病理专题
人工智能在病理组学中的优质开源项目推荐｜文献速递·24-08-28
小罗碎碎念 今天这期推文是6月份前半个月的文献总结，从90篇文章中挑了12个与病理AI相关的开源项目。 这一期推文先介绍6个项目，明天再介绍剩下的6个，信息量比较大，建议反复阅读。 一个项目的完成，无非就三个要素——人+数据+模型，所以我这期推文还分析了每一个项目采用的数据集。 后续还会不定期分享公开数据集，以及使用方式，敬请关注！！ 今日其余推文 从国自然立项情况
影像组学与病理组学在鼻咽癌领域的最新研究进展｜文献速递·24-08-23
小罗碎碎念 今天这期推文收纳了人工智能在鼻咽癌领域的最新研究进展，既涉及影像组学也涉及病理组学。 在写这期推文的时候，刚好看到了国自然基金放榜的消息，在这里也祝各位关注小罗的老师能如愿上榜！！ 正在积极备战的老师们，也可以多关注关注小罗的推文，也许哪天就找到灵感了呢，哈哈。 一、全自动跨域互助学习框架提升鼻咽癌磁共振成像诊断 一作&通讯 角色姓名单位单位（中文）第一作
利用医学Twitter进行病理图像分析的视觉-语言基础模型| 文献速递-视觉通用模型与疾病诊断
Title 题目 A visual–language foundation model for pathology image analysis using medical Twitter 利用医学Twitter进行病理图像分析的视觉-语言基础模型 01 文献速递介绍 缺乏公开可用的医学图像标注是计算研究和教育创新的一个重要障碍。同时，许多医生在公共论坛上（如医学Twi
MMUNet:形态学特征增强网络在结肠癌病理图像分割中的应用
MMUNet: Morphological feature enhancement network for colon cancer segmentation in pathological images. 发表在：Biomedical Signal Processing and Control2024--影响因子：3.137 南华大学的论文 论文地址：main.pdf (sciencedi
求臻医学携伴随诊断试剂盒亮相第十三届病理年会
中华医学会病理学分会第二十九次学术会议暨第十三届病理年会于2024年3月28～31日在北京国家会议中心隆重召开。本次大会由中华医学会、中华医学会病理学分会主办，汇聚近万名病理学领域海内外知名专家，共同见证、推进中国病理学的传承、创新、发展。求臻医学作为肿瘤精准诊疗领域的佼佼者，携ChosenHawkEye®肺癌6基因突变检测试剂盒崭新亮相并分享专题讲座，共享其在肿瘤精准诊疗领域的最新研究成
病理组学+配对 mIHC 验证+转录组多组学
目录 病理DeepRisk网络模型构建 DPS和新辅助化疗 mIHC 验证 STAD转录组层面 病理DeepRisk网络模型构建 自有数据训练，TCGA数据进行验证，然后配对mIF验证，最后还在转录组层面分析。 该模型基于中山数据集（n = 1120）构建，并在TCGA-STAD（n = 268）和SOBC数据集（n = 277）中得到进一步验证。 用于构建 DeepRisk
文献速递：深度学习肝脏肿瘤诊断---基于深度学习的肝细胞结节性病变在整片组织病理图像上的分类
Title 题目 Deep Learning-Based Classification of Hepatocellular Nodular Lesions on Whole-Slide Histopathologic Images 基于深度学习的肝细胞结节性病变在整片组织病理图像上的分类 Background 背景 Hepatocellular nodular
DSS结肠炎模型模拟人炎症性肠病的临床病理特性评估潜在的抗炎药物候选药物
动物模型/消化系统与代谢疾病模型/葡聚糖硫酸钠（DSS）诱导的啮齿类动物结肠炎模型 炎症性肠病(IBD)是一组异质性疾病，其特征是胃肠道(GI)的慢性、不受控制的炎症，已成为一个全球范围的健康问题，发病率不断增加。 两种主要的表型形式，克罗恩病(CD)和溃疡性结肠炎(UC)，都表现出如体重减轻，腹痛和带血腹泻。 UC主要累及结肠和直肠，而CD可累及胃肠道的任何部位，但以回肠和结肠最为常见
