基于转录组和DNA甲基化联合分析探究IgE介导的食物过敏的表观学机制

本文主要是介绍基于转录组和DNA甲基化联合分析探究IgE介导的食物过敏的表观学机制,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

源码下载地址:https://download.csdn.net/download/sheziqiong/88585622
源码下载地址:https://download.csdn.net/download/sheziqiong/88585622

基于转录组和DNA甲基化联合分析探究IgE介导的食物过敏的表观学机制

Exploring the epigenetic mechanism of IgE mediated food allergy based on the joint analysis of transcriptome and DNA methylation

选题背景

  1. 什么是食物过敏?

我们身体内的免疫球蛋白Ig(称为抗体),是由我们免疫系统制造的蛋白质,用于对抗诸如细菌、病毒和毒素等外来入侵的异物(医学术语称为“抗原”)。抗体是自身免疫系统中产生的,免疫系统对身体接触到的抗原会做出相应反应,如针对病毒细胞和细菌这些“入侵者”进行对抗。
但我们的抗体也可能对异物做出过度反应,包括对花粉、灰尘、皮屑(吸入类)和食物(食入类)发生过度反应,这就是过敏。

  1. 食物过敏在中国的现状;

我们身体内的免疫球蛋白Ig(称为抗体),是由我们免疫系统制造的蛋白质,用于对抗诸如细菌、病毒和毒素等外来入侵的异物(医学术语称为“抗原”)。抗体是自身免疫系统中产生的,免疫系统对身体接触到的抗原会做出相应反应,如针对病毒细胞和细菌这些“入侵者”进行对抗。
但我们的抗体也可能对异物做出过度反应,包括对花粉、灰尘、皮屑(吸入类)和食物(食入类)发生过度反应,这就是过敏。

  1. IgE介导的食物过敏与非IgE介导的食物过敏的区别;

IgE介导的食物过敏,是对进入体内的抗原(就是“过敏原”)的速发反应。例如有些人对鸡蛋过敏,他们吃了鸡蛋后,其免疫系统的一部分白细胞(B细胞)会产生IgE抗体与鸡蛋结合,因为此刻他们身体将鸡蛋视为毒素,而不是食物。在第一次暴露于这种过敏原后,IgE抗体附着在肥大细胞上停留。当对鸡蛋过敏的人再一次食用鸡蛋时,IgE抗体会使肥大细胞释放组胺和其他化合物,从而引起炎症、瘙痒等症状。只要不停止食用过敏的食物,IgE介导的食物过敏症状通常不会消失,但或许随着时间的推移,且个人健康状况的改善,则患者症状可能会减轻(产生耐受)。

研究方法

在这里插入图片描述

目标物种:人类(Homo sapiens)

组织:CD4+T细胞

生理状态:

  • 无食物过敏(NA,non-food allregy)
  • 仅花生单一食物过敏(SA,single food allergy)
  • 多种食物过敏(MA,mulit food allergy)

数据集

  • GSE189148 :甲基化数据集
  • GSE189149 :RNAseq数据集

方法:

  1. 差异甲基化分析

  2. 差异基因分析

  3. 通路富集分析

结果与总结

通过差异基因分析,共得到1862个差异表达基因(DEGs)

针对GSE189148数据集,通过差异甲基化分析,最终鉴定了36277个差异甲基化位点(DMPs),并且注释得到13058个具有甲基化异常修饰的基因。

将上述两者取交集,得到1224个具有异常甲基化修饰的差异表达基因

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

对具有异常甲基化修饰的差异表达基因通过功能富集,通过选定阈值(P-Value<0.05,q-Value<0.2)作为显著性指标,共有4条KEGG通路(图 A)和133条go通路被富集(图 B)。

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

ICOSLG位于细胞质核糖核蛋白颗粒和质膜中。能够实现相同的蛋白质结合活性。预测参与T细胞受体信号通路和白细胞介素-4(IL-4)产生的正调控。而白细胞介素-4在过敏原特异性免疫球蛋白(Ig)E的产生中起着至关重要的作用,这恰恰验证了本次实验对由IgE介导的食物过敏数据分析在ICOSLG上的准确性。

CD4是一种编码蛋白质的基因,编码的是T淋巴细胞的CD4膜糖蛋白,它在免疫反应中起重要作用,并在针对外部和内部攻击的反应中发挥多种功能。该基因不仅在T淋巴细胞中表达,而且在B细胞,巨噬细胞,粒细胞以及大脑的各个区域中表达。该蛋白的功能是启动或增强T细胞活化的早期阶段,并可能作为中枢神经系统感染性和免疫介导性疾病中间接神经元损伤的重要介质。因此。由IgE介导的食物过敏在CD4中表现出来显著差异符合逻辑。

在本次富集结果中,参考MalaCards数据库的通路,在食物过敏中起到作用的T cell activation被富集出来。除此之外,T cell receptor signaling pathway,regulation of T cell activation,T cell differentiation,T cell receptor signaling pathway等与T细胞免疫相关的通路也被富集出来。这说明免疫调控机制在食物过敏中起到重要作用,这和已知的结论一致。

展望

•本次通过对IgE介导的食物过敏数据进行分析,验证了表观遗传因素确实会对食物过敏造成影响。因此对食物过敏表观遗传机制的研究有助于减轻由IgE介导的食物过敏对人体造成的影响。

•但是,由IgE介导的食物过敏,仅仅是食物不良反应的一部分,还有非 IgE 介导的食物过敏和食物不耐受(food intolerance , FI)。

•遗传因素仅仅是影响食物过敏的其中一个因素。这是本次研究的局限性,未来对食物过敏的研究不能仅仅停留在表观遗传方面,环境和炎症等因素也应该纳入与食物过敏表型之间的关联。

