根据id提取fasta序列

本文主要是介绍根据id提取fasta序列，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

Perl脚本练习

bioperl读入写出fasta

要求

根据序列ID，从fasta文件中提取目标序列并输出

数据

序列ID
fasta文件

思路

1. 以序列ID为键，构建哈希
2. 用bioperl读入fasta，获得序列id
3. 如果id存在于哈希中，输出序列

代码

die "perl $0 <id> <fa> <OUT>" unless(@ARGV==3);
#$0程序名use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(-file=>"$ARGV[1]", -format =>'Fasta');
$out = Bio::SeqIO->new(-file=>"$ARGV[2]", -format=>'Fasta');my %keep=();
open (IN, "$ARGV[0]") or die "$!";
while(<IN>){chomp;next if ($_=~/^#/);$keep{$_}=1;
}
close IN;while(my$seqobj = $in->next_seq()){my($id, $desc) = ($seqobj->id,  $seqobj->desc);if(exists $keep{$id}){$out->wirte_seq($seqobj);}	
}
$in->close();
$out->close();

这篇关于根据id提取fasta序列的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！

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