基于转录组计算的肿瘤纯度与病理肿瘤纯度一致性差异
实体瘤组织由肿瘤和非肿瘤细胞组成，如基质细胞和免疫细胞。这些非肿瘤细胞构成肿瘤微环境（TME）的重要组成部分，可降低肿瘤纯度，并在癌变、恶性肿瘤进展、治疗耐药性和预后评估中发挥重要作用。 肿瘤间质比的预后影响 Tumour-stroma ratio and prognosis in gastric adenocarcinoma - PMC (nih.gov) 富基质肿瘤患者5年预后较差（HR
HPAanalyze下载病理IHC然后qupath半定量分析（补全）
关于HPAanalyze病理数据IHC切片数据的下载HPA数据库及HPAanalyze包使用-CSDN博客 测试乳腺癌中的Ki67染色免疫组化切片： 数据下载 先查询：Ensembl:ENSG00000148773 MKI67 marker of proliferation Ki-67 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI (nih.gov) ##测试
【整理】哮喘研究进展及病理模型参考资料
哮喘最新研究进展 根据《柳叶刀》2019年发表的研究调查，我国20岁及以上人群哮喘患病率为4.2%，成人患者达4570万，高达71.2%的哮喘患者此前未得到过明确诊断，26.2%（1310万）的患者存在肺功能气流受限，本篇我们将重点汇总哮喘最新的研究报道，仅供参考： 【1】Nat Commun：气道细胞的改变或许会介导机体哮喘症的遗传风险 2022-04-15报道，近日，一篇发表在国
重度IT症患者病理表现
重度IT症患者病理表现： 使用按时间计费的设备时，喜欢让消费金额是4.04元，5.03元等的。睡醒觉后做的第一件事不是打开手机看时间，而是调bug的。手机中能用的软件不如xxxtest系列应用多的。喜欢把鼠标灵敏度调到最大的。买东西时，喜欢将金额凑成32、64、128元，否则觉得好像还要找零钱，但实际是划卡消费的。不用键盘就写不出文章来的。看的地铁站的终端机报异常就想尝试为其debug但被警察扣
病理WSI配准库valis教程
病理WSI配准库valis教程 项目地址环境配置（linux）（1）JDK配置（2）Maven配置（3）Openslide配置（4）libvips配置（5）conda虚拟环境配置 使用案例官方文档 项目地址 https://github.com/MathOnco/valis 环境配置（linux） （1）JDK配置 下载https://download.oracle.
病理HE学习贴（自备）
目录 正常结构 癌症HE 在线学习 以胃癌的学习为例 正常结构 1：胃粘膜正常结构和细胞分化 ●表面覆盖小凹上皮细胞(主要标志物：MUC5AC)以保护黏膜。 ●胃底腺固有腺体由黏液颈细胞(MUC6)、主细胞(Pepsinogen l)和壁细胞(Proton pump α-subunit)组成。 ●幽门腺固有腺体中有幽门腺细胞(MUC6,pepsinogen l)和神经内分
TCGA超过1G的病理wsi数据下载-gdc-client
使用网页端下载TCGA超过1G的病理wsi数据，数据下载到1G后就不能完整下载。遂采用gdc-client下载。 Win 环境下新建这个文件夹放在系统盘进行储存，否则会报错：ERROR: Unable to write state file: [WinError 17] 系统无法将文件移到不同的磁盘驱动器。好像是 TCGA数据集下载及gdc-client相关问题汇总_gdc client er
脊髓神经回路功能障碍介导小鼠Dyt1-Tor1a肌张力障碍的病理生理学
