【一起学生信】blast 结果文件处理

本文主要是介绍【一起学生信】blast 结果文件处理，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

本地采用blast比对完成后，会得到一个xml文件，但是xml文件过于复杂，不好处理。我们可以采用biopython将其转换为 blast-tab 文件。

from Bio import SearchIO
xml = SearchIO.parse('/your/xml-path/', 'blast-xml')
SearchIO.write(xml, '/your/output-path', 'blast-tab')

各列解释

    Members: qid #      Query Idsid  #     Subject Idpident #   Percentage of identical matcheslength #    Alignment lengthmismatch #  Number of mismatchesgaps #      Total number of gapsqstart #   Start of alignment in queryqend  #    End of alignment in querysstart #   Start of alignment in subjectsend   #   End of alignment in subjectevalue #   Expect valuebitscore # Bit score

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