染色体专题
Tom教授 染色体位置 念法 Java
问题描述 Tom教授正在给研究生讲授一门关于基因的课程，有一件事情让他颇为头疼：一条染色体上有成千上万个碱基对，它们从0开始编号，到几百万，几千万，甚至上亿。 比如说，在对学生讲解第1234567009号位置上的碱基时，光看着数字是很难准确的念出来的。 所以，他迫切地需要一个系统，然后当他输入12 3456 7009时，会给出相应的念法： 十二亿三千四百五十六万七千零九
破布叶（Microcos paniculata）单倍型染色体级别基因组-文献精读22
Haplotype-resolved chromosomal-level genome assembly of Buzhaye (Microcos paniculata) 破布叶、布渣叶（Microcos paniculata）单倍型解析染色体级别基因组组装 摘要 布渣叶（Microcos paniculata）是一种传统上用作民间药物和制作草药茶的灌木。之前对该物种的研究主要集中在其化
inferCNV：scRNA-seq数据推断染色体拷贝数变化
inferCNV分析简介 inferCNV用于探索肿瘤单细胞RNA-Seq 数据，以确定体细胞大规模染色体拷贝数改变的证据，例如整个染色体或大片段染色体的增益或缺失。这是通过与一组参考“正常”细胞（这里的正常细胞可自行定义）进行比较，探索肿瘤基因组各部位基因的表达强度来完成的。热图展示每个染色体的相对表达强度，并且与“正常”细胞相比，肿瘤基因组的哪些区域过表达或降低（异常）。 同时我们需要了解
通过matlab对比遗传算法优化前后染色体的变化情况
目录 1.程序功能描述 2.测试软件版本以及运行结果展示 3.核心程序 4.本算法原理 5.完整程序 1.程序功能描述 通过matlab对比遗传算法优化前后染色体的变化情况. 2.测试软件版本以及运行结果展示 MATLAB2022A版本运行 3.核心程序 .....................................................
【收藏】决定智商的X染色体
据说决定智商的八对基因全部都是位于X染色体上面。 男性是XY， X是来自母亲， Y是来自父亲。 所以男生的智商全部都是来自母亲的遗传。 女性是XX，所以女生的智商是父亲跟母亲各有一半影响。 因为女性的智商是父亲母亲都有影响，所以会有中和的效应—— 女性智商的分布会呈现自然分布(normal distribution)，就是倒钟状，中间最多，两边较少。 然后男生
教授专栏69 | 储棂椤:有丝分裂染色体形态发生的新机制
储棂椤教授简介 储棂椤教授，香港科技大学(广州)生命科学与生物医院工程学域助理教授，本科毕业于合肥工业大学生物工程专业，于中国科学技术大学获得细胞生物学博士学位后，进入哈佛大学分子与细胞生物学系从事博士后研究，继而被聘为哈佛大学助理研究员并从事哺乳动物细胞染色体的生物物理学研究。储教授通过高时空分辨率活体成像，结合Crispr/Cas9基因编辑、PROTAC、光遗传学、图像识别、机器学习和3
如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息
如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息 vcftools --gzvcf input.vcf --chr n --recode – recode-INFO-all --stdout | gzip -c > output.vcf.gz 说明： –gzvcf：处理压缩格式的vcf文件（可替换为–vcf） –chr n：选择染色体n，例：–chr 1 –recode：重新编码为vcf文
生信技能36 - 获取染色体短臂、长臂和跨短臂长臂的全部区带列表
如何获取CNV开始位置和结束位置所在的染色体区带，可以参考以下本人文章，本程序涉及的cytoBand.txt与上述文章中cytoBand.txt一致。 生信技能30 - 获取CNV开始位置和结束位置所在的染色体区带 人类染色体的区带命名可以参考以下文章： 人类染色体命名的国际规则 (ISCN) 主程序方法（python） 如输入region = ‘p15.32->p15.2’， 可以输出区域
Linux shell 提取wig文件中指定染色体的数据
wig数据通常如下图所示： UCSC对wig格式的解释链接：https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html 以19号染色体为例，提取wig文件中19号染色体的数据： cat brain_1_methy.wig | sed -n '/^variableStep chrom=chr19/,/^variableStep chrom=chr
染色体外环状DNA：肿瘤研究新方向
染色体外环状DNA（ecDNA）是癌症中活化原癌基因扩增的主要方式。区别于常染色体，这类生物大分子主要以环状的形式存在于细胞核当中，长度分布在103-106数量级，无中心粒。ecDNA序列中包含一个或者多个基因与调控元件，结构开放，转录活性强，相比于在棒状染色体结构基因，ecDNA的生物功能活性更强。癌症中，成环的基因区域拷贝数往往增高，而超过一半的高拷贝数事件是ecDNA驱动生成。 &nb
Basset：CNN学习新的染色体开放位点
尝试着将神经网络的元件与生物学意义联系起来。大胆假设，小心求证！ PMC | Genome Res. | GitHub 下载 从ENCODE Project Consortium下载125种细胞类型的数据。从Roadmap Epigenomics Consortium下载39种细胞类型的数据。数据形式为DNase-seq的peak信息，保存在BED格式的文件中。使用未去重叠（overlap）的
