blast专题
biostar handbook(七)| BLAST
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast# blast安装perl模块的方法conda isntall perl-digest-md5 BLAST的主要理念 Se
「JCVI教程」如何基于物种的CDS的blast结果绘制点图(dotplot)
这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。 该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程 这一篇文章教大家如何利用JCVI里面的工具绘制点图，展现两个物种之间的共线性关系。 在分析之前，你需要从PhytozomeV11 下载A.thaliana和Alyrata的CDS序列，保证文件夹里有如下内容 Al
Centos6.5系统下本地安装BLAST步骤
1.NCBI上下载BLAST软件安装包： ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz 2.将压缩包放在自己指定的目录下，进行解压缩： tar -zxvf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz 3.解压完成后，配置环境变量： vi /etc/profile 添加内容： export BLAST_HOME=/home
Themis新篇章：老牌衍生品协议登陆Blast L2，探索全新经济模型
本文将深入分析 Themis 的最新经济模型，探讨其核心概念和机制、优势与创新之处、风险与挑战。 一、引言 随着区块链技术的不断发展，DeFi 衍生品项目逐渐成为市场的焦点。而用户体验的革新，进一步的金融创新，去中心化治理方案的优化，新的流动性挖矿和激励机制的实施，使去中心化衍生品交易进入快速发展期。行业的快速发展离不开合适的契机，太早或者太晚都是一种错误！基础
JCVI-筛选blast最佳结果（生物信息学工具-015）
通常，大家会问我们经过了NR注释，SwissProt注释，那么如何进行，如何挑选最佳比对结果？ 同理，存在一个问题，如何挑选最佳的blast比对结果？什么事最优的同源序列？ 唐海宝老师开发的工具jcvi（jcvi.formats.blast）解决了这一问题，基本上jcvi等价于MCscan。 01 安装 普通安装需要安装许多依赖，由于服务器等配置不能轻易修改，所以我们采用最便捷的方
Blast Layer2 集成 Covalent 数据集，以提升以太坊 dApps 拓展能力
Covalent Network（CQT） 作为行业领先的多链索引器，正着手与 Blast 进行一项激动人心的合作。Blast 是一个独特的 Layer2 扩展方案，旨在解决以太坊网络所面临的可扩展性挑战。目前，Covalent Network（CQT） 统一 API 支持超过了超 225 条区块链，并丰富了超过 2.4 亿个钱包的数据，Blast 可以利用这些数据来优化其 Layer2 解决
NFTScan 正式上线 Blast NFTScan 浏览器和 NFT API 数据服务
2024 年 3 月 15 号，NFTScan 团队正式对外发布了 Blast NFTScan 浏览器，将为 Blast 生态的 NFT 开发者和用户提供简洁高效的 NFT 数据搜索查询服务。NFTScan 作为全球领先的 NFT 数据基础设施服务商，Blast 是继 Bitcoin、Ethereum、BNBChain、Polygon、Solana、Arbitrum、Optimism、Aptos
【一起学生信】blast 结果文件处理
本地采用blast比对完成后，会得到一个xml文件，但是xml文件过于复杂，不好处理。我们可以采用biopython将其转换为 blast-tab 文件。 from Bio import SearchIOxml = SearchIO.parse('/your/xml-path/', 'blast-xml')SearchIO.write(xml, '/your/output-path', '
宏基因组学中基于Kraken2、Blast、ViPhOG和VirSorter等工具分析病毒组的详细流程，包括数据预处理、病毒序列检测、分类和功能注释等步骤
宏基因组学中分析病毒组的详细流程，包括数据预处理、病毒序列检测、分类和功能注释等步骤。 示例代码使用了常用的生物信息学工具，如Kraken2、Blast、ViPhOG和VirSorter等。 1. 数据预处理 质量控制： 使用FastQC进行原始测序数据的质量检查，然后使用Trimmomatic或Cutadapt去除低质量 reads 和接头。 步骤： 使用FastQC进行质量
python blast在线比对 每天最多数万条
python blast在线比对、每天可达数万条 背景：在碱基序列，如 TRINITY_DN931509_c0_g1_i1 GCACGTTCTTCTCGATGCTGACGGAGCGAGGCGCGCTGGCGGAGCTGATGGC GGCGCAGCTGGAGCGAGGGCGCACGCCGCGGGTGCGCCGGCGCCGGCCGC GCCCCAGGCCCAGGGCCAGGCCGCGCCC
ubuntu(18.04) 安装 blast 并在php中调用
1、下载 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 2、解压，配置环境变量 tar zvxf ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast 配置环境变量，可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用（本次使用绝对路径） vim ~/.bashrc 将下面添
ubuntu(18.04) 安装 blast
1、下载 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 2、解压，配置环境变量 tar zvxf ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast 配置环境变量，可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用 vim ~/.bashrc 将下面添加道最后, dir
记 ： CTF2023羊城杯 - Reverse 方向 Blast 题目复现and学习记录
文章目录 前言题目分析and复习过程exp 前言 羊城杯题目复现： 第一题 知识点 ：DES算法 ： 链接：Ez加密器 第二题 知识点 ：动态调试 ： 链接：CSGO 这一题的查缺补漏： 虚假控制流的去除（还没学习）； MD5加密算法的原理：链接：MD5加密算法原理 python 字典的使用刚学点 题目分析and复习过程 ida打开，到main函数里面发现都是虚假控
基于V-BLAST的ML检测算法
目录 一、理论基础 二、核心程序 三、测试结果 一、理论基础 MIMO系统(Multiple-Input Multiple-Output)是指在发射端和接收端分别使用多个发射天线和接收天线，使信号通过发射端与接收端的多个天线传送和接收，从而改善通信质量。它能充分利用空间资源，通过多个天线实现多发多收，在不增加频谱资源和天线发射功率的情况下，可以成倍的提高系统信道容量