Guppy从nanopore下机fast5文件中进行basecalling时所需config文件的确定

使用Guppy进行basecalling时需要指定与芯片类型匹配的config文件。所有config文件均在Guppy软件的data文件夹下。如果已知所用芯片型号，则直接选择对应的config即可。若不知道（比如第三方测序的或者其他来源的），可以根据下机报告（一个***Run Report***.html文件）中的“Run configuration”部分查看：

可以看到这批数据用的flow cell type是FLO-MIN106，所用的Kit type是SQK-RNA002。接下来需要查看与之对应的config文件，进入Guppy的bin文件夹，运行（不要复制，手动输入）：

./guppy_basecaller --print_workflows

可以看到：

FLO-MIN106     SQK-RNA001                  rna_r9.4.1_70bps_hac           2020-09-07_rna_r9.4.1_minion_256_8f8fc47b
FLO-MIN106     SQK-RNA002                  rna_r9.4.1_70bps_hac           2020-09-07_rna_r9.4.1_minion_256_8f8fc47b

因此，所需的config文件是rna_r9.4.1_70bps_hac。运行Guppy时，-c参数后跟后缀为.cfg的文件：rna_r9.4.1_70bps_hac.cfg（高精度但慢）或rna_r9.4.1_70bps_fast.cfg（快速但精度低）其中一个即可。