#include <iostream>#include <fstream>#include <string>#include <vector>using namespace std;// 读取FASTA格式数据并存储到字符串向量中void readFasta(const string& filename, vector<string>& sequences, vector<strin

一、需要实现的程序内容及输出： 对于输入的fasta序列，编写程序查找里面N的起始，终止位置等信息，如下面的染色体test.fa序列为例： >1 dna_sm:chromosome chromosome:UMD3.1:1:1:158337067:1 REF aaattagacactgaagagacttggaaagagaggaagtcaaataacaaagaagaggaaacc aaaagggc

从基因组获取fasta文件并计算Nx0脚本 import sysfrom Bio import SeqIO from Bio.SeqRecord import SeqRecordfrom Bio.Seq import Seqimport re #正则表达式 我们先导入模块，sys将参数提取到脚本外，实现把路径跟在脚本后面直接跑即可。SeqIO是Bio里面的子包，用于序列信息提取,re

fasta序列格式是blast组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用fasta序列格式，所以首先对fasta格式在做详细说明。 下面是一个来源于NCBI的fasta格式序列： >gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNAAAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATATTT

第一步 从genome数据库中下载对应信息 打开NCBI，进入genome数据库从Custom resources下进入Microbes，再进入Browse microbial genomes输入需要的物种，可以进一步筛选（filter），然后download 第二步 提取csv结果文件中的biosmple列的biosample号和replicon列的chromesome号 replicon

本文基于davis数据集进行操作2021SC@SDUSC 首先最直接的方式是学习一下别人的项目中是如何处理数据的 在项目代码中，指定了一个ParamList的字典用键值对的方式存储配置信息 下图为所选的数据集ESOL_SMILESValue.txt的结构，每一行数据逗号左侧为分子SMILES序列，右侧为该分子对应的label 下一步就是把刚刚的ParamList（此次已封装到opt里），

Perl脚本练习 bioperl读入写出fasta 要求 根据序列ID，从fasta文件中提取目标序列并输出 数据 序列ID fasta文件 思路 以序列ID为键，构建哈希用bioperl读入fasta，获得序列id如果id存在于哈希中，输出序列 代码 die "perl $0 <id> <fa> <OUT>" unless(@ARGV==3);#$0程序名use Bio::

pdb文件字段说明学习： 1、pymol安装使用 参考：https://blog.csdn.net/eternalapple/article/details/110263296 官网：https://pymol.org/ 安装：1、可以直接conda安装，一条命令conda install -c schrodinger pymol-bundle安装成功后输入pymol即可调出窗口

Perl脚本——stat.pl（统计fasta文件序列长度） 相比Perl语言，现在python用的多。但是perl依旧是生信学习的一门课程，还是有人在写，所以你至少要会读。 #!/use/bin/perl #perl解析器$inputFile = $ARGV[0]; #输入文件:fasta$outputDir = $ARGV[1]; #输出目录if (@ARGV