fast5专题

Guppy从nanopore下机fast5文件中进行basecalling时所需config文件的确定

使用Guppy进行basecalling时需要指定与芯片类型匹配的config文件。所有config文件均在Guppy软件的data文件夹下。如果已知所用芯片型号,则直接选择对应的config即可。若不知道(比如第三方测序的或者其他来源的),可以根据下机报告(一个***Run Report***.html文件)中的“Run configuration”部分查看: 可以看到这批数据用的flow

三代ONT测序的fast5和fastq数据中pass、fail和skip三个文件夹含义

牛津纳米孔技术(ONT,Oxford Nanopore Technologies)公司的生产的测序产品从小到大,常用的主要是接512通道芯片的MinION和接3000通道芯片的PromethION两款测序仪。其中两者均可生产包括原始fast5格式数据(包含测序条件等数据)和碱基识别后的fastq格式数据(含质量值的数据)。如图最新一次MinION下机数据,其中电脑驱动软件为MinKNOW(内置Gu