本文主要是介绍生信技能36 - 获取染色体短臂、长臂和跨短臂长臂的全部区带列表,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
如何获取CNV开始位置和结束位置所在的染色体区带,可以参考以下本人文章,本程序涉及的cytoBand.txt与上述文章中cytoBand.txt一致。
生信技能30 - 获取CNV开始位置和结束位置所在的染色体区带
人类染色体的区带命名可以参考以下文章:
人类染色体命名的国际规则 (ISCN)
主程序方法(python)
如输入region = ‘p15.32->p15.2’, 可以输出区域内染色体上全部区带的名称,列表形式返回; 输入chrom = ‘chr1’, 可以返回1号染色体上全部区带的名称,同样以列表形式返回。
# 根据染色体编号和染色体区带获取全部区带列表
def getAllCytoBand(chrom: str, region: str
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