samtools及bam文件的相关知识

2023-10-07 12:50

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本文主要是介绍samtools及bam文件的相关知识，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

文章目录

一些重要的概念
- 首先是关于模板和read的概念
- 然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念
- Phred scale
- 1-base和0-base文件
bam文件的header
bam文件的主要内容

本文主要记录了阅读http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf 时学习到的一些内容
主要包括bam文件的一些格式及序列比对的一些基础知识

一些重要的概念

首先是关于模板和read的概念

在这里插入图片描述

然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念

在这里插入图片描述
这里的一点感悟是线性比对和嵌合比对，实际上，一条read的比对情况有时候会

这篇关于samtools及bam文件的相关知识的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！

http://www.chinasem.cn/article/157872。 23002807@qq.com

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首先是关于模板和read的概念

然后是线性比对(linear alignment)和嵌合比对(chimeric alignment)的概念

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