•愿我对食物过敏的研究,能为化解人们“舌尖上的危险”尽一份绵薄之力。

外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传

致谢

感谢所有教授我知识的教师们,是你们平时的敦敦教诲,才给了我完成这篇论文的信心和能力。老师们表现出来的严谨而又幽默的教学风格和强大而又渊博的学术知识都将使我一身受用,这也是我在今后学习和工作中所要继续努力的方向。

本论文的完成并非终点,路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。

补充

为什么选用CD4+T细胞

CD4+T细胞是参与人体免疫的一种重要的免疫细胞[6],通过T细胞受体对CD4+T细胞的激活会能增加 IL-2 的产生,加速T细胞增殖,阻止细胞进入无反应状态或死亡。但有研究表明,与解决食物过敏的儿童相比,未解决食物过敏的儿童会表现出T细胞激活基因的表观遗传破坏的累积性增加和较差的淋巴增殖反应[7]。因此,本研究通过对激活的CD4+T细胞的甲基化数据分析,来寻找调控食物过敏相关的表观遗传修饰。

其他食物过敏概述

由IgE介导的食物过敏,仅仅是食物不良反应的一部分,还有非 IgE 介导的食物过敏和食物不耐受(food intolerance , FI)

  • 食物不耐受

据分析,来寻找调控食物过敏相关的表观遗传修饰。

其他食物过敏概述

由IgE介导的食物过敏,仅仅是食物不良反应的一部分,还有非 IgE 介导的食物过敏和食物不耐受(food intolerance , FI)

  • 食物不耐受

不涉及免疫系统,是诸多因素造成身体消化食物缺陷,包括酶异常型(如乳糖不耐受)、药理异常型及未确定型。

源码下载地址:https://download.csdn.net/download/sheziqiong/88585622
源码下载地址:https://download.csdn.net/download/sheziqiong/88585622

这篇关于基于转录组和DNA甲基化联合分析探究IgE介导的食物过敏的表观学机制的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/768719

相关文章

C++如何通过Qt反射机制实现数据类序列化

《C++如何通过Qt反射机制实现数据类序列化》在C++工程中经常需要使用数据类,并对数据类进行存储、打印、调试等操作,所以本文就来聊聊C++如何通过Qt反射机制实现数据类序列化吧... 目录设计预期设计思路代码实现使用方法在 C++ 工程中经常需要使用数据类,并对数据类进行存储、打印、调试等操作。由于数据类

Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析

《Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析》:本文主要介绍Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录Java程序进程起来了但是不打印日志的原因1、日志配置问题2、日志文件权限问题3、日志文件路径问题4、程序

Java字符串操作技巧之语法、示例与应用场景分析

《Java字符串操作技巧之语法、示例与应用场景分析》在Java算法题和日常开发中,字符串处理是必备的核心技能,本文全面梳理Java中字符串的常用操作语法,结合代码示例、应用场景和避坑指南,可快速掌握字... 目录引言1. 基础操作1.1 创建字符串1.2 获取长度1.3 访问字符2. 字符串处理2.1 子字

SpringRetry重试机制之@Retryable注解与重试策略详解

《SpringRetry重试机制之@Retryable注解与重试策略详解》本文将详细介绍SpringRetry的重试机制,特别是@Retryable注解的使用及各种重试策略的配置,帮助开发者构建更加健... 目录引言一、SpringRetry基础知识二、启用SpringRetry三、@Retryable注解

SpringKafka错误处理(重试机制与死信队列)

《SpringKafka错误处理(重试机制与死信队列)》SpringKafka提供了全面的错误处理机制,通过灵活的重试策略和死信队列处理,下面就来介绍一下,具有一定的参考价值,感兴趣的可以了解一下... 目录引言一、Spring Kafka错误处理基础二、配置重试机制三、死信队列实现四、特定异常的处理策略五

Python 迭代器和生成器概念及场景分析

《Python迭代器和生成器概念及场景分析》yield是Python中实现惰性计算和协程的核心工具,结合send()、throw()、close()等方法,能够构建高效、灵活的数据流和控制流模型,这... 目录迭代器的介绍自定义迭代器省略的迭代器生产器的介绍yield的普通用法yield的高级用法yidle

C++ Sort函数使用场景分析

《C++Sort函数使用场景分析》sort函数是algorithm库下的一个函数,sort函数是不稳定的,即大小相同的元素在排序后相对顺序可能发生改变,如果某些场景需要保持相同元素间的相对顺序,可使... 目录C++ Sort函数详解一、sort函数调用的两种方式二、sort函数使用场景三、sort函数排序

kotlin中const 和val的区别及使用场景分析

《kotlin中const和val的区别及使用场景分析》在Kotlin中,const和val都是用来声明常量的,但它们的使用场景和功能有所不同,下面给大家介绍kotlin中const和val的区别,... 目录kotlin中const 和val的区别1. val:2. const:二 代码示例1 Java

Go标准库常见错误分析和解决办法

《Go标准库常见错误分析和解决办法》Go语言的标准库为开发者提供了丰富且高效的工具,涵盖了从网络编程到文件操作等各个方面,然而,标准库虽好,使用不当却可能适得其反,正所谓工欲善其事,必先利其器,本文将... 目录1. 使用了错误的time.Duration2. time.After导致的内存泄漏3. jsO

java中反射(Reflection)机制举例详解

《java中反射(Reflection)机制举例详解》Java中的反射机制是指Java程序在运行期间可以获取到一个对象的全部信息,:本文主要介绍java中反射(Reflection)机制的相关资料... 目录一、什么是反射?二、反射的用途三、获取Class对象四、Class类型的对象使用场景1五、Class