从NBCI上下载大量细菌的SRA测序文件及其对应的fasta文件

2023-11-21 14:40
文章标签 下载 对应 大量 fasta 测序 sra 细菌 nbci

本文主要是介绍从NBCI上下载大量细菌的SRA测序文件及其对应的fasta文件，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

第一步 从genome数据库中下载对应信息

  1. 打开NCBI，进入genome数据库
  2. 从Custom resources下进入Microbes，再进入Browse microbial genomes
  3. 输入需要的物种，可以进一步筛选（filter），然后download

第二步 提取csv结果文件中的biosmple列的biosample号和replicon列的chromesome号

  1. replicon，有一些是空的，需要筛选；chromesome号有CP、NZ、NC三种，按需提取
  2. 分别将biosample号、chromesome号存为文件
    下载的csv文件筛选页面

第三步 batch entrez下载数据

  1. nucleotide数据库下载chromesome号的文件，已经就是fasta文件了
  2. biosample数据库下载biosample的summary文件；如需更多信息，可以选择full下载样本的所有信息，包括environment等；下图为选择full之后的下载结果，可能存在部分样本不含SRA文件的情况，可以进一步筛选（也可以直接在搜索页面进行筛选）
    在这里插入图片描述
  3. 提取上一步下载的文件的sra号，再去选择sra数据库下载SRA文件

这篇关于从NBCI上下载大量细菌的SRA测序文件及其对应的fasta文件的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！


http://www.chinasem.cn/article/402995。

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