甲基化专题

易基因：NSUN2/YBX1介导m5C甲基化增强HGH1 mRNA稳定性以促进肿瘤进展 | 科研速递

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 RNA m5C甲基化已被证明广泛参与肿瘤的发生和发展。作为主要的m5C甲基转移酶，NSUN2在多种肿瘤类型中发挥着关键的调控作用。但NSUN2介导的m5C修饰对乳腺癌（BC）的具体作用仍不清楚。郑州大学第一附属医院/河南省精准临床药学重点实验室阚全程、田鑫团队和中国科学院大学杨运桂合作阐明NSUN2如何通过m5C修饰调控靶基因H

易基因：人类精子发生过程中的全基因组DNA甲基化水平变化｜研究速递

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。精子发生和精子功能需要在生殖细胞系中正确建立DNA甲基化模式。德国明斯特大学生殖与再生生物学研究所生殖医学中心Sandra Laurentino团队分析了人类精子发生（spermatogenesis）过程中的全基因组DNA甲基化变化以及在精子发生障碍时的变化。分析结果表明精子发生与甲基化重塑有关，包括初级精母细胞中DNA甲基化的

文章分享：《肿瘤DNA甲基化标志物检测及临床应用专家共识（2024版）》

本文摘自于《肿瘤DNA甲基化标志物检测及临床应用专家共识（2024版）》目录 1. DNA甲基化标志物概述 2 DNA甲基化标志物的临床检测 2.1 临床样本前处理注意事项 2.2 DNA甲基化标志物检测技术方法 2.2.1 DNA提取与纯化 2.2.2 DNA转化 2.2.3 DNA 甲基化检测平台 3 DNA甲基化标志物用于肿瘤筛查 3.1 DNA

易基因：NSUN2介导的m5C RNA甲基化在视网膜母细胞瘤进展中的重要作用 | 科研速递

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。视网膜母细胞瘤（retinoblastoma, RB）是儿童期最常见的眼内恶性肿瘤，可导致失明甚至死亡。RB1缺失（＞90%）和MYCN扩增（～10%）被认为是致癌驱动事件，导致细胞周期更新增强和癌基因激活。最近的研究表明，表观遗传缺陷也参与RB肿瘤进展。NSUN2介导的N5-甲基胞嘧啶（m5C）修饰通过激活癌基因或抑制肿瘤抑制因子

易基因：基于亚硫酸盐测序的交集时钟揭示人类胚胎发生过程中年轻化事件 | 甲基化年龄

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。最近的研究揭示了小鼠的早期发育过程中的年轻化事件（rejuvenation event）。本文通过检测人类胚胎发生过程中的表观遗传年龄动态变化，分析人类是否也存在类似事件。为此，研究人员开发了一种表观遗传时钟方法——交集时钟（intersection clock），该方法利用亚硫酸盐测序，最大限度利用信息丰富的CpG位点，并确保检测

易基因：NAR：RCMS编辑系统在特定细胞RNA位点的靶向m5C甲基化和去甲基化研究｜项目文章

喜讯！易基因表观转录组学RNA-BS技术服务见刊《核酸研究》大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2024年2月15日，吉林大学张涛、赵飞宇、李金泽为共同第一作者，吉林大学李占军、隋婷婷及赖良学为共同通讯在《Nucleic Acids Research》（NAR/ IF14.9）发表题为“Programmable RNA 5-methylcytosine (m5C)

Enzo Life Sciences/艾美捷 BIOARRAY 5-hmC甲基化试剂盒

5-羟甲基胞嘧啶（5hmC），也称为“第6碱基”，是一种新发现的表观遗传修饰。虽然它最初是在噬菌体中发现的，但它的作用被认为仅限于保护噬菌体基因组免受宿主诱导的限制性内切酶的影响。有趣的是，最近在胚胎干细胞、大脑以及许多其他器官中发现了5-羟甲基胞嘧啶。尽管它的存在已经被证实，但它的生物学作用仍然难以捉摸。有人提出，5-羟甲基胞嘧啶可能在DNA去甲基化（5-甲基胞嘧啶）中发挥作用，或参与另一层基因

基于转录组和DNA甲基化联合分析探究IgE介导的食物过敏的表观学机制

源码下载地址：https://download.csdn.net/download/sheziqiong/88585622 源码下载地址：https://download.csdn.net/download/sheziqiong/88585622 基于转录组和DNA甲基化联合分析探究IgE介导的食物过敏的表观学机制 Exploring the epigenetic mechanism of I

Cell｜易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面！

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。北京时间2023年11月9日，《Cell》期刊以封面文章的形式在线发表了由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心，中国科学院广州生物医药与健康研究院等单位牵头，题为《Live birth of chimeric monkey with high contribution from embr

易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年，易基因参与的DNA甲基化研究成果层出不穷，小编选取其中5篇不同方向的论文与您一起来回顾。 01、易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面（cell / IF 64.5） 02、oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物（Bio

7+m6A+分型+实验，甲基化方向的生信思路，没有思路的同学可参考

今天给同学们分享一篇生信文章“Landscape analysis of m6A modification regulators related biological functions and immune characteristics in myasthenia gravis”，这篇文章发表在J Transl Med期刊上，影响因子为7.4。结果解读： MG相关m6A修饰调控因子的

m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下，由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种，其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1]，

