生信技能57 - Samtools获取指定外显子区域depth和提取BAM文件序列

本文主要是介绍生信技能57 - Samtools获取指定外显子区域depth和提取BAM文件序列，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

1. Samtools depth

根据指定bed文件，获取指定区域的覆盖度信息。

# 提取IDT xGen V1 HBA1 exon bed
cat xgen-exome-hyb-panel-v1-targets-hg19.bed|grep -w HBA1 > hba.exon.bed# 提取HBA1 外显子的覆盖度
# -b: 提取depth的bed文件
samtools depth -b hba.exon.bed sample.sorted.bam  > hba.exon.depth

2. Samtools fastq

提取BAM文件序列，并转换为fastq格式。

# 仅包含FLAG十进制数相同的所有reads
# -f: only include reads with all  of the FLAGs in INT present# 仅包含FLAG十进制数不相同的reads
# -F： only include reads with 

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