今天给同学们分享一篇实验文章“Pathophysiology of Dyt1- Tor1a dystonia in mice is mediated by spinal neural circuit dysfunction”，这篇文章发表在Sci Transl Med期刊上，影响因子为17.1。 结果解读： 将Tor1a的删除限制在脊髓回路和背根神经节中 解开Dyt1-Tor1a型扭转痉
数字病理图像分析的开源软件qupath学习 ①
介绍：QuPath是一种新的生物图像分析软件，旨在满足对用户友好、可扩展、开源解决方案日益增长的需求，用于数字病理学和全玻片图像分析。除了提供全面的肿瘤识别和高通量生物标志物评估工具外，QuPath 还为研究人员提供了强大的批处理和脚本功能，以及一个可扩展的平台，用于开发和共享分析复杂组织图像的新算法。此外，QuPath的灵活设计使其适用于生物医学研究中的各种其他图像分析应用。 使用：它提供了第
珠海分子病理实验室建设方案解析
珠海分子病理实验室建设方案有哪些内容？跟着SICOLAB小编从地面、天花、门锁等多角度了解实验室建设计划一、病理实验室建设平面设计说明 实验区设立标本接收室、标本存储室、取材脱水室、包埋切片及冰冻切片室、染色制片室、细胞学及TCT室、免疫化及特染室各一间。办公区设立综合阅片及办公室、文档资料室、玻璃档案室、主任办公室各一间。实验室辅助用房设立男女更衣卫生间各一间、药品仓库室一间。二、病理实验室建设
TCGA病理图像深度学习的肿瘤淋巴细胞浸润(文献)
Spatial Organization and Molecular Correlation of Tumor-Infiltrating Lymphocytes Using Deep Learning on Pathology Images - ScienceDirect 该文献展示了：基于13种TCGA肿瘤类型的H&E图像的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的映射。 流程 方法使用两种CNN：
matlab 彩色图像三通道合并split,利用Matlab从数字病理图像中分割染色细胞
我正试图从原始图像中分割彩色单元格,如下所示: 蓝色单元格是我要分割和计数的目标。 下面是我使用的代码: global ButtonDown img=imread('Zoom.png'); hsv=rgb2hsv(img); s=hsv(:,:,2); bw = imbinarize(s,graythresh(s)); figure imshow(bw) se=strel('disk',5);
病理IHC专题|如何提高PD-L1病理IHC阳性检出率？
免疫治疗已在多种肿瘤的治疗中显示出有效性和安全性，成为恶性肿瘤治疗中新的里程碑。但是，不是所有患者都能从免疫治疗中获益，因此需要借助特定的生物标志物对患者分层、提供个性化治疗方案和预测免疫治疗的疗效。 上一期详细介绍了免疫检查点抑制剂疗效生物标志物PD-L1，解答为什么PD-L1能成为医学诊断和抗肿瘤治疗的关键靶点。既然知道它在免疫治疗中发挥着关键作用，那么 如何获得更准确的PD-LI
基于深度学习的病理图片研究进展【含论文及其概述】
DeepPATH：识别与诊断 除了诊断任务自动化，CPATH方法还可用于为病理学家提供更多信息。例如，提取乳腺癌WSI中有丝分裂细胞的2平方毫米热点，就可以根据乳腺癌患者治疗指南（由美国临床肿瘤学会发布）的建议进行肿瘤分级。这种方法的表现与病理学家相当，并且可以减少不同观察者间的诊断差异。使用不同颜色标记前列腺癌区域以代表不同的Gleason分级以及使用CPATH区分不同腺肺癌亚型的生长模式，都能
日本ips技术攻克疑难病病理，药品开发指日可待
推荐阅读： 1.2020年ips细胞治疗糖尿病研究进展综述 2.iPS细胞重编程实验相关实验材料 图片 伴皮质下梗死和白质脑病的常染色体显性遗传性脑动脉病(CADASIL）是一种很罕见的疾病，相信很多人光是看到名字就一头雾水吧，但其实这是一种成年发病的遗传性脑小血管病，医学家Sourander等人于1977年首先报道了该病的临床特征：通常于中年起病，临床表现为偏头痛、反复发作性脑梗死、