samtools能在windows运行吗?

2023-12-30 11:32
文章标签 windows 运行 samtools

本文主要是介绍samtools能在windows运行吗?,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

samtools是ngs分析流程中常用的工具,其主要依赖于zlib,gcc,g++ 和clang,所以直接在windows运用不太可能。那么在类UNIX环境下能不能装好并运行呢。
这里用了Cygwin来进行安装。
Cygwin 安装 Cygwin安装教程【超详细】
samtools
samtools 和 bcftools 都是依赖于htslib, 先看下htslib的依赖。
htslib requires
由于Cygwin 安装时只有基本的命令,其他工具都是选装的,因此还要装 gcc-g++, gcc-core,make, perl,zlib,libbz-devel, liblzma-devel,autoconf。

下载好samtools或bcftools后解压。
打开Cygwin64 Terminal,进入到samtools 对应文件夹, 安装官方给的命令运行。

### samtools 文件夹
cd D:samtools-1.14
./configure#配置文件
make
make install

如果有报错看看到底时缺了哪个包,在Cygwin 安上就好了。
把安装目录写到环境目录里去。在Cygwin64目录下找到home/user/.bash_profile,在末位加上PATH=/where/to/install/bin:$PATH
用samtools --help看下成功没有
samtools
构建个引索看看是不是真的可以
index
确实成功了。我看到目录有exe文件,那么再看看powshell能不能调用
powershell
powershell调用不了,这说明samtools只能再Cygwin 的终端运行了,但总归还是能用。
一个小测试,用Cygwin的方法总比装子系统,虚拟机,双系统啥的简单。

这篇关于samtools能在windows运行吗?的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/552695

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