易基因：人早期胚胎发育的表观遗传调控（染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化）｜深度综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解，并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱，激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新想法。本综述讨论了这些对人类早期发育的表观遗传学调控新见解以及这些过程对保护发育的重要性，还强调了

ChAMP甲基化数据分析：从β值矩阵开始

之前的推文详细介绍了ChMAP包从IDAT文件开始的甲基化数据分析流程，今天说一下从β矩阵开始的分析流程。 16.ChAMP分析甲基化数据：标准流程数据准备还是用GSE149282这个数据。 suppressMessages(library(GEOquery)) 首先获取GSE149282这个数据的β矩阵文件，可以通过getGEO()函数下载，但是由于网络原因经常下载失败，所以我直

ChAMP分析TCGA结直肠癌甲基化数据实战

前面用几篇推文详细介绍了ChAMP包用于甲基化分析的流程，并使用肠癌领域的GSE149282进行了演示。 16.ChAMP分析甲基化数据：标准流程 17.ChAMP分析甲基化数据：从β值矩阵开始的流程下面我们用TCGA-COAD和TCGA-READ的甲基化数据再做一次演示，从IDAT文件开始。有了这个结果之后，你就可以去做各种联合分析~ 太长不看版下面的步骤都是在服务器上做的，因

R: 使用CHAMP包进行甲基化数据的差异分析(QC, CNV, DMP, DMR等)

CHAMP: 甲基化数据的差异分析本文介绍如何使用CHAMP包对自己的甲基化数据进行分析(QC, CNV, DMP, DMR等) 包的安装 setwd('E:/wu/R')#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")##if faild, try the fo

ChAMP 分析甲基化芯片数据-差异分析下篇

对于甲基化芯片的差异分析，除了有探针水平的差异分析，还有差异甲基化区域DMR分析。差异甲基化区域的示意图如下：该图片来自Bumphunter的文献，图中绿色矩形代表的就是一个差异甲基化区域。 A 图代表的是甲基化位点的在cancer和normal 两个group的分布, 每组包含8个生物学重复；B 图代表的是DMR 检测的原理，在正负0.1的两条红线是自定义的差异阈值，而黑色的线是根据Cp

易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育暴露于内分泌干扰化学物质（endocrine-disrupting chemical，EDC）如己

易基因｜3文聚焦：DNA甲基化在动物育种中的作用研究成果（家蚕+绵羊+肉鸡）

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。多项研究表明，DNA甲基化对动物的生长发育、疾病抗性、繁殖性能起到了重要的调控作用。近年来，DNA甲基化在动物育种领域的研究进展极为迅速。本期我们对3篇DNA甲基化在家蚕、羊和鸡等动物育种领域的研究成果进行解读，并对DNA甲基化在动物育种中的作用研究套路进行总结，一起看看吧。家蚕育种标题：Comparat

学科前沿：侵袭性PDAC重复元件的低甲基化和与导管细胞连锁的IFN程序执行｜文献科普

易点评胰腺导管腺癌(PDAC)具有广泛的促结缔组织增生，这一特征为肿瘤标本的分子分析加大了难度。在这篇文章中作者采用了流式细胞仪(FACS)纯化了人PDAC和正常胰腺的上皮细胞，并获得了全基因组的转录组和DNA甲基化结果。通过对DNA甲基化进行聚类分析，鉴定出了两种PDAC亚型，这两种亚型在编码重复元件的区域显示出不同的甲基化模式。甲基化低/IFNsignhigh和甲基化高/IFNsignlow

易基因：cfDNA甲基化诊断和监测肿瘤的研究进展与展望：胰腺癌｜深度综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。胰腺癌因其病死率高而成为目前最具挑战性的恶性肿瘤之一。考虑到目前的治疗方案诊断较晚，生存获益有限，优化早期检测、预后和治疗反应预测势在必行。近年来大量研究以开发基于液体活检的胰腺癌生物标志物。越来越多研究指出，细胞游离DNA (cfDNA)甲基化分析是一种有前景的非侵入性方法，可用于发现和验证具有诊断或预后潜力的表观遗传生物标志物。

围产期的早产儿的肠道基因标记的甲基化改变

marked methylation changes in intestinal genes during the perinatal period of preterm neonates http://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-15-716 摘要关键词研究背景研究结果总结参考文献

易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组

1、原核甲基化原核生物中的DNA甲基化原核生物甲基化为什么基于三代测序？第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不同的细菌和其他原核生物，例如古细菌等研究发现，超过90％的原核生物

易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组

1、原核甲基化原核生物中的DNA甲基化原核生物甲基化为什么基于三代测序？第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不同的细菌和其他原核生物，例如古细菌等研究发现，超过90％的原核生物

端粒/端粒酶生信切入点，6+端粒酶+泛癌+甲基化+实验。

今天给同学们分享一篇端粒酶+泛癌+甲基化+实验的生信文章“Genomic, epigenomic, and transcriptomic signatures for telomerase complex components: a pan‐cancer analysis”，这篇文章于2022年10月31日发表在Mol Oncol期刊上，影响因子为6.6。激活端粒酶是恶性转化所必需