samtools及bam文件的相关知识

2023-10-07 12:50
文章标签 知识 相关 samtools bam

本文主要是介绍samtools及bam文件的相关知识,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

文章目录

  • 一些重要的概念
    • 首先是关于模板和read的概念
    • 然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念
    • Phred scale
    • 1-base和0-base文件
  • bam文件的header
  • bam文件的主要内容

本文主要记录了阅读http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf 时学习到的一些内容
主要包括bam文件的一些格式及序列比对的一些基础知识

一些重要的概念

首先是关于模板和read的概念

在这里插入图片描述

然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念

在这里插入图片描述
​​​​这里的一点感悟是线性比对和嵌合比对,实际上,一条read的比对情况有时候会

这篇关于samtools及bam文件的相关知识的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/157872

相关文章

JavaScript Array.from及其相关用法详解(示例演示)

《JavaScriptArray.from及其相关用法详解(示例演示)》Array.from方法是ES6引入的一个静态方法,用于从类数组对象或可迭代对象创建一个新的数组实例,本文将详细介绍Array... 目录一、Array.from 方法概述1. 方法介绍2. 示例演示二、结合实际场景的使用1. 初始化二

国内环境搭建私有知识问答库踩坑记录(ollama+deepseek+ragflow)

《国内环境搭建私有知识问答库踩坑记录(ollama+deepseek+ragflow)》本文给大家利用deepseek模型搭建私有知识问答库的详细步骤和遇到的问题及解决办法,感兴趣的朋友一起看看吧... 目录1. 第1步大家在安装完ollama后,需要到系统环境变量中添加两个变量2. 第3步 “在cmd中

Redis的Zset类型及相关命令详细讲解

《Redis的Zset类型及相关命令详细讲解》:本文主要介绍Redis的Zset类型及相关命令的相关资料,有序集合Zset是一种Redis数据结构,它类似于集合Set,但每个元素都有一个关联的分数... 目录Zset简介ZADDZCARDZCOUNTZRANGEZREVRANGEZRANGEBYSCOREZ

Linux使用fdisk进行磁盘的相关操作

《Linux使用fdisk进行磁盘的相关操作》fdisk命令是Linux中用于管理磁盘分区的强大文本实用程序,这篇文章主要为大家详细介绍了如何使用fdisk进行磁盘的相关操作,需要的可以了解下... 目录简介基本语法示例用法列出所有分区查看指定磁盘的区分管理指定的磁盘进入交互式模式创建一个新的分区删除一个存

关于Maven生命周期相关命令演示

《关于Maven生命周期相关命令演示》Maven的生命周期分为Clean、Default和Site三个主要阶段,每个阶段包含多个关键步骤,如清理、编译、测试、打包等,通过执行相应的Maven命令,可以... 目录1. Maven 生命周期概述1.1 Clean Lifecycle1.2 Default Li

numpy求解线性代数相关问题

《numpy求解线性代数相关问题》本文主要介绍了numpy求解线性代数相关问题,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧... 在numpy中有numpy.array类型和numpy.mat类型,前者是数组类型,后者是矩阵类型。数组

Redis的Hash类型及相关命令小结

《Redis的Hash类型及相关命令小结》edisHash是一种数据结构,用于存储字段和值的映射关系,本文就来介绍一下Redis的Hash类型及相关命令小结,具有一定的参考价值,感兴趣的可以了解一下... 目录HSETHGETHEXISTSHDELHKEYSHVALSHGETALLHMGETHLENHSET

python中的与时间相关的模块应用场景分析

《python中的与时间相关的模块应用场景分析》本文介绍了Python中与时间相关的几个重要模块:`time`、`datetime`、`calendar`、`timeit`、`pytz`和`dateu... 目录1. time 模块2. datetime 模块3. calendar 模块4. timeit

Java架构师知识体认识

源码分析 常用设计模式 Proxy代理模式Factory工厂模式Singleton单例模式Delegate委派模式Strategy策略模式Prototype原型模式Template模板模式 Spring5 beans 接口实例化代理Bean操作 Context Ioc容器设计原理及高级特性Aop设计原理Factorybean与Beanfactory Transaction 声明式事物

sqlite3 相关知识

WAL 模式 VS 回滚模式 特性WAL 模式回滚模式(Rollback Journal)定义使用写前日志来记录变更。使用回滚日志来记录事务的所有修改。特点更高的并发性和性能;支持多读者和单写者。支持安全的事务回滚,但并发性较低。性能写入性能更好,尤其是读多写少的场景。写操作会造成较大的性能开销,尤其是在事务开始时。写入流程数据首先写入 WAL 文件,然后才从 WAL 刷新到主数据库。数据在开始