ubuntu(18.04) 安装 blast 并在php中调用

2023-11-03 09:15

本文主要是介绍ubuntu(18.04) 安装 blast 并在php中调用,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

1、下载

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/


2、解压,配置环境变量

tar zvxf ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast

 配置环境变量,可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用(本次使用绝对路径)

vim ~/.bashrc  将下面添加道最后, dir 是解压文件所在的绝对路径,export BLAST_HOME=/dir/blast
export PATH=$PATH:/dir/blast/bin使配置生效source ~/.bashrc测试安装结果blastn -version 如果显示版本信息则说明可正常使用


3、创建数据库


在/dir/blast 下创建文件夹 db/mydb  用来存放不同的数据库

构建数据库:initdb.fasta 是用来构建数据库的源文件


#绝对路径调用,直接使用makeblastdb命令调用可能出现找不到命令的问题,可能是环境变量没有配置好/dir/blast/bin/makeblastdb -in /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -dbtype prot

结果:

4、测试搜索  test.fasta 是测试序列文件

#采用绝对路径调用#结果输出到终端/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6#结果输出到文件/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6 -out /dir/blast/output/test

结果:

5.在php中调用

//通过blast获取targetID,然后通过targetID获取详细信息
$input_sequence = $data_json['sequence'];  // 从用户前端输入的序列
$file_name = uniqid() . ".fasta";
// 创建临时文件
$tempFile = tempnam("/tmp", $file_name);
//将用户输入的文件写入到临时文件,blast的输入条件只找到了文件输入,不知道可不可以其他形式输入
file_put_contents($tempFile, $input_sequence);
// 执行 BLAST 查询
$output = shell_exec("/dir/blast/bin/blastp -query " . $tempFile . " -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6");echo $output;

这篇关于ubuntu(18.04) 安装 blast 并在php中调用的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/337155

相关文章

Linux系统中卸载与安装JDK的详细教程

《Linux系统中卸载与安装JDK的详细教程》本文详细介绍了如何在Linux系统中通过Xshell和Xftp工具连接与传输文件,然后进行JDK的安装与卸载,安装步骤包括连接Linux、传输JDK安装包... 目录1、卸载1.1 linux删除自带的JDK1.2 Linux上卸载自己安装的JDK2、安装2.1

Linux卸载自带jdk并安装新jdk版本的图文教程

《Linux卸载自带jdk并安装新jdk版本的图文教程》在Linux系统中,有时需要卸载预装的OpenJDK并安装特定版本的JDK,例如JDK1.8,所以本文给大家详细介绍了Linux卸载自带jdk并... 目录Ⅰ、卸载自带jdkⅡ、安装新版jdkⅠ、卸载自带jdk1、输入命令查看旧jdkrpm -qa

MySQL Workbench 安装教程(保姆级)

《MySQLWorkbench安装教程(保姆级)》MySQLWorkbench是一款强大的数据库设计和管理工具,本文主要介绍了MySQLWorkbench安装教程,文中通过图文介绍的非常详细,对大... 目录前言:详细步骤:一、检查安装的数据库版本二、在官网下载对应的mysql Workbench版本,要是

新特性抢先看! Ubuntu 25.04 Beta 发布:Linux 6.14 内核

《新特性抢先看!Ubuntu25.04Beta发布:Linux6.14内核》Canonical公司近日发布了Ubuntu25.04Beta版,这一版本被赋予了一个活泼的代号——“Plu... Canonical 昨日(3 月 27 日)放出了 Beta 版 Ubuntu 25.04 系统镜像,代号“Pluc

在C#中调用Python代码的两种实现方式

《在C#中调用Python代码的两种实现方式》:本文主要介绍在C#中调用Python代码的两种实现方式,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录C#调用python代码的方式1. 使用 Python.NET2. 使用外部进程调用 Python 脚本总结C#调

Linux安装MySQL的教程

《Linux安装MySQL的教程》:本文主要介绍Linux安装MySQL的教程,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录linux安装mysql1.Mysql官网2.我的存放路径3.解压mysql文件到当前目录4.重命名一下5.创建mysql用户组和用户并修

pip无法安装osgeo失败的问题解决

《pip无法安装osgeo失败的问题解决》本文主要介绍了pip无法安装osgeo失败的问题解决,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一... 进入官方提供的扩展包下载网站寻找版本适配的whl文件注意:要选择cp(python版本)和你py

SpringCloud之LoadBalancer负载均衡服务调用过程

《SpringCloud之LoadBalancer负载均衡服务调用过程》:本文主要介绍SpringCloud之LoadBalancer负载均衡服务调用过程,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,... 目录前言一、LoadBalancer是什么?二、使用步骤1、启动consul2、客户端加入依赖3、以服务

Android App安装列表获取方法(实践方案)

《AndroidApp安装列表获取方法(实践方案)》文章介绍了Android11及以上版本获取应用列表的方案调整,包括权限配置、白名单配置和action配置三种方式,并提供了相应的Java和Kotl... 目录前言实现方案         方案概述一、 androidManifest 三种配置方式

Vue 调用摄像头扫描条码功能实现代码

《Vue调用摄像头扫描条码功能实现代码》本文介绍了如何使用Vue.js和jsQR库来实现调用摄像头并扫描条码的功能,通过安装依赖、获取摄像头视频流、解析条码等步骤,实现了从开始扫描到停止扫描的完整流... 目录实现步骤:代码实现1. 安装依赖2. vue 页面代码功能说明注意事项以下是一个基于 Vue.js