1. Samtools depth 根据指定bed文件，获取指定区域的覆盖度信息。 # 提取IDT xGen V1 HBA1 exon bedcat xgen-exome-hyb-panel-v1-targets-hg19.bed|grep -w HBA1 > hba.exon.bed# 提取HBA1 外显子的覆盖度# -b: 提取depth的bed文件samtools depth -b

介绍 SAM（sequence Alignment/mapping) 数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式转换 BAM 与 SAM 格式比对文件排序，建立fastq索引 安装 conda install -y samtools 这里需要安装Conda (这是一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解 使用

用conda安装bwa、samtools和tophat2 bwa $ conda install bwa samtools $ conda install samtools tophat2 安装 wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz 解压 tar -zxvf

sambamba — samtools 的高效平替工具 sambamba 是一个 BAM 文件处理工具。 sambamba 它使用了 D 语言的多线程和异步 IO 特性，实现了高效的并行化处理。sambamba 可以在多核 CPU 上同时运行多个任务，利用硬盘和内存的带宽，提高了处理速度。sambamba 还使用了一些优化算法和数据结构，比如快速排序，哈希表，位图等，减少了内存占用和磁

文章目录 下载安装测试数据命令详解dictfaidxindexreheaderrmdupcatmergempileup查看参数mpileup生成的结果有参考序列的pileup使用生成一个简单的vcf文件 sort查看用法主要参数释义： splitfastqfastabedcovdepthflagstatidxstatsstatsflagstviewviewbam文件转换为sam文件sam文件

samtools是ngs分析流程中常用的工具，其主要依赖于zlib，gcc，g++ 和clang，所以直接在windows运用不太可能。那么在类UNIX环境下能不能装好并运行呢。 这里用了Cygwin来进行安装。 Cygwin 安装 Cygwin安装教程【超详细】 samtools samtools 和 bcftools 都是依赖于htslib, 先看下htslib的依赖。 由于Cygwin 安

计算contigs和genes相对丰度可以提供有关微生物群落结构和功能的信息。以下是计算这两个指标的意义： 1. Contigs的相对丰度：contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列，通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。这可以帮助研究者理解微生物群落的物种组成和群落结构。 2. Genes的相对丰度：基因是生物体内功能的基本单位，通过计算基因的相对丰度

文章目录 一些重要的概念首先是关于模板和read的概念然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念Phred scale1-base和0-base文件 bam文件的headerbam文件的主要内容 本文主要记录了阅读http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf 时学习到的一些内