samtools及bam文件的相关知识

2023-10-07 12:50
文章标签 知识 相关 samtools bam

本文主要是介绍samtools及bam文件的相关知识,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

文章目录

  • 一些重要的概念
    • 首先是关于模板和read的概念
    • 然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念
    • Phred scale
    • 1-base和0-base文件
  • bam文件的header
  • bam文件的主要内容

本文主要记录了阅读http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf 时学习到的一些内容
主要包括bam文件的一些格式及序列比对的一些基础知识

一些重要的概念

首先是关于模板和read的概念

在这里插入图片描述

然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念

在这里插入图片描述
​​​​这里的一点感悟是线性比对和嵌合比对,实际上,一条read的比对情况有时候会

这篇关于samtools及bam文件的相关知识的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



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