三代ONT测序的fast5和fastq数据中pass、fail和skip三个文件夹含义

牛津纳米孔技术(ONT，Oxford Nanopore Technologies)公司的生产的测序产品从小到大，常用的主要是接512通道芯片的MinION和接3000通道芯片的PromethION两款测序仪。其中两者均可生产包括原始fast5格式数据（包含测序条件等数据）和碱基识别后的fastq格式数据（含质量值的数据）。如图最新一次MinION下机数据，其中电脑驱动软件为MinKNOW(内置Guppy)。

fast5_fail是指碱基识别过程不合格数据对应的fast5原始数据（不满足要求质量值），fast5_pass是指碱基识别过程合格数据对应的fast5原始数据（满足要求质量值），fast5_skip是指未跳过碱基识别的fast5原始数据，fastq_fail是指碱基识别不合格数据，fastq_pass是指碱基识别合格数据。fastq一般会根据mean_qscore_template进行划分，即以每条reads的质量值为标准划分，一般快速模式质量值小于7为fail，质量值大于7为pass；一般高精度模式质量值小于9为fail，质量值大于9为pass。