对数字信

【汇总】vivado_zynq学习资料

DMA:https://www.xilinx.com/support/answers/57550.html

如何设置windows计划任务

如何设置windows计划任务 前言:在工作过程中写了一个python脚本,用于调用jira接口查询bug单数量,想要在本地定时任务执行,每天发送到钉钉群提醒,写下操作步骤用于记录。 1. 准备 Python 脚本 确保你的 Python 脚本已经保存到一个文件,比如 jira_reminder.py。 2. 创建批处理文件 为了方便任务计划程序运行 Python 脚本,创建一个批处理文

数据库原理与安全复习笔记(未完待续)

1 概念 产生与发展:人工管理阶段 → \to → 文件系统阶段 → \to → 数据库系统阶段。 数据库系统特点:数据的管理者(DBMS);数据结构化;数据共享性高,冗余度低,易于扩充;数据独立性高。DBMS 对数据的控制功能:数据的安全性保护;数据的完整性检查;并发控制;数据库恢复。 数据库技术研究领域:数据库管理系统软件的研发;数据库设计;数据库理论。数据模型要素 数据结构:描述数据库